73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2180 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2180  flagellar basal-body rod protein FlgB  100 
 
 		 129 aa  265  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1992  anti-sigma-factor antagonist  55.88 
 
 		 107 aa  114  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1783  hypothetical protein  55.45 
 
 		 101 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20770  hypothetical protein  55.45 
 
 		 101 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2820  anti-sigma-factor antagonist  56.44 
 
 		 101 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0314331 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3452  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  53.47 
 
 		 115 aa  110  5e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.466044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34370  antisigma-factor antagonist STAS domain protein  55.45 
 
 		 101 aa  110  6e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1963  STAS domain protein  49.5 
 
 		 100 aa  103  7e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.259711  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2158  anti-sigma-factor antagonist  44.12 
 
 		 101 aa  97.4  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.809632  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1541  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  50.5 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.875009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3925  anti-sigma-factor antagonist  48.51 
 
 		 101 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.406637  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4364  anti-sigma-factor antagonist  48.04 
 
 		 101 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.557129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1503  anti-sigma-factor antagonist  48.04 
 
 		 101 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.696241  normal  0.186135 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2416  anti-sigma-factor antagonist  40.2 
 
 		 112 aa  88.2  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.015086 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3689  anti-sigma-factor antagonist  46.08 
 
 		 101 aa  88.6  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3579  anti-sigma-factor antagonist  40.38 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2225  anti-sigma-factor antagonist  42.16 
 
 		 100 aa  76.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01716  putative anti-sigma factor antagonist  39.22 
 
 		 101 aa  75.9  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3441  anti-sigma-factor antagonist  45.45 
 
 		 100 aa  74.7  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0733  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  39 
 
 		 101 aa  74.7  0.0000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.515917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2957  anti-sigma-factor antagonist  37.08 
 
 		 100 aa  73.9  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1038  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  38.24 
 
 		 100 aa  71.2  0.000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0156  putative anti-sigma F factor antagonist  36.27 
 
 		 99 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3069  hypothetical protein  36.27 
 
 		 109 aa  65.5  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000401391 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3533  hypothetical protein  37.89 
 
 		 126 aa  62.4  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3117  anti-anti-sigma regulatory factor  32.63 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1390  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  35.96 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1593  anti-sigma-factor antagonist  35.29 
 
 		 101 aa  60.5  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0440  anti-sigma-factor antagonist  37.63 
 
 		 101 aa  58.2  0.00000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0996499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0411  hypothetical protein  35.96 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.368048  normal  0.907384 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0945  anti-anti-sigma regulatory factor  30.53 
 
 		 104 aa  53.5  0.0000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000959965  hitchhiker  0.00175597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2150  anti-sigma-factor antagonist  26.8 
 
 		 99 aa  50.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.302168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3296  anti-sigma-factor antagonist  30.34 
 
 		 92 aa  47.8  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2665  anti-sigma-factor antagonist  26.51 
 
 		 138 aa  47.8  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3203  anti-sigma-factor antagonist  31.87 
 
 		 109 aa  47.8  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000161401 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0073  anti-sigma-factor antagonist  27.55 
 
 		 110 aa  47.4  0.00006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0167054 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3486  anti-sigma-factor antagonist  26.19 
 
 		 116 aa  47.8  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1492  anti-sigma-factor antagonist  33.98 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2983  anti-sigma-factor antagonist  26.67 
 
 		 111 aa  45.4  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1167  anti-sigma-factor antagonist  26.67 
 
 		 127 aa  46.2  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000216807 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1526  anti-sigma-factor antagonist  25.53 
 
 		 111 aa  46.2  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0946  anti-sigma F factor antagonist, putative  34.48 
 
 		 104 aa  45.8  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000349571  hitchhiker  0.00179777 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1838  anti-sigma-factor antagonist  38.71 
 
 		 115 aa  45.4  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.422336  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4580  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  28.57 
 
 		 122 aa  45.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.81884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2160  anti-sigma-factor antagonist  27.37 
 
 		 116 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2188  anti-sigma-factor antagonist  32.73 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000563626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0862  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  26.14 
 
 		 112 aa  43.9  0.0007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.895218  normal  0.283894 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1039  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  26.14 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.305591  normal  0.536702 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0066  anti-sigma-factor antagonist  29.79 
 
 		 114 aa  43.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.517234  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0372  anti-sigma-factor antagonist  27.88 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0751  anti-sigma-factor antagonist  25.29 
 
 		 111 aa  42.4  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0517631  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0278  anti-sigma-factor antagonist  27.17 
 
 		 100 aa  42.4  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0613  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)-like protein  28.74 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2529  anti-sigma-factor antagonist  27.47 
 
 		 100 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.451275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2107  SpoIIAA family protein  28.09 
 
 		 96 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1194  anti-sigma-factor antagonist  26.32 
 
 		 116 aa  42  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.179967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2079  anti-sigma-factor antagonist  25.3 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.632413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2095  SpoIIAA family protein  24.72 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2691  anti-sigma-factor antagonist and sugar transfersase  27.17 
 
 		 332 aa  41.2  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.721322  normal  0.111915 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2367  SpoIIAA family protein  24.72 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00979283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2250  SpoIIAA family protein  24.72 
 
 		 94 aa  41.6  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0929846  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  33.93 
 
 		 151 aa  41.6  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0820  anti-sigma-factor antagonist  27.18 
 
 		 121 aa  41.2  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1157  anti sigma b factor antagonist RsbV  22.73 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1422  anti-sigma-factor antagonist  27.59 
 
 		 250 aa  41.2  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0196  anti-sigma-factor antagonist  25.56 
 
 		 115 aa  41.2  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0398  anti-sigma-factor antagonist  24.73 
 
 		 105 aa  40.8  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.113145  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0067  anti-anti-sigma factor family protein  20.69 
 
 		 123 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1427  anti-anti-sigma factor  25.93 
 
 		 111 aa  40.8  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473908  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2619  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 		 142 aa  40.8  0.007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.531415  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0007  anti-sigma-factor antagonist  21.43 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000178812  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2118  SpoIIAA family protein  26.97 
 
 		 94 aa  40  0.01  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1975  anti-sigma-factor antagonist  23.76 
 
 		 113 aa  40  0.01  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.441965  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>