299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene STER_t1999 on replicon NC_008532
Organism: Streptococcus thermophilus LMD-9



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  98.57 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  93.44 
 
 		 324 bp  81.8  0.00000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0078  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t64  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.248641  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t65  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.247556  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t66  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.190236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t67  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.19275 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0080  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0081  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0079  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0044  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00997597  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0043  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0100237  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0042  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0180356  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0045  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0174897  normal  0.909079 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4566  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000152182  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0638  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375137  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000137515  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5793  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0120  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000162485  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0032  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000000959667  hitchhiker  0.000000184359 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0034  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000269969  hitchhiker  0.000000184359 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0033  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000000989089  hitchhiker  0.000000187965 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>