70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_1052 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1052  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 287 aa  594  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00191941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1144  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  96.86 
 
 		 287 aa  577  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.703964  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1208  hypothetical protein  74.91 
 
 		 289 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1756  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.52 
 
 		 286 aa  270  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1842  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.7 
 
 		 284 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.108875 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1729  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.42 
 
 		 284 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.102373  normal  0.215205 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1455  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.7 
 
 		 285 aa  267  2e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.271612  normal  0.540274 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5119  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.59 
 
 		 284 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0533258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1818  endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.3 
 
 		 284 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.543499  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6261  endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.3 
 
 		 284 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2093  endonuclease/exonuclease/phosphatase  47.7 
 
 		 284 aa  248  9e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1289  hypothetical protein  45.7 
 
 		 290 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal  0.614576 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2113  endonuclease/exonuclease/phosphatase  48.04 
 
 		 284 aa  243  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0578211  normal  0.225636 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2228  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  47.55 
 
 		 286 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0964  endonuclease/exonuclease/phosphatase  45.14 
 
 		 287 aa  235  8e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1114  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 286 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2234  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 286 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.187821  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2196  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 286 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.420987  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0055  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 286 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.322839  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1350.1  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.85 
 
 		 324 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0665906  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2361  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.5 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.602573  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1842  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.5 
 
 		 286 aa  229  3e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3303  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.71 
 
 		 291 aa  225  8e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2656  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.56 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146328  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2766  hypothetical protein  42.2 
 
 		 281 aa  203  2e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1364  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  43.05 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.204083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5302  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.07 
 
 		 289 aa  181  1e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2351  hypothetical protein  44.5 
 
 		 226 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.286388  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4122  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.07 
 
 		 287 aa  79  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4197  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.85 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3873  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.52 
 
 		 288 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0170416 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4283  Metal-dependent exonuclease protein  32.71 
 
 		 286 aa  67  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21864  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.57 
 
 		 837 aa  63.9  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1349  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.87 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.442404  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4022  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.62 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.11 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.11 
 
 		 328 aa  59.3  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.32 
 
 		 246 aa  58.5  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.96 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1140  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.29 
 
 		 231 aa  53.9  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4024  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.43 
 
 		 278 aa  52.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.284823  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0904  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.6 
 
 		 289 aa  52.8  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.355759  normal  0.240953 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11000  metal-dependent hydrolase  32.69 
 
 		 316 aa  52.4  0.000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25 
 
 		 283 aa  52  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24010  metal-dependent hydrolase  26.74 
 
 		 286 aa  51.6  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.078651 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.62 
 
 		 808 aa  50.4  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2363  endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.1 
 
 		 255 aa  50.4  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5732  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.52 
 
 		 300 aa  50.1  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.673881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4612  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0765415  normal  0.0123856 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0201  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.19 
 
 		 264 aa  47.8  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1972  metal-dependent hydrolase  32.69 
 
 		 338 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.67 
 
 		 265 aa  47  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1880  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  32.69 
 
 		 338 aa  46.6  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.850381  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5588  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.56 
 
 		 269 aa  46.6  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.15644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6314  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.56 
 
 		 269 aa  45.8  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0901897 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  24.4 
 
 		 245 aa  45.8  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0408  putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  32.47 
 
 		 1153 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352854  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1422  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.48 
 
 		 235 aa  44.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3504  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.77 
 
 		 285 aa  43.9  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.45027 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5198  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.15 
 
 		 278 aa  44.3  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.440175 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.91 
 
 		 281 aa  43.5  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.94 
 
 		 279 aa  43.5  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6090  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.19 
 
 		 258 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.18128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.87 
 
 		 242 aa  43.1  0.005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1438  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.44 
 
 		 291 aa  43.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.626738 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5411  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.68 
 
 		 250 aa  43.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.746518 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_118  endonuclease/exonuclease/phosphatase family  25 
 
 		 639 aa  42.7  0.006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.19 
 
 		 263 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.42531  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6501  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.19 
 
 		 263 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.126817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1473  hypothetical protein  30.43 
 
 		 273 aa  42.4  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.257293  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>