44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2504 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2504  hypothetical protein  100 
 
 		 273 aa  568  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1794  hypothetical protein  54.88 
 
 		 262 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.653349  normal  0.180185 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4382  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.49 
 
 		 263 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3645  hypothetical protein  52.34 
 
 		 268 aa  271  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4143  hypothetical protein  55.33 
 
 		 263 aa  269  4e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00393741  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4640  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.75 
 
 		 246 aa  269  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.833906  normal  0.885196 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4223  hypothetical protein  55.33 
 
 		 263 aa  269  4e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.15123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3294  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.33 
 
 		 246 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.973305 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4119  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.93 
 
 		 245 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2136  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.65 
 
 		 245 aa  260  2e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.517564 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0086  hypothetical protein  52 
 
 		 248 aa  256  4e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00890  gluconate dehydrogenase small subunit  52.12 
 
 		 236 aa  255  7e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3384  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  50.84 
 
 		 246 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32124  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2564  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  51.05 
 
 		 245 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0151109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2375  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  50.82 
 
 		 248 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.69303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2561  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  50.82 
 
 		 248 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35300  hypothetical protein  51.46 
 
 		 238 aa  247  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462474  normal  0.381438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2976  hypothetical protein  51.25 
 
 		 238 aa  246  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.522308  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0228  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.54 
 
 		 239 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.75 
 
 		 238 aa  237  1e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4094  hypothetical protein  42.91 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6209  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.15 
 
 		 251 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1165  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.5 
 
 		 217 aa  214  9.999999999999999e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4243  twin-arginine translocation pathway signal  47.31 
 
 		 252 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3609  hypothetical protein  39.41 
 
 		 233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4203  hypothetical protein  40.69 
 
 		 236 aa  166  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33660  dehydrogenase small subunit  39.66 
 
 		 262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.563663  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0463  hypothetical protein  35.59 
 
 		 242 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0438  hypothetical protein  35.59 
 
 		 242 aa  132  6.999999999999999e-30  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.904473  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0229  hypothetical protein  34.23 
 
 		 255 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1597  hypothetical protein  34.65 
 
 		 242 aa  115  5e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.247179 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1313  hypothetical protein  34.38 
 
 		 361 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3896  hypothetical protein  36.61 
 
 		 240 aa  108  9.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.185308 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1924  hypothetical protein  31.91 
 
 		 237 aa  85.1  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.240204  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5398  hypothetical protein  31.53 
 
 		 250 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.4 
 
 		 755 aa  62  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2178  hypothetical protein  23.21 
 
 		 187 aa  55.5  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5468  hypothetical protein  25.71 
 
 		 210 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2659  hypothetical protein  27.75 
 
 		 182 aa  52.8  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.928441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2789  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  25.45 
 
 		 202 aa  52.4  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0818  hypothetical protein  25.82 
 
 		 228 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.133318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2016  hypothetical protein  26.62 
 
 		 212 aa  46.2  0.0005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0401161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1287  hypothetical protein  23.08 
 
 		 217 aa  43.5  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.25253 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1736  hypothetical protein  30 
 
 		 220 aa  43.5  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.381646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>