48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2561 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2561  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  100 
 
 		 248 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2375  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  95.97 
 
 		 248 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.69303  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3384  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  94.76 
 
 		 246 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32124  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2564  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  86.29 
 
 		 245 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0151109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0086  hypothetical protein  68.4 
 
 		 248 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2136  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  61.94 
 
 		 245 aa  307  1.0000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.517564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35300  hypothetical protein  57.26 
 
 		 238 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462474  normal  0.381438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2976  hypothetical protein  56.68 
 
 		 238 aa  288  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.522308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00890  gluconate dehydrogenase small subunit  56.68 
 
 		 236 aa  280  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4640  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.22 
 
 		 246 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.833906  normal  0.885196 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4382  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.02 
 
 		 263 aa  270  1e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1794  hypothetical protein  54.66 
 
 		 262 aa  265  4e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.653349  normal  0.180185 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3645  hypothetical protein  56.1 
 
 		 268 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4223  hypothetical protein  55.28 
 
 		 263 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.15123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3294  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.28 
 
 		 246 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.973305 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4119  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  54.88 
 
 		 245 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4143  hypothetical protein  55.28 
 
 		 263 aa  263  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00393741  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2504  hypothetical protein  50.82 
 
 		 273 aa  251  6e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0228  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.28 
 
 		 239 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1165  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.07 
 
 		 217 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.31 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6209  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.03 
 
 		 251 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4094  hypothetical protein  45.61 
 
 		 252 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3609  hypothetical protein  41.25 
 
 		 233 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4243  twin-arginine translocation pathway signal  45.45 
 
 		 252 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4203  hypothetical protein  43.28 
 
 		 236 aa  158  9e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33660  dehydrogenase small subunit  37.96 
 
 		 262 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.563663  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0229  hypothetical protein  37.5 
 
 		 255 aa  133  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1597  hypothetical protein  34.87 
 
 		 242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.247179 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1313  hypothetical protein  35.42 
 
 		 361 aa  115  6.9999999999999995e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0463  hypothetical protein  30.77 
 
 		 242 aa  111  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0438  hypothetical protein  31.56 
 
 		 242 aa  110  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.904473  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3896  hypothetical protein  38.51 
 
 		 240 aa  99.4  5e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.185308 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1924  hypothetical protein  34.22 
 
 		 237 aa  88.6  9e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.240204  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5398  hypothetical protein  29.59 
 
 		 250 aa  85.1  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2178  hypothetical protein  25 
 
 		 187 aa  65.1  0.0000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 		 755 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5468  hypothetical protein  26.63 
 
 		 210 aa  54.7  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2659  hypothetical protein  28.17 
 
 		 182 aa  52  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.928441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6388  hypothetical protein  27.54 
 
 		 220 aa  49.7  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1287  hypothetical protein  24.55 
 
 		 217 aa  48.5  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.25253 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0466  hypothetical protein  25.9 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2789  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  25.75 
 
 		 202 aa  47  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4193  hypothetical protein  24.1 
 
 		 218 aa  44.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0949  hypothetical protein  27.12 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.187097  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0775  hypothetical protein  27.12 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0787  hypothetical protein  27.12 
 
 		 280 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0924735  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2983  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  26.79 
 
 		 217 aa  43.9  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>