25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2983 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2983  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  100 
 
 		 217 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3000  hypothetical protein  55.45 
 
 		 211 aa  211  4.9999999999999996e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3543  hypothetical protein  54.92 
 
 		 243 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0110  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  37.91 
 
 		 244 aa  123  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1802  hypothetical protein  32.2 
 
 		 173 aa  75.5  0.0000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000113595  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.26 
 
 		 755 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3609  hypothetical protein  26.47 
 
 		 233 aa  52  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0086  hypothetical protein  26.79 
 
 		 248 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00890  gluconate dehydrogenase small subunit  26.54 
 
 		 236 aa  49.3  0.00004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2136  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25 
 
 		 245 aa  45.4  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.517564 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3645  hypothetical protein  23.17 
 
 		 268 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2561  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  26.79 
 
 		 248 aa  43.9  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0438  hypothetical protein  26.36 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.904473  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0463  hypothetical protein  26.36 
 
 		 242 aa  43.9  0.002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2976  hypothetical protein  25.12 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.522308  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3294  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.58 
 
 		 246 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.973305 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1597  hypothetical protein  31.46 
 
 		 242 aa  43.5  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.247179 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3384  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  25.91 
 
 		 246 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32124  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4223  hypothetical protein  23.58 
 
 		 263 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.15123 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4143  hypothetical protein  23.58 
 
 		 263 aa  43.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00393741  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1313  hypothetical protein  33.33 
 
 		 361 aa  42.7  0.004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35300  hypothetical protein  24.64 
 
 		 238 aa  42.4  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462474  normal  0.381438 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0229  hypothetical protein  30.59 
 
 		 255 aa  42  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1794  hypothetical protein  22.56 
 
 		 262 aa  41.6  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.653349  normal  0.180185 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4640  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.17 
 
 		 246 aa  41.6  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.833906  normal  0.885196 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>