48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3645 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_3645  hypothetical protein  100 
 
 		 268 aa  556  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1794  hypothetical protein  91.98 
 
 		 262 aa  498  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.653349  normal  0.180185 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4143  hypothetical protein  93.54 
 
 		 263 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00393741  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4223  hypothetical protein  93.54 
 
 		 263 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.15123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3294  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  94.31 
 
 		 246 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.973305 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4119  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  92.24 
 
 		 245 aa  460  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4382  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  89.35 
 
 		 263 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4640  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  70.61 
 
 		 246 aa  364  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.833906  normal  0.885196 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2564  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.89 
 
 		 245 aa  279  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0151109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0086  hypothetical protein  55.1 
 
 		 248 aa  278  5e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00890  gluconate dehydrogenase small subunit  57.68 
 
 		 236 aa  276  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3384  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  57.5 
 
 		 246 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32124  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2504  hypothetical protein  52.34 
 
 		 273 aa  273  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2136  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.87 
 
 		 245 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.517564 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2561  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  56.5 
 
 		 248 aa  267  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2375  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  56.5 
 
 		 248 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.69303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35300  hypothetical protein  54.77 
 
 		 238 aa  266  4e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462474  normal  0.381438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2976  hypothetical protein  54.77 
 
 		 238 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.522308  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.62 
 
 		 238 aa  246  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0228  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  54.04 
 
 		 239 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1165  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.38 
 
 		 217 aa  244  9.999999999999999e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6209  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.2 
 
 		 251 aa  239  5e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4094  hypothetical protein  49 
 
 		 252 aa  237  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4243  twin-arginine translocation pathway signal  47.52 
 
 		 252 aa  192  4e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3609  hypothetical protein  42.45 
 
 		 233 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4203  hypothetical protein  42.22 
 
 		 236 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1597  hypothetical protein  37.99 
 
 		 242 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.247179 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0229  hypothetical protein  34.5 
 
 		 255 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0438  hypothetical protein  30.18 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.904473  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0463  hypothetical protein  30.45 
 
 		 242 aa  127  3e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33660  dehydrogenase small subunit  38.64 
 
 		 262 aa  126  5e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.563663  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3896  hypothetical protein  39.36 
 
 		 240 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.185308 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1313  hypothetical protein  34.38 
 
 		 361 aa  103  3e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5398  hypothetical protein  31.69 
 
 		 250 aa  94  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1924  hypothetical protein  32.26 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.240204  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.21 
 
 		 755 aa  75.9  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2178  hypothetical protein  26.37 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2659  hypothetical protein  29.81 
 
 		 182 aa  57.8  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.928441  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5468  hypothetical protein  24.61 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0787  hypothetical protein  30.69 
 
 		 280 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0924735  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0775  hypothetical protein  30.69 
 
 		 280 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0949  hypothetical protein  30.69 
 
 		 280 aa  48.9  0.00009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.187097  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0466  hypothetical protein  24.4 
 
 		 213 aa  47.8  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2086  hypothetical protein  26.63 
 
 		 221 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0405838 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5508  hypothetical protein  26.79 
 
 		 216 aa  43.9  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.108926  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2983  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  23.17 
 
 		 217 aa  44.3  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0110  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  21.58 
 
 		 244 aa  42.7  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6566  hypothetical protein  25.15 
 
 		 219 aa  42.4  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.225259  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>