More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2183 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 233 aa  475  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  71.79 
 
 		 243 aa  345  3e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  71.12 
 
 		 234 aa  337  7e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  71.79 
 
 		 240 aa  337  9.999999999999999e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  70.87 
 
 		 238 aa  333  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  70 
 
 		 237 aa  328  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.95 
 
 		 235 aa  313  9.999999999999999e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  66.52 
 
 		 237 aa  312  2.9999999999999996e-84  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  66.09 
 
 		 237 aa  310  2e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.36 
 
 		 234 aa  302  3.0000000000000004e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.26 
 
 		 241 aa  291  5e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  61.8 
 
 		 240 aa  289  3e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  58.47 
 
 		 244 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  58.47 
 
 		 241 aa  281  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  58.97 
 
 		 249 aa  281  9e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  58.65 
 
 		 241 aa  280  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  58.47 
 
 		 244 aa  280  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  58.05 
 
 		 244 aa  280  2e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  58.05 
 
 		 244 aa  279  3e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  58.05 
 
 		 244 aa  279  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  58.65 
 
 		 240 aa  277  8e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  58.65 
 
 		 240 aa  277  8e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  58.65 
 
 		 253 aa  277  9e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  58.65 
 
 		 253 aa  277  9e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  58.65 
 
 		 253 aa  277  9e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  58.65 
 
 		 253 aa  277  9e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  58.65 
 
 		 253 aa  277  9e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  58.12 
 
 		 244 aa  277  1e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  56.47 
 
 		 244 aa  272  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  59.92 
 
 		 244 aa  271  6e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  59.4 
 
 		 242 aa  269  2.9999999999999997e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  60.59 
 
 		 242 aa  268  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  58.97 
 
 		 242 aa  268  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  55.98 
 
 		 244 aa  264  8e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.58 
 
 		 234 aa  251  5.000000000000001e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.74 
 
 		 243 aa  239  2e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.28 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  52.84 
 
 		 238 aa  236  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  50.84 
 
 		 246 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.88 
 
 		 238 aa  234  7e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.72 
 
 		 236 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 		 246 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.65 
 
 		 231 aa  231  6e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.51 
 
 		 239 aa  229  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.5 
 
 		 239 aa  228  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.22 
 
 		 231 aa  227  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.42 
 
 		 243 aa  226  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.57 
 
 		 236 aa  224  1e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  49.37 
 
 		 259 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  49.12 
 
 		 233 aa  222  3e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  49.12 
 
 		 233 aa  222  4e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.95 
 
 		 257 aa  221  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0845  DNA polymerase III subunit epsilon  52.14 
 
 		 243 aa  221  7e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.69 
 
 		 238 aa  220  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  49.37 
 
 		 252 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.53 
 
 		 232 aa  218  8.999999999999998e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.84 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.03 
 
 		 237 aa  217  1e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  46.47 
 
 		 252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.52 
 
 		 243 aa  215  5.9999999999999996e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.93 
 
 		 237 aa  215  5.9999999999999996e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.02 
 
 		 232 aa  214  9e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  53.02 
 
 		 236 aa  214  9.999999999999999e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  46.89 
 
 		 252 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  46.89 
 
 		 252 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  50.63 
 
 		 244 aa  211  5.999999999999999e-54  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.4 
 
 		 267 aa  211  7e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  47.23 
 
 		 244 aa  211  9e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 		 243 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 		 243 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  46.64 
 
 		 252 aa  210  1e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 		 243 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.74 
 
 		 246 aa  210  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 		 246 aa  210  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  46.89 
 
 		 244 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  46.06 
 
 		 254 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 		 243 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  48.74 
 
 		 246 aa  209  4e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  48.74 
 
 		 243 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  48.32 
 
 		 243 aa  209  4e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  48.32 
 
 		 246 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.25 
 
 		 235 aa  206  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  47.9 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  47.9 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  47.9 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  48.93 
 
 		 239 aa  206  2e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  47.9 
 
 		 246 aa  206  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  47.5 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  47.72 
 
 		 247 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.28 
 
 		 240 aa  204  7e-52  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.52 
 
 		 228 aa  204  8e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  48.5 
 
 		 239 aa  204  8e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  47.86 
 
 		 238 aa  204  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.19 
 
 		 235 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  46.28 
 
 		 243 aa  203  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  46.44 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 		 246 aa  202  5e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.61 
 
 		 253 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  44.92 
 
 		 252 aa  201  8e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  46.47 
 
 		 245 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>