133 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0056 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0045  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000472337  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 		 87 bp  172  9e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00201285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  95.38 
 
 		 87 bp  105  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 87 bp  99.6  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0022  tRNA-Tyr  89.66 
 
 		 86 bp  93.7  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0256241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0058  tRNA-Tyr  93.65 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401108  normal  0.738165 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  92.54 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  92.54 
 
 		 86 bp  85.7  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  91.04 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  91.04 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  94.44 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  94.34 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  94.34 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  94.34 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  89.55 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  90.32 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.63004  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0731  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1717  tRNA-Tyr  90.32 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000393409  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1468  tRNA-Tyr  90.32 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000829322  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0437  tRNA-Tyr  90.32 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000000253794  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0090  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00740419 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0029  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0036  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.45022  normal  0.113165 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  93.62 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  92.16 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  92.16 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  92.16 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 85 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  93.62 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  93.62 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0045  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011189  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  92.16 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  88.06 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  93.62 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  92 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1675  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000825492  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  92 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt06  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt10  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.882625 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0042  tRNA-Tyr  89.29 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.755335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tTyr01  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 89 bp  58  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.735952 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0019  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 83 bp  58  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00432304  decreased coverage  0.00738157 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0038  tRNA-Tyr  88.33 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.105251 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0046  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 86 bp  58  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000858289  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0035  tRNA-Tyr  88.33 
 
 		 82 bp  58  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0033  tRNA-Tyr  87.3 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.392734 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  90.38 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  54  0.000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  90.2 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  83.91 
 
 		 86 bp  54  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0010  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000473639  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07723  tRNA-Tyr  87.72 
 
 		 82 bp  52  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  87.93 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  87.93 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0042  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  89.58 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNATyrVIMSS1309201  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0854141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  86.67 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  91.11 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000333812  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0060  tRNA-Tyr  96.43 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00028228  normal  0.398472 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0024  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.366463 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0012  tRNA-Met  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  85 
 
 		 87 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0029  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0026  tRNA-Tyr  93.55 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA44  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366326  normal  0.398045 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.226079  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0012  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0130258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0045  tRNA-Ile  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.339043  hitchhiker  0.000000161581 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  89.13 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0060  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00703391  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0061  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00295696  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>