290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna4 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  98.84 
 
 
86 bp  163  8.000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  98.84 
 
 
86 bp  163  8.000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  94.19 
 
 
85 bp  123  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  91.86 
 
 
86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  91.86 
 
 
86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  91.57 
 
 
83 bp  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  91.57 
 
 
83 bp  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  91.57 
 
 
83 bp  109  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  91.57 
 
 
83 bp  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  91.86 
 
 
85 bp  107  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  90.8 
 
 
87 bp  101  3e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0058  tRNA-Tyr  92.75 
 
 
86 bp  97.6  4e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401108  normal  0.738165 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  93.65 
 
 
86 bp  93.7  6e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.63004  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0437  tRNA-Tyr  93.65 
 
 
83 bp  93.7  6e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000000253794  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1468  tRNA-Tyr  93.65 
 
 
86 bp  93.7  6e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000829322  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1717  tRNA-Tyr  93.65 
 
 
86 bp  93.7  6e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000393409  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  89.53 
 
 
85 bp  91.7  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  88.37 
 
 
86 bp  91.7  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  89.53 
 
 
85 bp  91.7  3e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0056  tRNA-Tyr  92.54 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00201285  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0045  tRNA-Tyr  92.54 
 
 
87 bp  85.7  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000472337  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  88.37 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  91.53 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  90.48 
 
 
86 bp  77.8  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  88.57 
 
 
88 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  93.1 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  93.1 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  94 
 
 
83 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  86.05 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  87.21 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0063  tRNA-Tyr  87.21 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0069349  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.21 
 
 
88 bp  75.8  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  88.57 
 
 
88 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  87.21 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt06  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt10  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
83 bp  73.8  0.000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.882625 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0019  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
83 bp  73.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00432304  decreased coverage  0.00738157 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2231  tRNA-Tyr  89.86 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000893857  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2193  tRNA-Tyr  89.86 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000544393  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1328  tRNA-Tyr  89.86 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.044502  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1675  tRNA-Tyr  89.86 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000825492  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  95.45 
 
 
86 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000333812  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  88.89 
 
 
86 bp  69.9  0.00000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  88.89 
 
 
86 bp  69.9  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  89.83 
 
 
83 bp  69.9  0.00000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07723  tRNA-Tyr  89.55 
 
 
82 bp  69.9  0.00000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  88.89 
 
 
86 bp  69.9  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  88.89 
 
 
86 bp  69.9  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  84.88 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0026  tRNA-Tyr  95.24 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  92 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0045  tRNA-Tyr  95.12 
 
 
86 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011189  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0072  tRNA-Tyr  95.12 
 
 
81 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0090  tRNA-Tyr  88.41 
 
 
86 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00740419 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0042  tRNA-Tyr  95.12 
 
 
84 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tTyr01  tRNA-Tyr  87.69 
 
 
89 bp  65.9  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.735952 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0107  tRNA-Tyr  100 
 
 
84 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000302226  hitchhiker  0.0000021052 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0083  tRNA-Tyr  100 
 
 
84 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000812357  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  87.3 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  87.3 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  84.88 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  83.72 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  83.72 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  84.88 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  87.88 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0077  tRNA-Tyr  84.88 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000407125  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0059  tRNA-Tyr  84.88 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000803667  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  84.88 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  84.88 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  87.93 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>