261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_R0050 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  95.29 
 
 
85 bp  137  5e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  94.19 
 
 
86 bp  123  7e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  94.19 
 
 
86 bp  123  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0063  tRNA-Tyr  92.94 
 
 
85 bp  121  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0069349  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  93.02 
 
 
86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  93.02 
 
 
86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7.000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0077  tRNA-Tyr  90.59 
 
 
85 bp  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000407125  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  90.59 
 
 
88 bp  105  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  89.41 
 
 
85 bp  97.6  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0004  tRNA-Tyr  89.74 
 
 
85 bp  91.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000171597  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  88.24 
 
 
85 bp  89.7  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  93.65 
 
 
88 bp  85.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  93.65 
 
 
88 bp  85.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.06 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  87.06 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  87.06 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  89.86 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  87.06 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  92.98 
 
 
85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  92.86 
 
 
85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  79.8  0.00000000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  91.38 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  87.21 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  87.21 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  85.88 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0077  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.359872  normal  0.250777 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  85.88 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0078  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.354946  normal  0.251639 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0075  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.510535  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  85.88 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0076  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.522662  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0151  tRNA-Tyr  91.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000678827  hitchhiker  0.00000000141998 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>