More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0021 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  96.51 
 
 		 85 bp  139  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  91.25 
 
 		 86 bp  103  7e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  91.25 
 
 		 86 bp  103  7e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  91.25 
 
 		 86 bp  103  7e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  91.25 
 
 		 86 bp  103  7e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  91.25 
 
 		 86 bp  103  7e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  91.25 
 
 		 86 bp  103  7e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  89.66 
 
 		 87 bp  93.7  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 82 bp  85.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 82 bp  85.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0050  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0437  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000091753  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0039  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  88.31 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  88.31 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  89.04 
 
 		 83 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  88.31 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  88.31 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  88.31 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0019  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172522  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 88 bp  75.8  0.000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  100 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>