91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_R0058 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  90.12 
 
 		 86 bp  97.6  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  90.12 
 
 		 86 bp  97.6  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  90.24 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 86 bp  91.7  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0024  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.640159  normal  0.173611 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  87.65 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  89.86 
 
 		 83 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0002  tRNA-Tyr  87.65 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  87.65 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  87.65 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0046  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  unclonable  0.000000858289  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  93.48 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  87.01 
 
 		 87 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0022  tRNA-Tyr  95.12 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4432900000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0022  tRNA-Tyr  85.19 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537051  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0060  tRNA-Tyr  86.11 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00028228  normal  0.398472 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0028  tRNA-Tyr  86.76 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000249872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0023  tRNA-Tyr  86.76 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0238179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0033  tRNA-Tyr  97.22 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000103069  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0048  tRNA-Tyr  97.22 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106937  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0037  tRNA-Tyr  85.33 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.499961 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  86.36 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0048  tRNA-Tyr  83.95 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.012398  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0009  tRNA-Tyr  83.95 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.193083  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0045  tRNA-Tyr  90.38 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000472337  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0056  tRNA-Tyr  90.38 
 
 		 87 bp  56  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00201285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0050  tRNA-Tyr  96.77 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11931  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0560  tRNA-Tyr  85.37 
 
 		 84 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000480165  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  84.15 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  84.85 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0029  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0036  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.45022  normal  0.113165 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  82.72 
 
 		 86 bp  50.1  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0038  tRNA-Tyr  86.15 
 
 		 82 bp  50.1  0.00009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.105251 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  90 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0035  tRNA-Tyr  84.72 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNATyrVIMSS1309080  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNATyrVIMSS1309112  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.722386  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  84.21 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  85 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  85 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0015  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0058  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401108  normal  0.738165 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNATyrVIMSS1309156  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0059  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000803667  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0015  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216156  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0035  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283862  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0024  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0054  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000280744  decreased coverage  0.00224891 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  91.18 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.074992  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0014  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000194257  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0036  tRNA-Tyr  82.93 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0009  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 83 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227795  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>