72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt10 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PGt10  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.882625 
 
 
-
 
NC_002950  PGt06  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  165  2.0000000000000002e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  90.79 
 
 		 86 bp  95.6  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0019  tRNA-Tyr  91.18 
 
 		 83 bp  87.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00432304  decreased coverage  0.00738157 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  93.88 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  93.88 
 
 		 86 bp  73.8  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000333812  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0046  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 82 bp  71.9  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  89.55 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  89.47 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  91.84 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  91.84 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0057  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012008 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 86 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  87.1 
 
 		 86 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0045  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000472337  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0056  tRNA-Tyr  88.52 
 
 		 87 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00201285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  87.69 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 83 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  86.89 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  89.58 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.63004  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1468  tRNA-Tyr  89.58 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000829322  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0058  tRNA-Tyr  89.58 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401108  normal  0.738165 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1717  tRNA-Tyr  89.58 
 
 		 86 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000393409  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0437  tRNA-Tyr  89.58 
 
 		 83 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000000253794  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  87.3 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 86 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0007  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  85.25 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  84.93 
 
 		 87 bp  50.1  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  85.96 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  85.25 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  85.25 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  85.25 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  85.96 
 
 		 88 bp  50.1  0.00008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  85.25 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  85.25 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  85.25 
 
 		 86 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17640  tRNA-Tyr  93.75 
 
 		 85 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.193498  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0048  tRNA-Tyr  84.72 
 
 		 82 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  85.71 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0022  tRNA-Tyr  84.75 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0256241  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0077  tRNA-Tyr  93.55 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0047  tRNA-Tyr  93.55 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000137446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21440  tRNA-Tyr  88.1 
 
 		 82 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.0000199792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>