More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0027 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  96.47 
 
 		 85 bp  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0077  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000407125  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 88 bp  99.6  1e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0010  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.29414e-23  normal  0.0775658 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0004  tRNA-Tyr  89.02 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000171597  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 88 bp  89.7  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0063  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0069349  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  90.41 
 
 		 87 bp  83.8  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0059  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000803667  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0357  tRNA-Tyr  89.86 
 
 		 82 bp  81.8  0.00000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189784  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0090  tRNA-Tyr  89.71 
 
 		 86 bp  79.8  0.00000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00740419 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  86.75 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  87.95 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  87.5 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  86.9 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>