More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01441 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  163  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  97.56 
 
 
85 bp  147  5e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0437  tRNA-Tyr  96.34 
 
 
85 bp  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000091753  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3207t  tRNA-Tyr  93.9 
 
 
81 bp  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0563071  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  92.68 
 
 
85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  92.77 
 
 
86 bp  109  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  92.77 
 
 
86 bp  109  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
88 bp  107  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0013  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000911406  hitchhiker  0.00984378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0093  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00406786  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0094  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000412805  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3168t  tRNA-Tyr  92.68 
 
 
81 bp  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  91.36 
 
 
85 bp  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  91.36 
 
 
85 bp  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  91.36 
 
 
85 bp  105  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  92.96 
 
 
85 bp  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  92.96 
 
 
85 bp  101  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  92 
 
 
85 bp  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>