More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4425 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0006  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000863158  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2800  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000115343  normal  0.0987715 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1890  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.710503  normal  0.374202 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1446  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
87 bp  153  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  97.65 
 
 
85 bp  153  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0357  tRNA-Tyr  95.12 
 
 
82 bp  131  3e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189784  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  95.12 
 
 
85 bp  131  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  93.9 
 
 
85 bp  123  7e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  92.68 
 
 
85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  92.68 
 
 
85 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  93.59 
 
 
88 bp  115  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0005  tRNA-Tyr  91.76 
 
 
85 bp  113  7.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.434844  hitchhiker  0.00676871 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  92.68 
 
 
84 bp  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  92.31 
 
 
87 bp  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  91.46 
 
 
85 bp  107  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  92 
 
 
82 bp  101  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  92 
 
 
82 bp  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  92 
 
 
82 bp  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  92 
 
 
82 bp  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  92 
 
 
82 bp  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  92 
 
 
82 bp  101  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  94.03 
 
 
82 bp  101  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  91.57 
 
 
86 bp  101  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  91.57 
 
 
86 bp  101  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0018  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
85 bp  99.6  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>