212 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_R0023 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  172  9e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
88 bp  103  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
88 bp  103  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0045  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
87 bp  99.6  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000472337  normal  0.099888 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0056  tRNA-Tyr  90.24 
 
 
87 bp  99.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00201285  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
85 bp  85.7  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0027  tRNA-Tyr  90.41 
 
 
85 bp  83.8  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.645758  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  90.54 
 
 
86 bp  83.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000333812  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  92.06 
 
 
85 bp  79.8  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  89.23 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0045  tRNA-Tyr  95.56 
 
 
86 bp  73.8  0.000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000011189  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0050  tRNA-Tyr  94.23 
 
 
85 bp  73.8  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.563652  normal  0.998749 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0013  tRNA-Tyr  89.23 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000223303  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  90 
 
 
87 bp  71.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0022  tRNA-Tyr  86.59 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0256241  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  89.23 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  87.88 
 
 
87 bp  67.9  0.0000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0090  tRNA-Tyr  97.22 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00740419 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  88.06 
 
 
85 bp  63.9  0.000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  85.54 
 
 
86 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
82 bp  60  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  87.88 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0008  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
82 bp  60  0.00000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  87.88 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  87.88 
 
 
86 bp  60  0.00000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  86.36 
 
 
87 bp  60  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
85 bp  60  0.00000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0019  tRNA-Tyr  96.97 
 
 
83 bp  58  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00432304  decreased coverage  0.00738157 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0046  tRNA-Tyr  88.33 
 
 
82 bp  58  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0043  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0206397  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  88.33 
 
 
85 bp  58  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  92.68 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  87.69 
 
 
86 bp  58  0.0000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t09  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000014277  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  96.88 
 
 
85 bp  56  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  87.93 
 
 
88 bp  54  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0731  tRNA-Tyr  90.7 
 
 
87 bp  54  0.000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  85.71 
 
 
87 bp  54  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt06  tRNA-Tyr  83.72 
 
 
86 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  87.1 
 
 
83 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  86.36 
 
 
86 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  87.1 
 
 
83 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0059  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
85 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.234282  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  86.36 
 
 
86 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  87.1 
 
 
83 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0057  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
85 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0012008 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  96.67 
 
 
85 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  96.67 
 
 
85 bp  52  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0059  tRNA-Tyr  92.11 
 
 
85 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000803667  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  87.1 
 
 
83 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  96.67 
 
 
86 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  87.93 
 
 
86 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  87.93 
 
 
86 bp  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt10  tRNA-Tyr  84.93 
 
 
83 bp  50.1  0.00009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.882625 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0016  tRNA-Tyr  96.55 
 
 
83 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000723443  decreased coverage  0.0000959662 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
83 bp  50.1  0.00009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0024  tRNA-Tyr  96.55 
 
 
83 bp  50.1  0.00009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0007  tRNA-Tyr  86.89 
 
 
86 bp  50.1  0.00009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0055  tRNA-Tyr  96.55 
 
 
82 bp  50.1  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000670702  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0004  tRNA-Tyr  96.55 
 
 
83 bp  50.1  0.00009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.216119  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0058  tRNA-Tyr  93.94 
 
 
86 bp  50.1  0.00009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0048  tRNA-Tyr  85.29 
 
 
82 bp  50.1  0.00009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116331  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  89.58 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.63004  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0058  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.401108  normal  0.738165 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tTyr01  tRNA-Tyr  90 
 
 
89 bp  48.1  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.735952 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0037  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.216376  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1468  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000829322  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0437  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
83 bp  48.1  0.0003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.0000000253794  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1717  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
86 bp  48.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000393409  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0109  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
82 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0077  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1675  tRNA-Tyr  91.67 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000825492  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  93.55 
 
 
84 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0357  tRNA-Tyr  89.74 
 
 
82 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189784  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  91.43 
 
 
86 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>