292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0014 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0014  tRNA-Tyr  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.64782e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  95.29 
 
 		 85 bp  137  5e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60020  tRNA-Tyr  95.12 
 
 		 82 bp  131  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0019  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 86 bp  131  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172522  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 87 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0069  tRNA-Tyr  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.914593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0060  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  93.9 
 
 		 82 bp  123  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t05  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.347448  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0315  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 87 bp  117  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171426  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0039  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0050  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0057  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.343924  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0067  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.11453  normal  0.549704 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0068  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112006  normal  0.55842 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0066  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.119149  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0004  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000291052  hitchhiker  0.00000658966 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0014  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000873726  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0050  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.399527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0055  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.337665  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0007  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171771  normal  0.0302346 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0049  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0117  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.439512  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0071  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.676805 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0056  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.229214  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0115  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.542258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0069  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.548705  normal  0.0555108 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0073  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.92183 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0155  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000720201  hitchhiker  0.000109312 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0070  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.531794  normal  0.0573662 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0005  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000002791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0074  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.700319  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0116  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.427011  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0132  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000516023  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0308  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.0000522223  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0014  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039467  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1874  tRNA-Tyr  92.59 
 
 		 81 bp  113  7.000000000000001e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0618202  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0114  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.524989  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0067  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.439921  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0068  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.314206  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0048  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.293169  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0072  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.926918 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0113  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.532695  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0012  tRNA-Tyr  92.94 
 
 		 84 bp  113  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000365391  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0067  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00323795 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0054  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.329016  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0072  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.554165  normal  0.0570473 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0024  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0126  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000986876  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0071  tRNA-Tyr  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.719638  normal  0.0567471 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t006  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000887423  normal  0.123776 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t077  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00521394  normal  0.158484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t076  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00524716  normal  0.153954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t074  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  111  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00586158  normal  0.155604 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00106012  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt04  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt04  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0076  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.522662  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0075  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.510535  normal  0.249833 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0077  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.359872  normal  0.250777 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0013  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000242624  normal  0.0244003 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0095  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000654361  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0096  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00070521  normal  0.980641 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0097  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00186117  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0151  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000678827  hitchhiker  0.00000000141998 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0078  tRNA-Tyr  90.59 
 
 		 85 bp  105  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.354946  normal  0.251639 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>