More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_R0001 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_R0001  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  168  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000232487  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  96.15 
 
 
82 bp  87.7  4e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0015  tRNA-Tyr  97.92 
 
 
85 bp  87.7  4e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17640  tRNA-Tyr  90.62 
 
 
85 bp  79.8  0.00000000000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.193498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  90.14 
 
 
83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0008  tRNA-Tyr  94.12 
 
 
82 bp  77.8  0.0000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355435  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  90.14 
 
 
83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  90.14 
 
 
83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  90.14 
 
 
83 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  87.21 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  87.21 
 
 
86 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  88.57 
 
 
85 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
87 bp  73.8  0.000000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTyr01  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
88 bp  73.8  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000618223  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0065  tRNA-Tyr  95.45 
 
 
86 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.560905  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0023  tRNA-Tyr  95.45 
 
 
86 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280598  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  95.35 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  95.35 
 
 
85 bp  69.9  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  95.35 
 
 
86 bp  69.9  0.00000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna128  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000522671  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0044  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000011625  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  86.05 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  86.05 
 
 
86 bp  67.9  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna127  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000596133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01443  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  87.14 
 
 
82 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00025  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.413695  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0049  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00226201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0050  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00114696  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1387  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0734169  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0040  tRNA-Tyr  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4783  tRNA-Tyr  84.71 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0161693  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4666  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000338441  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1568  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0020  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.230904  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0024  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
86 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1570  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1949  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1947  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0021  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.173415  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0090  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
86 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00740419 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0028  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
83 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0846245 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1910  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178107  normal  0.179459 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2336  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000102833  normal  0.0356366 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0009  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
83 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2231  tRNA-Tyr  89.47 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000893857  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  89.47 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4665  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00193221  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0048  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0047  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0056  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000133037 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1892  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.729122  normal  0.381192 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0058  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000141914 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  89.47 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1911  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0172015  normal  0.172303 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1884  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.162729 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1385  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0321672  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2193  tRNA-Tyr  89.47 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000544393  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1716  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220424  normal  0.977011 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
85 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1714  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0409502  normal  0.981337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1886  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
87 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0997724 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0021  tRNA-Tyr  93.88 
 
 
83 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0013  tRNA-Tyr  97.3 
 
 
86 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000015326  hitchhiker  0.00843441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>