More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2954 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_1376  Oxaloacetate decarboxylase  69.96 
 
 		 676 aa  987    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.132015  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1063  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  69.36 
 
 		 676 aa  988    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.218246  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2954  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  100 
 
 		 685 aa  1414    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.738213  hitchhiker  0.000297505 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0417  pyruvate carboxylase  38.96 
 
 		 1234 aa  448  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00734861 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0873  pyruvate carboxylase  39.15 
 
 		 1230 aa  439  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1553  pyruvate carboxylase  39.11 
 
 		 1233 aa  434  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0585647  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2160  pyruvate carboxylase  39 
 
 		 1229 aa  432  1e-119  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2308  pyruvate carboxylase  37.48 
 
 		 1229 aa  424  1e-117  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0690  pyruvate carboxylase  38.51 
 
 		 1230 aa  420  1e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.775311  normal  0.465507 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2081  pyruvate carboxylase  38.58 
 
 		 1238 aa  414  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1328  pyruvate carboxylase  37.57 
 
 		 1234 aa  413  1e-114  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0515134 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0677  pyruvate carboxyltransferase  33.96 
 
 		 553 aa  306  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0321598 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_90975  Pyruvate carboxylase  28.72 
 
 		 1179 aa  227  5.0000000000000005e-58  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.301663  normal  0.518395 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3139  pyruvate carboxylase  30.67 
 
 		 1184 aa  223  8e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3329  pyruvate carboxylase  30.92 
 
 		 1158 aa  218  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2669  pyruvate carboxylase  30.16 
 
 		 1164 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7328  pyruvate carboxylase  30.18 
 
 		 1172 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.402433 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1142  pyruvate carboxylase  29.54 
 
 		 1146 aa  213  7e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0248368  normal  0.044238 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5754  pyruvate carboxylase  29.39 
 
 		 1169 aa  211  3e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.345143  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1781  pyruvate carboxylase  28.85 
 
 		 1158 aa  210  8e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1716  pyruvate carboxylase  28.85 
 
 		 1158 aa  210  8e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5521  pyruvate carboxylase  29.22 
 
 		 1173 aa  210  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1119  pyruvate carboxylase  29.14 
 
 		 1169 aa  208  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0696  pyruvate carboxylase  28.63 
 
 		 1137 aa  209  2e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3994  pyruvate carboxylase  29.01 
 
 		 1148 aa  208  3e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.882525  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3690  pyruvate carboxylase  28.87 
 
 		 1148 aa  208  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4065  pyruvate carboxylase  29.01 
 
 		 1148 aa  207  4e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3962  pyruvate carboxylase  28.87 
 
 		 1148 aa  207  5e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1360  pyruvate carboxylase  29.56 
 
 		 1147 aa  207  7e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0615601 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3859  pyruvate carboxylase  29.01 
 
 		 1148 aa  206  1e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3707  pyruvate carboxylase  28.87 
 
 		 1148 aa  206  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.863258  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6118  pyruvate carboxylase  29.54 
 
 		 1165 aa  206  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.410789 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4157  pyruvate carboxylase  29.01 
 
 		 1148 aa  206  1e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.820084  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1190  pyruvate carboxylase  28.87 
 
 		 1148 aa  206  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4050  pyruvate carboxylase  28.87 
 
 		 1148 aa  205  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.898796  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3773  pyruvate carboxylase  28.87 
 
 		 1148 aa  205  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.333  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4597  pyruvate carboxylase  28.57 
 
 		 1157 aa  205  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0816  pyruvate carboxylase  28.64 
 
 		 1148 aa  204  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  0.000000167673  hitchhiker  0.00000000644662 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3839  pyruvate carboxylase  29.54 
 
 		 1154 aa  204  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4375  pyruvate carboxylase  29.56 
 
 		 1153 aa  204  6e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0980  pyruvate carboxylase  28.42 
 
 		 1147 aa  203  9e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.125957  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2649  pyruvate carboxylase  28.93 
 
 		 1148 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00733169  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1121  pyruvate carboxylase  29.04 
 
 		 1153 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4167  pyruvate carboxylase  28.89 
 
 		 1154 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2428  pyruvate carboxylase  28.24 
 
 		 1148 aa  201  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0297637  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3015  pyruvate carboxylase  28.51 
 
 		 1148 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.240304  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49339  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  29.38 
 
 		 1264 aa  199  1.0000000000000001e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1957  pyruvate carboxylase  28.59 
 
 		 1148 aa  196  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1336  pyruvate carboxylase  28.51 
 
 		 1148 aa  196  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.441133  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0972  pyruvate carboxylase  28.09 
 
 		 1165 aa  195  3e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0428493 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0519  pyruvate carboxylase  26.88 
 
 		 1144 aa  194  3e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1556  pyruvate carboxylase subunit B  28.83 
 
 		 615 aa  194  5e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.944098  normal  0.0959021 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2907  pyruvate carboxylase  27.95 
 
 		 1148 aa  194  5e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000167641  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2549  pyruvate carboxylase  27.07 
 
 		 1149 aa  193  8e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.011252  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1852  pyruvate carboxylase  28.72 
 
 		 1147 aa  193  1e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0139  pyruvate carboxylase subunit B  27.03 
 
 		 616 aa  193  1e-47  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0177448  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2781  pyruvate carboxylase  28.34 
 
 		 1146 aa  192  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.34557 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2028  pyruvate carboxylase  28.66 
 
 		 1146 aa  192  2e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3215  pyruvate carboxylase  28.98 
 
 		 1148 aa  192  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4144  pyruvate carboxylase  29.05 
 
 		 1144 aa  191  4e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0258  pyruvate carboxylase  28.38 
 
 		 1148 aa  191  5e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000175777 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04462  pyruvate carboxylase (Eurofung)  28.45 
 
 		 1196 aa  190  1e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.736357  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1174  pyruvate carboxylase  27.44 
 
 		 1150 aa  190  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.810456  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18300  pyruvate carboxylase  29.29 
 
 		 1134 aa  189  1e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.154517 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1196  pyruvate carboxylase  27.44 
 
 		 1150 aa  190  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3114  pyruvate carboxylase  28.64 
 
 		 1148 aa  189  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.558705  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5973  pyruvate carboxylase  29.41 
 
 		 1125 aa  187  7e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1916  pyruvate carboxylase subunit B  25.67 
 
 		 609 aa  187  7e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.566124  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0273  pyruvate carboxylase  28.17 
 
 		 1148 aa  187  7e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.322255  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2457  pyruvate carboxylase  28.89 
 
 		 1127 aa  186  9e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000300234 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2485  pyruvate carboxylase  27.76 
 
 		 1145 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0402  pyruvate carboxylase  29.13 
 
 		 1147 aa  186  1.0000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_30519  precursor of carboxylase pyruvate carboxylase  28.07 
 
 		 1252 aa  186  1.0000000000000001e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2317  pyruvate carboxylase  29.49 
 
 		 1146 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1030  oxaloacetate decarboxylase  26.25 
 
 		 608 aa  184  3e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3068  oxaloacetate decarboxylase  25.7 
 
 		 611 aa  185  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0704  pyruvate carboxylase  27.79 
 
 		 1147 aa  184  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5060  pyruvate carboxylase subunit B  26.67 
 
 		 602 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_128  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  27 
 
 		 587 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02060  pyruvate carboxylase subunit B  26.74 
 
 		 599 aa  184  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3266  oxaloacetate decarboxylase  26.71 
 
 		 607 aa  184  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0475332 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1638  pyruvate carboxylase  29.33 
 
 		 1167 aa  183  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1025  oxaloacetate decarboxylase  26.86 
 
 		 606 aa  183  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4478  pyruvate carboxylase subunit B  26.85 
 
 		 602 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5510  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  26.52 
 
 		 602 aa  182  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0202  oxaloacetate decarboxylase  26.62 
 
 		 599 aa  182  2e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2986  oxaloacetate decarboxylase  25.48 
 
 		 611 aa  182  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.657693 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1784  pyruvate carboxylase subunit B  26.37 
 
 		 582 aa  182  2e-44  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.803588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0085  oxaloacetate decarboxylase  26.23 
 
 		 597 aa  182  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0260292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5639  pyruvate carboxylase subunit B  26.02 
 
 		 602 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509278  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0677  pyruvate carboxylase  28.28 
 
 		 1154 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00418471 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1298  pyruvate carboxylase  27.86 
 
 		 1132 aa  181  4e-44  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.936184 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3513  pyruvate carboxylase  28.19 
 
 		 1128 aa  181  4.999999999999999e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1321  oxaloacetate decarboxylase  25.19 
 
 		 604 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0140986 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1126  oxaloacetate decarboxylase  26.86 
 
 		 607 aa  180  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3336  oxaloacetate decarboxylase  25.49 
 
 		 602 aa  180  8e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131691 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4717  pyruvate carboxylase  28.92 
 
 		 1169 aa  179  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.513127  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0639  oxaloacetate decarboxylase  25.84 
 
 		 595 aa  179  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3925  pyruvate carboxylase subunit B  27.15 
 
 		 602 aa  178  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2995  pyruvate carboxylase  28.36 
 
 		 1149 aa  178  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>