More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_128 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET0119  pyruvate carboxylase subunit B  96.59 
 
 		 584 aa  1164    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.698581  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0250  pyruvate carboxylase subunit B  92.66 
 
 		 582 aa  1120    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_128  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  100 
 
 		 587 aa  1205    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1586  pyruvate carboxylase subunit B  56.24 
 
 		 573 aa  676    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.526056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1005  pyruvate carboxylase subunit B  54.73 
 
 		 567 aa  662    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3189  pyruvate carboxylase subunit B  55.73 
 
 		 577 aa  647    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2425  pyruvate carboxylase subunit B  55.75 
 
 		 571 aa  637    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1733  pyruvate carboxylase subunit B  56.68 
 
 		 567 aa  669    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1350  pyruvate carboxylase subunit B  52.92 
 
 		 568 aa  639    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1334  pyruvate carboxylase subunit B  53.17 
 
 		 569 aa  632  1e-180  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1341  pyruvate carboxylase subunit B  52.49 
 
 		 569 aa  633  1e-180  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.421509 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0612  pyruvate carboxylase subunit B  52.49 
 
 		 569 aa  633  1e-180  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.86669  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1643  pyruvate carboxylase subunit B  54 
 
 		 582 aa  625  1e-178  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.667683  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1784  pyruvate carboxylase subunit B  53.68 
 
 		 582 aa  623  1e-177  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.803588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1010  pyruvate carboxylase subunit B  53.95 
 
 		 579 aa  615  1e-175  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0137  pyruvate carboxylase subunit B  53.6 
 
 		 577 aa  618  1e-175  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5060  pyruvate carboxylase subunit B  50.49 
 
 		 602 aa  598  1e-170  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5346  pyruvate carboxylase subunit B  49.76 
 
 		 602 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544178 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5510  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  49.84 
 
 		 602 aa  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5639  pyruvate carboxylase subunit B  50 
 
 		 602 aa  595  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509278  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5255  pyruvate carboxylase subunit B  49.76 
 
 		 602 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.594563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5124  pyruvate carboxylase subunit B  50.08 
 
 		 602 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.588617 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5395  pyruvate carboxylase subunit B  50.08 
 
 		 602 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1512  pyruvate carboxylase subunit B  47.83 
 
 		 617 aa  587  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.841478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3925  pyruvate carboxylase subunit B  51.07 
 
 		 602 aa  588  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4478  pyruvate carboxylase subunit B  49.35 
 
 		 602 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6223  pyruvate carboxylase subunit B  49.18 
 
 		 607 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02060  pyruvate carboxylase subunit B  49.84 
 
 		 599 aa  584  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1916  pyruvate carboxylase subunit B  48.64 
 
 		 609 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.566124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71720  pyruvate carboxylase subunit B  49.01 
 
 		 607 aa  581  1e-164  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1556  pyruvate carboxylase subunit B  49.92 
 
 		 615 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.944098  normal  0.0959021 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1556  pyruvate carboxylase subunit B  47.85 
 
 		 604 aa  578  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.411533  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1230  Conserved carboxylase region  54.88 
 
 		 475 aa  561  1.0000000000000001e-159  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0531  pyruvate carboxylase subunit B  47.68 
 
 		 596 aa  553  1e-156  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0507  pyruvate carboxylase subunit B  47.68 
 
 		 596 aa  553  1e-156  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1606  oxaloacetate decarboxylase alpha subunit  47.04 
 
 		 608 aa  552  1e-156  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0818232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1015  pyruvate carboxylase subunit B  49.43 
 
 		 614 aa  548  1e-155  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.091976  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1582  oxaloacetate decarboxylase  57.05 
 
 		 465 aa  547  1e-154  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0631  Conserved carboxylase region  44.04 
 
 		 633 aa  541  9.999999999999999e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1736  oxaloacetate decarboxylase  55.3 
 
 		 510 aa  540  9.999999999999999e-153  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1525  pyruvate carboxylase subunit B  48.22 
 
 		 643 aa  541  9.999999999999999e-153  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000118935  normal  0.0137179 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0320  oxaloacetate decarboxylase  45.45 
 
 		 605 aa  537  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3650  oxaloacetate decarboxylase  47.16 
 
 		 594 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1052  oxaloacetate decarboxylase  44.65 
 
 		 599 aa  533  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0474655  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002525  oxaloacetate decarboxylase alpha chain  46.43 
 
 		 594 aa  530  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.450431  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0139  pyruvate carboxylase subunit B  45.11 
 
 		 616 aa  529  1e-149  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0177448  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3508  pyruvate carboxylase subunit B  48.05 
 
 		 621 aa  529  1e-149  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000543633  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0639  oxaloacetate decarboxylase  44.88 
 
 		 595 aa  531  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1064  pyruvate carboxylase subunit B  46.56 
 
 		 634 aa  531  1e-149  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000214042  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3376  oxaloacetate decarboxylase  45.51 
 
 		 604 aa  528  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0701  oxaloacetate decarboxylase  56.24 
 
 		 465 aa  531  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0060  oxaloacetate decarboxylase  47.32 
 
 		 590 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580433  normal  0.307421 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0862  oxaloacetate decarboxylase  47.32 
 
 		 590 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0202  oxaloacetate decarboxylase  45.23 
 
 		 599 aa  526  1e-148  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0803  oxaloacetate decarboxylase  46.5 
 
 		 589 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0085  oxaloacetate decarboxylase  45.14 
 
 		 597 aa  528  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0260292  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3712  oxaloacetate decarboxylase  47.32 
 
 		 590 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3623  oxaloacetate decarboxylase  46.3 
 
 		 599 aa  527  1e-148  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00192901  decreased coverage  0.000000118523 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3336  oxaloacetate decarboxylase  45.03 
 
 		 602 aa  528  1e-148  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131691 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2480  oxaloacetate decarboxylase  46.09 
 
 		 598 aa  523  1e-147  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1321  oxaloacetate decarboxylase  44.37 
 
 		 604 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0140986 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0061  oxaloacetate decarboxylase  46.66 
 
 		 589 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03491  oxaloacetate decarboxylase  45.59 
 
 		 593 aa  523  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3615  oxaloacetate decarboxylase  46.66 
 
 		 589 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.472152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3544  oxaloacetate decarboxylase  46.99 
 
 		 589 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0062  oxaloacetate decarboxylase  46.81 
 
 		 588 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0059  oxaloacetate decarboxylase  46.74 
 
 		 591 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.265333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3543  oxaloacetate decarboxylase  46.33 
 
 		 589 aa  521  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.549121  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1220  oxaloacetate decarboxylase  43 
 
 		 601 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0185712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0060  oxaloacetate decarboxylase  46.41 
 
 		 591 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1199  oxaloacetate decarboxylase  45.44 
 
 		 603 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0831  oxaloacetate decarboxylase  46.17 
 
 		 591 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0894  oxaloacetate decarboxylase  45.9 
 
 		 589 aa  512  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1284  pyruvate carboxylase subunit B  46.23 
 
 		 618 aa  512  1e-144  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.01303  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0971  oxaloacetate decarboxylase  44.91 
 
 		 595 aa  514  1e-144  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.195309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2893  oxaloacetate decarboxylase  45.01 
 
 		 592 aa  513  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.345555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1025  oxaloacetate decarboxylase  42.66 
 
 		 606 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1306  oxaloacetate decarboxylase  43.91 
 
 		 596 aa  508  1e-143  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  0.0412594 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2603  pyruvate carboxylase subunit B  46.27 
 
 		 624 aa  509  1e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000143186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1066  oxaloacetate decarboxylase  43.51 
 
 		 592 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3266  oxaloacetate decarboxylase  42.76 
 
 		 607 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0475332 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0693  oxaloacetate decarboxylase  44.15 
 
 		 602 aa  508  9.999999999999999e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3012  oxaloacetate decarboxylase  43.48 
 
 		 596 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.930079  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0558  pyruvate carboxylase subunit B  44.95 
 
 		 636 aa  505  9.999999999999999e-143  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0745803  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1030  oxaloacetate decarboxylase  43.27 
 
 		 608 aa  504  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1319  Conserved carboxylase region  54.63 
 
 		 463 aa  505  1e-141  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02841  oxaloacetate decarboxylase  42.29 
 
 		 604 aa  504  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.698673  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2986  oxaloacetate decarboxylase  42.41 
 
 		 611 aa  499  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.657693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3068  oxaloacetate decarboxylase  42.74 
 
 		 611 aa  499  1e-140  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1126  oxaloacetate decarboxylase  42.09 
 
 		 607 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1435  Pyruvate carboxylase  55.58 
 
 		 507 aa  499  1e-140  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1092  oxaloacetate decarboxylase  41.99 
 
 		 607 aa  498  1e-139  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2433  oxaloacetate decarboxylase  55.33 
 
 		 470 aa  498  1e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3165  oxaloacetate decarboxylase  42.58 
 
 		 611 aa  498  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1049  oxaloacetate decarboxylase  43.07 
 
 		 592 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3196  oxaloacetate decarboxylase  44.37 
 
 		 594 aa  492  9.999999999999999e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.097101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1435  pyruvate carboxylase subunit B  44.08 
 
 		 638 aa  491  1e-137  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000897989  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0631  pyruvate carboxylase subunit B  42.15 
 
 		 619 aa  490  1e-137  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1864  oxaloacetate decarboxylase  53.47 
 
 		 458 aa  489  1e-137  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00728685  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1439  oxaloacetate decarboxylase  56.04 
 
 		 462 aa  487  1e-136  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00378235  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>