More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3068 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B3543  oxaloacetate decarboxylase  61.03 
 
 		 589 aa  733    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.549121  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0060  oxaloacetate decarboxylase  62.02 
 
 		 590 aa  749    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580433  normal  0.307421 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2480  oxaloacetate decarboxylase  62.95 
 
 		 598 aa  780    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3544  oxaloacetate decarboxylase  60.7 
 
 		 589 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1049  oxaloacetate decarboxylase  63.99 
 
 		 592 aa  786    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0061  oxaloacetate decarboxylase  61.36 
 
 		 589 aa  739    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1199  oxaloacetate decarboxylase  76.47 
 
 		 603 aa  941    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3266  oxaloacetate decarboxylase  84.1 
 
 		 607 aa  1034    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0475332 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0059  oxaloacetate decarboxylase  60.36 
 
 		 591 aa  725    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.265333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3336  oxaloacetate decarboxylase  76.18 
 
 		 602 aa  959    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131691 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002525  oxaloacetate decarboxylase alpha chain  67.11 
 
 		 594 aa  825    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.450431  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3650  oxaloacetate decarboxylase  59.97 
 
 		 594 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0639  oxaloacetate decarboxylase  67.48 
 
 		 595 aa  825    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02841  oxaloacetate decarboxylase  63.03 
 
 		 604 aa  785    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.698673  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0862  oxaloacetate decarboxylase  61.86 
 
 		 590 aa  749    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03491  oxaloacetate decarboxylase  67.21 
 
 		 593 aa  828    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0803  oxaloacetate decarboxylase  61.16 
 
 		 589 aa  738    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1025  oxaloacetate decarboxylase  83.74 
 
 		 606 aa  1031    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3712  oxaloacetate decarboxylase  62.02 
 
 		 590 aa  749    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1306  oxaloacetate decarboxylase  65.07 
 
 		 596 aa  778    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  0.0412594 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2893  oxaloacetate decarboxylase  66.28 
 
 		 592 aa  785    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.345555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0693  oxaloacetate decarboxylase  65.25 
 
 		 602 aa  803    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2799  oxaloacetate decarboxylase  57.92 
 
 		 690 aa  702    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.29172 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1220  oxaloacetate decarboxylase  76.35 
 
 		 601 aa  941    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0185712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1030  oxaloacetate decarboxylase  83.55 
 
 		 608 aa  1025    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3623  oxaloacetate decarboxylase  67.05 
 
 		 599 aa  823    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00192901  decreased coverage  0.000000118523 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3012  oxaloacetate decarboxylase  66.83 
 
 		 596 aa  813    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.930079  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0202  oxaloacetate decarboxylase  60.3 
 
 		 599 aa  749    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2986  oxaloacetate decarboxylase  98.36 
 
 		 611 aa  1234    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.657693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3068  oxaloacetate decarboxylase  100 
 
 		 611 aa  1256    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1066  oxaloacetate decarboxylase  77.24 
 
 		 592 aa  947    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0062  oxaloacetate decarboxylase  61.36 
 
 		 588 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1321  oxaloacetate decarboxylase  73.98 
 
 		 604 aa  926    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0140986 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1454  oxaloacetate decarboxylase  57.5 
 
 		 690 aa  704    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.583175  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0971  oxaloacetate decarboxylase  65.45 
 
 		 595 aa  787    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.195309  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0894  oxaloacetate decarboxylase  60.73 
 
 		 589 aa  721    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3196  oxaloacetate decarboxylase  61.74 
 
 		 594 aa  749    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.097101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3165  oxaloacetate decarboxylase  96.56 
 
 		 611 aa  1180    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0831  oxaloacetate decarboxylase  60.86 
 
 		 591 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0320  oxaloacetate decarboxylase  60.42 
 
 		 605 aa  747    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0085  oxaloacetate decarboxylase  68.85 
 
 		 597 aa  842    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0260292  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0060  oxaloacetate decarboxylase  60.2 
 
 		 591 aa  724    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3615  oxaloacetate decarboxylase  60.7 
 
 		 589 aa  733    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.472152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1052  oxaloacetate decarboxylase  76.07 
 
 		 599 aa  931    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0474655  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1126  oxaloacetate decarboxylase  84.26 
 
 		 607 aa  1024    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3376  oxaloacetate decarboxylase  65.02 
 
 		 604 aa  805    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1092  oxaloacetate decarboxylase  83.93 
 
 		 607 aa  1023    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1740  hypothetical protein  52.55 
 
 		 596 aa  617  1e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.407057 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1556  pyruvate carboxylase subunit B  47.32 
 
 		 615 aa  578  1e-164  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.944098  normal  0.0959021 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1512  pyruvate carboxylase subunit B  46.29 
 
 		 617 aa  581  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.841478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1350  pyruvate carboxylase subunit B  46.52 
 
 		 568 aa  566  1e-160  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5639  pyruvate carboxylase subunit B  48.55 
 
 		 602 aa  565  1e-160  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509278  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1341  pyruvate carboxylase subunit B  47.5 
 
 		 569 aa  566  1e-160  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.421509 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1005  pyruvate carboxylase subunit B  46.67 
 
 		 567 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5124  pyruvate carboxylase subunit B  48.06 
 
 		 602 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.588617 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1334  pyruvate carboxylase subunit B  47.33 
 
 		 569 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0612  pyruvate carboxylase subunit B  47.93 
 
 		 569 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.86669  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5395  pyruvate carboxylase subunit B  47.74 
 
 		 602 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5346  pyruvate carboxylase subunit B  47.58 
 
 		 602 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544178 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1916  pyruvate carboxylase subunit B  46.85 
 
 		 609 aa  559  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.566124  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3925  pyruvate carboxylase subunit B  47.77 
 
 		 602 aa  561  1e-158  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5255  pyruvate carboxylase subunit B  47.58 
 
 		 602 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.594563 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4478  pyruvate carboxylase subunit B  47.9 
 
 		 602 aa  555  1e-157  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5510  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  47.43 
 
 		 602 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02060  pyruvate carboxylase subunit B  47.97 
 
 		 599 aa  551  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6223  pyruvate carboxylase subunit B  46.88 
 
 		 607 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2425  pyruvate carboxylase subunit B  46.23 
 
 		 571 aa  549  1e-155  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71720  pyruvate carboxylase subunit B  46.55 
 
 		 607 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0531  pyruvate carboxylase subunit B  45.9 
 
 		 596 aa  546  1e-154  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5060  pyruvate carboxylase subunit B  46.62 
 
 		 602 aa  547  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0507  pyruvate carboxylase subunit B  45.74 
 
 		 596 aa  543  1e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1586  pyruvate carboxylase subunit B  44.15 
 
 		 573 aa  544  1e-153  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.526056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1606  oxaloacetate decarboxylase alpha subunit  46.52 
 
 		 608 aa  535  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0818232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1643  pyruvate carboxylase subunit B  45.92 
 
 		 582 aa  530  1e-149  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.667683  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1556  pyruvate carboxylase subunit B  46.28 
 
 		 604 aa  530  1e-149  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.411533  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0137  pyruvate carboxylase subunit B  45.45 
 
 		 577 aa  529  1e-149  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1733  pyruvate carboxylase subunit B  45.76 
 
 		 567 aa  530  1e-149  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1010  pyruvate carboxylase subunit B  45.61 
 
 		 579 aa  529  1e-149  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3189  pyruvate carboxylase subunit B  44.59 
 
 		 577 aa  526  1e-148  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0631  Conserved carboxylase region  42.24 
 
 		 633 aa  528  1e-148  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0139  pyruvate carboxylase subunit B  43.46 
 
 		 616 aa  523  1e-147  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0177448  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3026  oxaloacetate decarboxylase  49.7 
 
 		 520 aa  516  1.0000000000000001e-145  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.444345 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1784  pyruvate carboxylase subunit B  44.44 
 
 		 582 aa  517  1.0000000000000001e-145  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.803588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0033  oxaloacetate decarboxylase  50.5 
 
 		 499 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000614565  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3084  oxaloacetate decarboxylase  50.5 
 
 		 499 aa  509  1e-143  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000401568  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0316  oxaloacetate decarboxylase  50.39 
 
 		 501 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1736  oxaloacetate decarboxylase  50.41 
 
 		 510 aa  507  9.999999999999999e-143  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0119  pyruvate carboxylase subunit B  43.74 
 
 		 584 aa  502  1e-141  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.698581  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0334  oxaloacetate decarboxylase  50 
 
 		 501 aa  504  1e-141  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.849727  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_128  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  42.74 
 
 		 587 aa  499  1e-140  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1582  oxaloacetate decarboxylase  51.42 
 
 		 465 aa  501  1e-140  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0701  oxaloacetate decarboxylase  52.63 
 
 		 465 aa  501  1e-140  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0250  pyruvate carboxylase subunit B  42.98 
 
 		 582 aa  498  1e-139  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1064  pyruvate carboxylase subunit B  41.15 
 
 		 634 aa  495  9.999999999999999e-139  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000214042  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1319  Conserved carboxylase region  49.34 
 
 		 463 aa  489  1e-137  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1594  oxaloacetate decarboxylase  49.69 
 
 		 480 aa  491  1e-137  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.244683  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1230  Conserved carboxylase region  46.96 
 
 		 475 aa  487  1e-136  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1015  pyruvate carboxylase subunit B  42.13 
 
 		 614 aa  488  1e-136  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.091976  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1284  pyruvate carboxylase subunit B  42.83 
 
 		 618 aa  487  1e-136  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.01303  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2603  pyruvate carboxylase subunit B  41.13 
 
 		 624 aa  483  1e-135  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000143186  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>