More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0851 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0851  transcription elongation factor GreA/GreB region  100 
 
 		 138 aa  280  5.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3421  GreA/GreB family elongation factor  66.41 
 
 		 141 aa  171  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470141  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0922  transcription elongation factor GreA/GreB region  60.99 
 
 		 151 aa  164  4e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0934  GreA/GreB family elongation factor  57.89 
 
 		 134 aa  160  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4551  GreA/GreB family elongation factor  57.14 
 
 		 134 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.404649  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2799  GreA/GreB family elongation factor  49.58 
 
 		 141 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.28493  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5468  GreA/GreB family elongation factor  45.6 
 
 		 140 aa  110  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.699388 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5464  GreA/GreB family elongation factor  45.16 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.518516 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0414  GreA/GreB family elongation factor  44.35 
 
 		 148 aa  106  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4181  GreA/GreB family elongation factor  46.22 
 
 		 137 aa  105  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.200638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3357  transcription elongation factor GreA/GreB domain-containing protein  48.65 
 
 		 123 aa  104  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0557  GreA/GreB family elongation factor  41.94 
 
 		 143 aa  104  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5467  GreA/GreB family elongation factor  40.91 
 
 		 147 aa  104  5e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.521528 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0942  nucleoside diphosphate kinase regulator  44.35 
 
 		 136 aa  103  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0286674  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2929  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.6 
 
 		 143 aa  103  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4724  nucleoside diphosphate kinase regulator  44.54 
 
 		 137 aa  103  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186623  normal  0.0958356 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3680  nucleoside diphosphate kinase regulator  44.54 
 
 		 142 aa  97.1  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0614  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.67 
 
 		 169 aa  96.7  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3467  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.52 
 
 		 135 aa  95.9  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0686  GreA/GreB family elongation factor  39.53 
 
 		 134 aa  95.9  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5068  GreA/GreB family elongation factor  41.94 
 
 		 139 aa  94.4  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0827  GreA/GreB family elongation factor  44.23 
 
 		 159 aa  92.8  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2490  GreA/GreB family elongation factor  37.21 
 
 		 166 aa  89  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6016  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.28 
 
 		 134 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2202  nucleoside diphosphate kinase regulator  39.5 
 
 		 135 aa  88.2  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69630  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.28 
 
 		 134 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4145  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.32 
 
 		 137 aa  87.8  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.612026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4254  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.23 
 
 		 146 aa  87.4  6e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4275  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.44 
 
 		 146 aa  87  7e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0938  GreA/GreB family elongation factor  43.75 
 
 		 137 aa  87  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0539  GreA/GreB family elongation factor  41.96 
 
 		 138 aa  87  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0510  GreA/GreB family elongation factor  39.83 
 
 		 137 aa  86.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5494  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.5 
 
 		 136 aa  84.3  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0543  GreA/GreB family elongation factor  41.07 
 
 		 138 aa  84  7e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5337  GreA/GreB family elongation factor  38.33 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.641295 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2872  GreA/GreB family elongation factor  38.89 
 
 		 135 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1743  GreA/GreB family elongation factor  42.48 
 
 		 136 aa  83.2  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.100273 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0271  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.5 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0578  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.95 
 
 		 146 aa  82.8  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1679  GreA/GreB family elongation factor  39.47 
 
 		 137 aa  82  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.700958  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1645  GreA/GreB family elongation factor  35.2 
 
 		 134 aa  80.9  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.169822  normal  0.646556 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1918  transcription elongation factor  36.94 
 
 		 129 aa  80.1  0.000000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1764  GreA/GreB family elongation factor  40 
 
 		 137 aa  80.1  0.000000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2466  GreA/GreB family elongation factor  38.89 
 
 		 135 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4382  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.94 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1684  GreA/GreB family elongation factor  37.8 
 
 		 138 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2147  GreA/GreB family elongation factor  38.39 
 
 		 137 aa  78.2  0.00000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0276  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.29 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1148  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.29 
 
 		 136 aa  77.8  0.00000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0269  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.16 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1935  regulator of nucleoside diphosphate kinase  41.07 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2511  GreA/GreB family elongation factor  40.18 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00542547  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04592  regulator of nucleoside diphosphate kinase  36.59 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0518  GreA/GreB family elongation factor  36.07 
 
 		 138 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000800329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2624  GreA/GreB family elongation factor  40.18 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2504  GreA/GreB family elongation factor  40.18 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000671483  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1840  GreA/GreB family elongation factor  40.18 
 
 		 135 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000293158  normal  0.0180597 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3662  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.59 
 
 		 136 aa  75.5  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.587976  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0898  GreA/GreB family elongation factor  34.45 
 
 		 135 aa  75.9  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.275976  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1894  GreA/GreB family elongation factor  36.89 
 
 		 128 aa  75.5  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5223  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.36 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0229  regulator of nucleoside diphosphate kinase  34.11 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5132  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.36 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0249  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.36 
 
 		 136 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580853 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2003  GreA/GreB family elongation factor  35.59 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.108948  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1597  GreA/GreB family elongation factor  38.39 
 
 		 137 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323203  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1288  regulator of nucleoside diphosphate kinase  30.77 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.783972  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0955  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  30.77 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1352  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  30.77 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.833636  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2477  regulator of nucleoside diphosphate kinase  30.77 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0336  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  30.77 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0614  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  30.77 
 
 		 132 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1165  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.16 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.29507 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0429  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.16 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0493  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.16 
 
 		 136 aa  73.6  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1616  GreA/GreB family elongation factor  34.88 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5284  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.85 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3604  GreA/GreB family elongation factor  36.13 
 
 		 141 aa  72.8  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.883906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1639  GreA/GreB family elongation factor  40.71 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0011881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1714  GreA/GreB family elongation factor  40.71 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00341576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1714  GreA/GreB family elongation factor  40.18 
 
 		 135 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000114575  normal  0.140273 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0656  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.61 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0715  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.61 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0729  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.61 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.309798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0775  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.61 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0670  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.59 
 
 		 136 aa  71.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2265  GreA/GreB family elongation factor  39.82 
 
 		 135 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1433  GreA/GreB family elongation factor  33.91 
 
 		 136 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000263626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1215  regulator of nucleoside diphosphate kinase  29.91 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3058  GreA/GreB family elongation factor  33.59 
 
 		 133 aa  70.5  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.26553  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3820  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.33 
 
 		 136 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221003  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2621  GreA/GreB family elongation factor  36.8 
 
 		 143 aa  70.1  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.603501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0178  nucleoside diphosphate kinase regulator  32.56 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1248  GreA/GreB family elongation factor  36.13 
 
 		 137 aa  69.7  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4883  GreA/GreB family elongation factor  34.48 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3015  GreA/GreB family elongation factor  32.81 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00240658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00567  hypothetical protein  32.81 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1517  nucleoside diphosphate kinase regulator, putative  30.58 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.248295  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0524  nucleoside diphosphate kinase regulator  32.81 
 
 		 136 aa  68.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2844  GreA/GreB family elongation factor  31.97 
 
 		 142 aa  69.3  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163743  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>