More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2003 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2003  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 		 137 aa  277  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.108948  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1764  GreA/GreB family elongation factor  62.77 
 
 		 137 aa  186  9e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2147  GreA/GreB family elongation factor  64.96 
 
 		 137 aa  185  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0938  GreA/GreB family elongation factor  60.58 
 
 		 137 aa  179  8.000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1597  GreA/GreB family elongation factor  62.5 
 
 		 137 aa  175  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323203  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1743  GreA/GreB family elongation factor  59.26 
 
 		 136 aa  169  9e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.100273 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1433  GreA/GreB family elongation factor  56.2 
 
 		 136 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000263626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2624  GreA/GreB family elongation factor  57.89 
 
 		 135 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2511  GreA/GreB family elongation factor  57.89 
 
 		 135 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00542547  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1840  GreA/GreB family elongation factor  57.89 
 
 		 135 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000293158  normal  0.0180597 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2504  GreA/GreB family elongation factor  57.89 
 
 		 135 aa  158  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000671483  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2265  GreA/GreB family elongation factor  57.78 
 
 		 135 aa  156  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1935  regulator of nucleoside diphosphate kinase  57.89 
 
 		 135 aa  155  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1616  GreA/GreB family elongation factor  55.15 
 
 		 137 aa  155  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1714  GreA/GreB family elongation factor  56.39 
 
 		 135 aa  153  8e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000114575  normal  0.140273 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1639  GreA/GreB family elongation factor  57.14 
 
 		 135 aa  153  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0011881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1714  GreA/GreB family elongation factor  57.14 
 
 		 135 aa  153  9e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00341576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1679  GreA/GreB family elongation factor  53.28 
 
 		 137 aa  147  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.700958  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1248  GreA/GreB family elongation factor  50.37 
 
 		 137 aa  140  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0493  nucleoside diphosphate kinase regulator  49.25 
 
 		 136 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1165  nucleoside diphosphate kinase regulator  49.25 
 
 		 136 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.29507 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0271  nucleoside diphosphate kinase regulator  51.09 
 
 		 135 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0429  nucleoside diphosphate kinase regulator  49.25 
 
 		 136 aa  129  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2805  GreA/GreB family elongation factor  47.45 
 
 		 135 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.75777  normal  0.289356 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3820  nucleoside diphosphate kinase regulator  48.15 
 
 		 136 aa  126  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221003  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2294  GreA/GreB family elongation factor  47.45 
 
 		 135 aa  126  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.975814  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5223  nucleoside diphosphate kinase regulator  48.53 
 
 		 136 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5132  nucleoside diphosphate kinase regulator  48.53 
 
 		 136 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5284  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.79 
 
 		 136 aa  123  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2402  GreA/GreB family elongation factor  46.72 
 
 		 134 aa  122  2e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.293029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6016  nucleoside diphosphate kinase regulator  51.11 
 
 		 134 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69630  nucleoside diphosphate kinase regulator  51.11 
 
 		 134 aa  122  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3662  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.67 
 
 		 136 aa  120  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.587976  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0249  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.06 
 
 		 136 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580853 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1314  GreA/GreB family elongation factor  45.52 
 
 		 143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2969  GreA/GreB family elongation factor  45.52 
 
 		 143 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000763925 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0066  GreA/GreB family elongation factor  43.07 
 
 		 138 aa  116  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0787591  normal  0.343194 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4382  nucleoside diphosphate kinase regulator  44.78 
 
 		 136 aa  116  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5494  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.97 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0732  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  47.01 
 
 		 142 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000152989  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0549  nucleoside diphosphate kinase regulator  49.64 
 
 		 135 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000352077  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000067  regulator of nucleoside diphosphate kinase  44.53 
 
 		 135 aa  114  3.9999999999999997e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0657287  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0229  regulator of nucleoside diphosphate kinase  44.85 
 
 		 135 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0160  GreA/GreB family elongation factor  47.01 
 
 		 142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.385905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0269  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.19 
 
 		 136 aa  111  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0276  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.19 
 
 		 136 aa  111  3e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1148  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.96 
 
 		 136 aa  110  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0178  nucleoside diphosphate kinase regulator  44.85 
 
 		 135 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0715  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.22 
 
 		 136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0656  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.22 
 
 		 136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0775  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.22 
 
 		 136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0729  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.22 
 
 		 136 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.309798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2606  GreA/GreB family elongation factor  44.36 
 
 		 142 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0149919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0670  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.22 
 
 		 136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3128  GreA/GreB family elongation factor  41.04 
 
 		 135 aa  108  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4883  GreA/GreB family elongation factor  44.44 
 
 		 138 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2844  GreA/GreB family elongation factor  44.78 
 
 		 142 aa  107  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163743  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00578  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.86 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3015  GreA/GreB family elongation factor  42.86 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00240658  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0629  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.86 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00567  hypothetical protein  42.86 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0661  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.86 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0524  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.86 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0697  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.86 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3034  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.86 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0632  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.11 
 
 		 136 aa  103  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0518  GreA/GreB family elongation factor  41.35 
 
 		 138 aa  103  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000800329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0898  GreA/GreB family elongation factor  37.31 
 
 		 135 aa  103  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.275976  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2439  GreA/GreB family elongation factor  41.84 
 
 		 141 aa  101  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.53046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1519  GreA/GreB family elongation factor  45.19 
 
 		 137 aa  100  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0836  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  38.69 
 
 		 135 aa  98.6  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0929848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0686  GreA/GreB family elongation factor  40.16 
 
 		 134 aa  97.4  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3626  transcription elongation factor  39.69 
 
 		 149 aa  93.6  8e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3298  transcription elongation factor GreA/GreB region  36.64 
 
 		 139 aa  89.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3455  GreA/GreB family elongation factor  39.13 
 
 		 145 aa  89.4  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1894  GreA/GreB family elongation factor  40.31 
 
 		 128 aa  89.4  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1918  transcription elongation factor  36.8 
 
 		 129 aa  85.5  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1684  GreA/GreB family elongation factor  37.9 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0510  GreA/GreB family elongation factor  37.1 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2669  GreA/GreB family elongation factor  38.61 
 
 		 136 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0283  GreA/GreB family elongation factor  33.33 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0543  GreA/GreB family elongation factor  36.29 
 
 		 138 aa  82  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5467  GreA/GreB family elongation factor  37.62 
 
 		 147 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.521528 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1215  regulator of nucleoside diphosphate kinase  35.56 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0539  GreA/GreB family elongation factor  36.29 
 
 		 138 aa  80.9  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5337  GreA/GreB family elongation factor  42.74 
 
 		 137 aa  80.9  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.641295 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0614  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.18 
 
 		 169 aa  80.5  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1352  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  35.56 
 
 		 132 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.833636  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2477  regulator of nucleoside diphosphate kinase  35.56 
 
 		 132 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1288  regulator of nucleoside diphosphate kinase  35.56 
 
 		 132 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.783972  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0614  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  35.56 
 
 		 132 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0955  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  35.56 
 
 		 132 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0336  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  35.56 
 
 		 132 aa  80.1  0.000000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04592  regulator of nucleoside diphosphate kinase  32.33 
 
 		 215 aa  79.3  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1517  nucleoside diphosphate kinase regulator, putative  35.56 
 
 		 132 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.248295  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1450  GreA/GreB family elongation factor  37.62 
 
 		 136 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3421  GreA/GreB family elongation factor  40.68 
 
 		 141 aa  79.3  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470141  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0557  GreA/GreB family elongation factor  34.71 
 
 		 143 aa  77.8  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2872  GreA/GreB family elongation factor  36.63 
 
 		 135 aa  77.8  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1645  GreA/GreB family elongation factor  32.77 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.169822  normal  0.646556 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>