225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0414 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0414  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 		 148 aa  294  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0557  GreA/GreB family elongation factor  69.12 
 
 		 143 aa  196  7.999999999999999e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4724  nucleoside diphosphate kinase regulator  61.54 
 
 		 137 aa  154  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186623  normal  0.0958356 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0942  nucleoside diphosphate kinase regulator  49.19 
 
 		 136 aa  118  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0286674  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5468  GreA/GreB family elongation factor  44.09 
 
 		 140 aa  114  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.699388 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4551  GreA/GreB family elongation factor  46.83 
 
 		 134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.404649  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2929  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.62 
 
 		 143 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0934  GreA/GreB family elongation factor  45.31 
 
 		 134 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4254  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.45 
 
 		 146 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3680  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.91 
 
 		 142 aa  107  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4181  GreA/GreB family elongation factor  43.85 
 
 		 137 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.200638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3421  GreA/GreB family elongation factor  43.94 
 
 		 141 aa  106  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470141  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0851  transcription elongation factor GreA/GreB region  44.35 
 
 		 138 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4275  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.52 
 
 		 146 aa  105  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4145  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.86 
 
 		 137 aa  104  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.612026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2490  GreA/GreB family elongation factor  42.75 
 
 		 166 aa  101  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0614  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.65 
 
 		 169 aa  100  5e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5464  GreA/GreB family elongation factor  42.06 
 
 		 137 aa  99.4  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.518516 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3357  transcription elongation factor GreA/GreB domain-containing protein  42.98 
 
 		 123 aa  99.8  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0922  transcription elongation factor GreA/GreB region  40 
 
 		 151 aa  97.8  4e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0827  GreA/GreB family elongation factor  42.97 
 
 		 159 aa  95.5  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2799  GreA/GreB family elongation factor  42.28 
 
 		 141 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.28493  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3467  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.83 
 
 		 135 aa  93.6  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2202  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 135 aa  90.1  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0578  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.51 
 
 		 146 aa  88.6  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5337  GreA/GreB family elongation factor  37.1 
 
 		 137 aa  87  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.641295 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5068  GreA/GreB family elongation factor  39.2 
 
 		 139 aa  85.1  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1148  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.52 
 
 		 136 aa  83.6  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3604  GreA/GreB family elongation factor  37.6 
 
 		 141 aa  79.7  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.883906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0543  GreA/GreB family elongation factor  39.45 
 
 		 138 aa  78.2  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0539  GreA/GreB family elongation factor  39.45 
 
 		 138 aa  77.4  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5467  GreA/GreB family elongation factor  37.6 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.521528 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0510  GreA/GreB family elongation factor  38.53 
 
 		 137 aa  77  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0729  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.309798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0715  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0775  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0656  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3058  GreA/GreB family elongation factor  35.48 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.26553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1616  GreA/GreB family elongation factor  37.96 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0670  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2402  GreA/GreB family elongation factor  40 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.293029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0898  GreA/GreB family elongation factor  34.96 
 
 		 135 aa  75.1  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.275976  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69630  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.38 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6016  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.38 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1743  GreA/GreB family elongation factor  37.04 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.100273 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0686  GreA/GreB family elongation factor  32.03 
 
 		 134 aa  73.9  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.446844 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00578  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3015  GreA/GreB family elongation factor  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00240658  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4382  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.94 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0632  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0938  GreA/GreB family elongation factor  35.51 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0661  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00567  hypothetical protein  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0697  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1894  GreA/GreB family elongation factor  33.61 
 
 		 128 aa  73.6  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3034  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0629  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2147  GreA/GreB family elongation factor  39.64 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0524  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.88 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0269  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.38 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4883  GreA/GreB family elongation factor  37.5 
 
 		 138 aa  72  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1645  GreA/GreB family elongation factor  31.73 
 
 		 134 aa  72.4  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.169822  normal  0.646556 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0276  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.38 
 
 		 136 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2294  GreA/GreB family elongation factor  38.89 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.975814  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2805  GreA/GreB family elongation factor  38.89 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.75777  normal  0.289356 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1918  transcription elongation factor  33.61 
 
 		 129 aa  71.2  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2003  GreA/GreB family elongation factor  34.26 
 
 		 137 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.108948  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2621  GreA/GreB family elongation factor  33.6 
 
 		 143 aa  70.9  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.603501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2872  GreA/GreB family elongation factor  36.84 
 
 		 135 aa  70.5  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0518  GreA/GreB family elongation factor  38.1 
 
 		 138 aa  70.5  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000800329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3662  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.38 
 
 		 136 aa  70.1  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.587976  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1519  GreA/GreB family elongation factor  32.73 
 
 		 137 aa  70.1  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1935  regulator of nucleoside diphosphate kinase  37.61 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1433  GreA/GreB family elongation factor  35.51 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000263626  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0836  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  30.97 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0929848  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2439  GreA/GreB family elongation factor  32.76 
 
 		 141 aa  68.6  0.00000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.53046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2466  GreA/GreB family elongation factor  36.84 
 
 		 135 aa  68.2  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3820  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.45 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221003  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1764  GreA/GreB family elongation factor  34.23 
 
 		 137 aa  67.8  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0160  GreA/GreB family elongation factor  29.91 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.385905  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1840  GreA/GreB family elongation factor  34.86 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000293158  normal  0.0180597 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1165  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.59 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.29507 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2624  GreA/GreB family elongation factor  34.86 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0429  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.59 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0493  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.59 
 
 		 136 aa  66.6  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2504  GreA/GreB family elongation factor  34.86 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000671483  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2511  GreA/GreB family elongation factor  34.86 
 
 		 135 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00542547  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0732  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  29.93 
 
 		 142 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000152989  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0287  GreA/GreB family elongation factor  35.34 
 
 		 128 aa  65.5  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000893136  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1639  GreA/GreB family elongation factor  36.7 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0011881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1714  GreA/GreB family elongation factor  36.7 
 
 		 135 aa  65.9  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00341576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2669  GreA/GreB family elongation factor  42.67 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1679  GreA/GreB family elongation factor  34.55 
 
 		 137 aa  65.5  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.700958  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1450  GreA/GreB family elongation factor  42.67 
 
 		 136 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1714  GreA/GreB family elongation factor  36.7 
 
 		 135 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000114575  normal  0.140273 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2265  GreA/GreB family elongation factor  36.45 
 
 		 135 aa  64.7  0.0000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0066  GreA/GreB family elongation factor  37.04 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0787591  normal  0.343194 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0271  nucleoside diphosphate kinase regulator  33.08 
 
 		 135 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1352  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  38.2 
 
 		 132 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.833636  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1314  GreA/GreB family elongation factor  29.63 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012809  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>