More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2466 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2466  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 		 135 aa  271  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2872  GreA/GreB family elongation factor  95.56 
 
 		 135 aa  261  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2636  putative regulator of nucleoside diphosphate kinase transcription regulator protein  75.19 
 
 		 134 aa  202  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158665  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3455  GreA/GreB family elongation factor  51.11 
 
 		 145 aa  137  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3298  transcription elongation factor GreA/GreB region  50.75 
 
 		 139 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2669  GreA/GreB family elongation factor  47.06 
 
 		 136 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1450  GreA/GreB family elongation factor  45.59 
 
 		 136 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1352  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  46.51 
 
 		 132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.833636  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1288  regulator of nucleoside diphosphate kinase  46.51 
 
 		 132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.783972  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2477  regulator of nucleoside diphosphate kinase  46.51 
 
 		 132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0955  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  46.51 
 
 		 132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0336  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  46.51 
 
 		 132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0614  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  46.51 
 
 		 132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1215  regulator of nucleoside diphosphate kinase  46.51 
 
 		 132 aa  115  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1517  nucleoside diphosphate kinase regulator, putative  46.15 
 
 		 132 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.248295  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2606  GreA/GreB family elongation factor  42.86 
 
 		 142 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0149919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1024  GreA/GreB family elongation factor  42.52 
 
 		 132 aa  110  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0448635 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3633  GreA/GreB family elongation factor  42.52 
 
 		 132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461275  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5548  GreA/GreB family elongation factor  42.52 
 
 		 132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4734  GreA/GreB family elongation factor  42.52 
 
 		 132 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194028  normal  0.017468 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3941  GreA/GreB family elongation factor  41.73 
 
 		 132 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.889292  normal  0.878716 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0732  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  44.12 
 
 		 142 aa  107  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000152989  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4589  GreA/GreB family elongation factor  40.94 
 
 		 132 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.020326  hitchhiker  0.00331531 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4125  GreA/GreB family elongation factor  40.94 
 
 		 132 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.210831  normal  0.0208655 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1314  GreA/GreB family elongation factor  41.48 
 
 		 143 aa  101  3e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2969  GreA/GreB family elongation factor  41.48 
 
 		 143 aa  101  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000763925 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0160  GreA/GreB family elongation factor  38.81 
 
 		 142 aa  99.4  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.385905  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1918  transcription elongation factor  42.31 
 
 		 129 aa  96.3  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2439  GreA/GreB family elongation factor  38.73 
 
 		 141 aa  95.1  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.53046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6016  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.86 
 
 		 134 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0229  regulator of nucleoside diphosphate kinase  42.22 
 
 		 135 aa  93.6  8e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1148  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.86 
 
 		 136 aa  93.6  9e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2844  GreA/GreB family elongation factor  40.3 
 
 		 142 aa  93.6  9e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163743  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0271  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.04 
 
 		 135 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69630  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.41 
 
 		 134 aa  92.8  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1519  GreA/GreB family elongation factor  37.78 
 
 		 137 aa  92  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5223  nucleoside diphosphate kinase regulator  39.42 
 
 		 136 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5132  nucleoside diphosphate kinase regulator  39.42 
 
 		 136 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0518  GreA/GreB family elongation factor  40.88 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000800329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5284  nucleoside diphosphate kinase regulator  39.42 
 
 		 136 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0898  GreA/GreB family elongation factor  42.11 
 
 		 135 aa  90.9  6e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.275976  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0249  nucleoside diphosphate kinase regulator  39.42 
 
 		 136 aa  90.1  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580853 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4883  GreA/GreB family elongation factor  43.75 
 
 		 138 aa  89.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4382  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.31 
 
 		 136 aa  88.6  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0066  GreA/GreB family elongation factor  41.09 
 
 		 138 aa  89.4  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0787591  normal  0.343194 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0178  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.74 
 
 		 135 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1679  GreA/GreB family elongation factor  40.74 
 
 		 137 aa  87.8  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.700958  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5494  nucleoside diphosphate kinase regulator  39.23 
 
 		 136 aa  87.4  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0836  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  43.18 
 
 		 135 aa  87  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0929848  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3128  GreA/GreB family elongation factor  33.58 
 
 		 135 aa  87  8e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0276  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.98 
 
 		 136 aa  86.7  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0938  GreA/GreB family elongation factor  37.04 
 
 		 137 aa  86.3  1e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0269  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.98 
 
 		 136 aa  86.3  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4026  GreA/GreB family elongation factor  39.68 
 
 		 136 aa  85.5  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.366661 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0493  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.76 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1165  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.76 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.29507 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0429  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.76 
 
 		 136 aa  85.9  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3421  GreA/GreB family elongation factor  39.32 
 
 		 141 aa  84.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470141  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3626  transcription elongation factor  33.83 
 
 		 149 aa  85.1  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1743  GreA/GreB family elongation factor  37.98 
 
 		 136 aa  84.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.100273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2402  GreA/GreB family elongation factor  38.35 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.293029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1616  GreA/GreB family elongation factor  38.69 
 
 		 137 aa  84.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172196  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3820  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.76 
 
 		 136 aa  84.3  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221003  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2805  GreA/GreB family elongation factor  36.84 
 
 		 135 aa  84.3  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.75777  normal  0.289356 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6013  GreA/GreB family elongation factor  41.73 
 
 		 133 aa  84  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.886926  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2294  GreA/GreB family elongation factor  36.84 
 
 		 135 aa  84  7e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.975814  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0510  GreA/GreB family elongation factor  42.74 
 
 		 137 aa  84  7e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2147  GreA/GreB family elongation factor  34.81 
 
 		 137 aa  83.6  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0543  GreA/GreB family elongation factor  42.74 
 
 		 138 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3662  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.98 
 
 		 136 aa  82.8  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.587976  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5337  GreA/GreB family elongation factor  35.11 
 
 		 137 aa  83.2  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.641295 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2511  GreA/GreB family elongation factor  35.34 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00542547  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1840  GreA/GreB family elongation factor  35.34 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000293158  normal  0.0180597 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2504  GreA/GreB family elongation factor  35.34 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000671483  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2624  GreA/GreB family elongation factor  35.34 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0539  GreA/GreB family elongation factor  41.88 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0827  GreA/GreB family elongation factor  47.13 
 
 		 159 aa  80.5  0.000000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0934  GreA/GreB family elongation factor  40.52 
 
 		 134 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0922  transcription elongation factor GreA/GreB region  37.8 
 
 		 151 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1433  GreA/GreB family elongation factor  34.09 
 
 		 136 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000263626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1597  GreA/GreB family elongation factor  35.25 
 
 		 137 aa  78.6  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323203  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2265  GreA/GreB family elongation factor  35.66 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2044  regulator of nucleoside diphosphate kinase  38.28 
 
 		 136 aa  79.3  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.564111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0715  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0851  transcription elongation factor GreA/GreB region  38.89 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0729  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.309798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0656  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3680  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.36 
 
 		 142 aa  79  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0775  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0670  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3244  GreA/GreB family elongation factor  37.41 
 
 		 164 aa  77.8  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1764  GreA/GreB family elongation factor  36.76 
 
 		 137 aa  78.2  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1894  GreA/GreB family elongation factor  37.5 
 
 		 128 aa  77.4  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0557  GreA/GreB family elongation factor  42.86 
 
 		 143 aa  77  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00578  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.64 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0524  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.64 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1684  GreA/GreB family elongation factor  40.65 
 
 		 138 aa  76.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0697  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.64 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0629  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.64 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1714  GreA/GreB family elongation factor  35.11 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000114575  normal  0.140273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>