294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0557 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0557  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 		 143 aa  292  1e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0414  GreA/GreB family elongation factor  69.12 
 
 		 148 aa  196  7e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4724  nucleoside diphosphate kinase regulator  54.55 
 
 		 137 aa  139  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186623  normal  0.0958356 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0942  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.48 
 
 		 136 aa  123  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0286674  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5468  GreA/GreB family elongation factor  46.46 
 
 		 140 aa  118  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.699388 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2929  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.21 
 
 		 143 aa  117  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4181  GreA/GreB family elongation factor  47.01 
 
 		 137 aa  114  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.200638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4551  GreA/GreB family elongation factor  46.77 
 
 		 134 aa  113  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.404649  normal  0.630321 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4275  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.2 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0934  GreA/GreB family elongation factor  49.6 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3357  transcription elongation factor GreA/GreB domain-containing protein  47.11 
 
 		 123 aa  110  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4254  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.54 
 
 		 146 aa  110  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3680  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.31 
 
 		 142 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0614  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.65 
 
 		 169 aa  108  2.0000000000000002e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5464  GreA/GreB family elongation factor  46.4 
 
 		 137 aa  108  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.518516 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4145  nucleoside diphosphate kinase regulator  44.64 
 
 		 137 aa  107  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.612026  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2202  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.98 
 
 		 135 aa  106  9.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3467  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.46 
 
 		 135 aa  106  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0851  transcription elongation factor GreA/GreB region  41.94 
 
 		 138 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.289813 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3421  GreA/GreB family elongation factor  42.28 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470141  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2799  GreA/GreB family elongation factor  41.3 
 
 		 141 aa  101  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.28493  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2490  GreA/GreB family elongation factor  40.15 
 
 		 166 aa  96.7  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0827  GreA/GreB family elongation factor  46.67 
 
 		 159 aa  95.5  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0922  transcription elongation factor GreA/GreB region  38.93 
 
 		 151 aa  92.4  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.148131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5337  GreA/GreB family elongation factor  37.4 
 
 		 137 aa  92.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.641295 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0578  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.4 
 
 		 146 aa  90.5  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0898  GreA/GreB family elongation factor  38.28 
 
 		 135 aa  89.4  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.275976  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1148  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  88.2  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0656  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6016  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.09 
 
 		 134 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0775  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0729  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.309798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0715  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  87.8  4e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69630  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.09 
 
 		 134 aa  87.8  4e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420097  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00578  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3015  GreA/GreB family elongation factor  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00240658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00567  hypothetical protein  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0524  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0629  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0632  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3034  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0697  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0661  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  87.4  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2147  GreA/GreB family elongation factor  42.34 
 
 		 137 aa  87.8  5e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5467  GreA/GreB family elongation factor  39.84 
 
 		 147 aa  87.4  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.521528 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0670  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.8 
 
 		 136 aa  87.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5068  GreA/GreB family elongation factor  39.52 
 
 		 139 aa  87  7e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3604  GreA/GreB family elongation factor  40.15 
 
 		 141 aa  87  8e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.883906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1616  GreA/GreB family elongation factor  40.8 
 
 		 137 aa  86.7  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1679  GreA/GreB family elongation factor  39.53 
 
 		 137 aa  85.5  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.700958  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0686  GreA/GreB family elongation factor  34.96 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0836  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  36.29 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0929848  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1894  GreA/GreB family elongation factor  38.84 
 
 		 128 aa  83.2  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2402  GreA/GreB family elongation factor  42.45 
 
 		 134 aa  82  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.293029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0066  GreA/GreB family elongation factor  39.82 
 
 		 138 aa  82  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0787591  normal  0.343194 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0732  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  37.5 
 
 		 142 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000152989  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0539  GreA/GreB family elongation factor  44.34 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0510  GreA/GreB family elongation factor  39.52 
 
 		 137 aa  81.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0543  GreA/GreB family elongation factor  44.34 
 
 		 138 aa  81.6  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0271  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.46 
 
 		 135 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5223  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.28 
 
 		 136 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5284  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.28 
 
 		 136 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5132  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.28 
 
 		 136 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2872  GreA/GreB family elongation factor  43.7 
 
 		 135 aa  80.1  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0249  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.28 
 
 		 136 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580853 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4382  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5494  nucleoside diphosphate kinase regulator  36.72 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1743  GreA/GreB family elongation factor  38.89 
 
 		 136 aa  78.6  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.100273 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1918  transcription elongation factor  41.76 
 
 		 129 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3820  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.64 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221003  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2003  GreA/GreB family elongation factor  34.71 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.108948  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0938  GreA/GreB family elongation factor  36.04 
 
 		 137 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2805  GreA/GreB family elongation factor  38.26 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.75777  normal  0.289356 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2466  GreA/GreB family elongation factor  42.86 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2294  GreA/GreB family elongation factor  38.26 
 
 		 135 aa  77  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.975814  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2969  GreA/GreB family elongation factor  30.15 
 
 		 143 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000763925 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3662  nucleoside diphosphate kinase regulator  37.01 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.587976  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2606  GreA/GreB family elongation factor  38.54 
 
 		 142 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0149919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1314  GreA/GreB family elongation factor  30.88 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3058  GreA/GreB family elongation factor  33.61 
 
 		 133 aa  75.5  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.26553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0518  GreA/GreB family elongation factor  45.05 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000800329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1764  GreA/GreB family elongation factor  37.84 
 
 		 137 aa  75.1  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4883  GreA/GreB family elongation factor  36.36 
 
 		 138 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0229  regulator of nucleoside diphosphate kinase  37.98 
 
 		 135 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3455  GreA/GreB family elongation factor  38.84 
 
 		 145 aa  74.7  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1597  GreA/GreB family elongation factor  36.84 
 
 		 137 aa  73.6  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323203  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0269  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.61 
 
 		 136 aa  73.2  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0160  GreA/GreB family elongation factor  33.59 
 
 		 142 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.385905  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04592  regulator of nucleoside diphosphate kinase  32.35 
 
 		 215 aa  72.8  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0276  nucleoside diphosphate kinase regulator  35.61 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2844  GreA/GreB family elongation factor  33.09 
 
 		 142 aa  71.6  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163743  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0429  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.92 
 
 		 136 aa  70.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1248  GreA/GreB family elongation factor  35.94 
 
 		 137 aa  71.2  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0493  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.92 
 
 		 136 aa  70.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1165  nucleoside diphosphate kinase regulator  34.92 
 
 		 136 aa  70.9  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.29507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1645  GreA/GreB family elongation factor  30.09 
 
 		 134 aa  70.5  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.169822  normal  0.646556 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1935  regulator of nucleoside diphosphate kinase  34.15 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2624  GreA/GreB family elongation factor  36.61 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2511  GreA/GreB family elongation factor  36.61 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00542547  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2504  GreA/GreB family elongation factor  36.61 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000671483  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>