195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_1639 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_1639  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 		 135 aa  276  9e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0011881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1714  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 		 135 aa  276  9e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00341576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1714  GreA/GreB family elongation factor  94.81 
 
 		 135 aa  263  4e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000114575  normal  0.140273 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1935  regulator of nucleoside diphosphate kinase  94.07 
 
 		 135 aa  260  4.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2624  GreA/GreB family elongation factor  91.85 
 
 		 135 aa  258  3e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1840  GreA/GreB family elongation factor  91.85 
 
 		 135 aa  258  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000293158  normal  0.0180597 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2511  GreA/GreB family elongation factor  91.85 
 
 		 135 aa  258  3e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00542547  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2504  GreA/GreB family elongation factor  91.85 
 
 		 135 aa  258  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000671483  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2265  GreA/GreB family elongation factor  92.59 
 
 		 135 aa  256  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1433  GreA/GreB family elongation factor  70.37 
 
 		 136 aa  196  6e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000263626  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1743  GreA/GreB family elongation factor  61.76 
 
 		 136 aa  179  1e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.100273 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0938  GreA/GreB family elongation factor  66.92 
 
 		 137 aa  175  2e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1764  GreA/GreB family elongation factor  62.41 
 
 		 137 aa  169  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1597  GreA/GreB family elongation factor  62.69 
 
 		 137 aa  166  1e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323203  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2147  GreA/GreB family elongation factor  61.65 
 
 		 137 aa  165  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2003  GreA/GreB family elongation factor  57.14 
 
 		 137 aa  153  9e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.108948  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1616  GreA/GreB family elongation factor  53.33 
 
 		 137 aa  147  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0271  nucleoside diphosphate kinase regulator  54.07 
 
 		 135 aa  142  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2805  GreA/GreB family elongation factor  54.07 
 
 		 135 aa  137  7e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.75777  normal  0.289356 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2294  GreA/GreB family elongation factor  54.07 
 
 		 135 aa  136  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.975814  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2402  GreA/GreB family elongation factor  53.33 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.293029  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69630  nucleoside diphosphate kinase regulator  52.94 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6016  nucleoside diphosphate kinase regulator  52.94 
 
 		 134 aa  136  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0249  nucleoside diphosphate kinase regulator  51.15 
 
 		 136 aa  135  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.580853 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1679  GreA/GreB family elongation factor  51.85 
 
 		 137 aa  134  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.700958  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5284  nucleoside diphosphate kinase regulator  51.15 
 
 		 136 aa  133  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5223  nucleoside diphosphate kinase regulator  50.38 
 
 		 136 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5132  nucleoside diphosphate kinase regulator  50.38 
 
 		 136 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1248  GreA/GreB family elongation factor  52.63 
 
 		 137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5494  nucleoside diphosphate kinase regulator  50.37 
 
 		 136 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0229  regulator of nucleoside diphosphate kinase  48.09 
 
 		 135 aa  127  6e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1148  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.79 
 
 		 136 aa  124  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0178  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.56 
 
 		 135 aa  124  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0729  nucleoside diphosphate kinase regulator  48.53 
 
 		 136 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.309798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0715  nucleoside diphosphate kinase regulator  48.53 
 
 		 136 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0775  nucleoside diphosphate kinase regulator  48.53 
 
 		 136 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0656  nucleoside diphosphate kinase regulator  48.53 
 
 		 136 aa  122  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0670  nucleoside diphosphate kinase regulator  48.53 
 
 		 136 aa  122  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0066  GreA/GreB family elongation factor  48.12 
 
 		 138 aa  120  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0787591  normal  0.343194 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0549  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.33 
 
 		 135 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000352077  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000067  regulator of nucleoside diphosphate kinase  46.56 
 
 		 135 aa  117  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0657287  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0276  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.32 
 
 		 136 aa  116  7.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00578  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.27 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3015  GreA/GreB family elongation factor  46.27 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00240658  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0493  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.39 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0629  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.27 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0661  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.27 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0269  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.32 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0524  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.27 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1165  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.39 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.29507 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0429  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.39 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00567  hypothetical protein  46.27 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0697  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.27 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3034  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.27 
 
 		 136 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4382  nucleoside diphosphate kinase regulator  44.6 
 
 		 136 aa  114  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0732  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  47.41 
 
 		 142 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000152989  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0632  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.52 
 
 		 136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3820  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.48 
 
 		 136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221003  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3662  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.97 
 
 		 136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.587976  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0898  GreA/GreB family elongation factor  45.19 
 
 		 135 aa  110  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.275976  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2439  GreA/GreB family elongation factor  42.45 
 
 		 141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.53046  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2969  GreA/GreB family elongation factor  40.3 
 
 		 143 aa  105  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000763925 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4883  GreA/GreB family elongation factor  43.7 
 
 		 138 aa  104  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0160  GreA/GreB family elongation factor  44.03 
 
 		 142 aa  104  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.385905  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1314  GreA/GreB family elongation factor  41.04 
 
 		 143 aa  103  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3128  GreA/GreB family elongation factor  40.44 
 
 		 135 aa  101  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2606  GreA/GreB family elongation factor  45.19 
 
 		 142 aa  100  5e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0149919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2844  GreA/GreB family elongation factor  44.12 
 
 		 142 aa  100  8e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163743  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1519  GreA/GreB family elongation factor  42.54 
 
 		 137 aa  98.2  4e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0518  GreA/GreB family elongation factor  41.35 
 
 		 138 aa  97.4  5e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000800329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1918  transcription elongation factor  41.09 
 
 		 129 aa  97.1  7e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0836  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  41.18 
 
 		 135 aa  94.7  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0929848  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0686  GreA/GreB family elongation factor  40.5 
 
 		 134 aa  94  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04592  regulator of nucleoside diphosphate kinase  40.6 
 
 		 215 aa  92  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1517  nucleoside diphosphate kinase regulator, putative  38.81 
 
 		 132 aa  90.1  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.248295  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3626  transcription elongation factor  38.81 
 
 		 149 aa  89.7  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0510  GreA/GreB family elongation factor  43.41 
 
 		 137 aa  87.8  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0543  GreA/GreB family elongation factor  43.41 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1894  GreA/GreB family elongation factor  40.8 
 
 		 128 aa  87  7e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0287  GreA/GreB family elongation factor  45.22 
 
 		 128 aa  86.3  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000893136  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1684  GreA/GreB family elongation factor  44.63 
 
 		 138 aa  86.7  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0539  GreA/GreB family elongation factor  43.41 
 
 		 138 aa  85.9  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1215  regulator of nucleoside diphosphate kinase  38.58 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2669  GreA/GreB family elongation factor  36.09 
 
 		 136 aa  85.5  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1352  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  38.58 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.833636  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2477  regulator of nucleoside diphosphate kinase  38.58 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0336  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  38.58 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0614  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  38.58 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1288  regulator of nucleoside diphosphate kinase  38.58 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.783972  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0955  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  38.58 
 
 		 132 aa  84.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3680  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.62 
 
 		 142 aa  84.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3244  GreA/GreB family elongation factor  36.36 
 
 		 164 aa  83.6  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1450  GreA/GreB family elongation factor  35.51 
 
 		 136 aa  83.6  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3298  transcription elongation factor GreA/GreB region  39.69 
 
 		 139 aa  82.4  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3421  GreA/GreB family elongation factor  44.92 
 
 		 141 aa  82  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.470141  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3941  GreA/GreB family elongation factor  34.56 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.889292  normal  0.878716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0283  GreA/GreB family elongation factor  37.59 
 
 		 303 aa  81.6  0.000000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6013  GreA/GreB family elongation factor  35.43 
 
 		 133 aa  80.9  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.886926  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0614  nucleoside diphosphate kinase regulator  38.71 
 
 		 169 aa  80.5  0.000000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3455  GreA/GreB family elongation factor  38.46 
 
 		 145 aa  78.6  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>