More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4573 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4573  hydrogenase 4 subunit D  100 
 
 
479 aa  942    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1283  hydrogenase 4 subunit D  63.6 
 
 
479 aa  589  1e-167  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0280034  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2710  hydrogenase 4 subunit D  64.02 
 
 
479 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1185  NADH dehydrogenase (quinone)  58.79 
 
 
479 aa  553  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2631  hydrogenase 4 subunit D  58.58 
 
 
479 aa  551  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.960654  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00960  NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhA subunit  58.05 
 
 
484 aa  549  1e-155  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3706  hydrogenase 4 subunit D  58.37 
 
 
479 aa  548  1e-155  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.897531  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2187  hydrogenase 4 subunit D  59.58 
 
 
480 aa  548  1e-154  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.562518 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02376  hydrogenase 4 membrane subunit  60.13 
 
 
449 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1192  hydrogenase 4 subunit D  60.13 
 
 
450 aa  533  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0180  hydrogenase 4 subunit D  45.43 
 
 
457 aa  338  9.999999999999999e-92  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.210029  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0314  hydrogenase 4 subunit D  43 
 
 
505 aa  309  9e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167658  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0931  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, L subunit  34.69 
 
 
654 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.08 
 
 
654 aa  215  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_802  NADH:quinone oxidoreductase subunit 5 (chain L)  34.55 
 
 
654 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1627  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.96 
 
 
656 aa  207  3e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1533  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.87 
 
 
628 aa  207  5e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4071  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.43 
 
 
630 aa  206  9e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0380631  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5090  NADH dehydrogenase subunit L  35.55 
 
 
620 aa  203  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1371  NADH dehydrogenase I chain L  34.09 
 
 
636 aa  202  8e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0995158  normal  0.863733 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5537  NADH dehydrogenase subunit L  34.68 
 
 
620 aa  202  8e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0906168 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0639  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.06 
 
 
639 aa  202  8e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1634  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.06 
 
 
639 aa  202  8e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3182  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.06 
 
 
639 aa  202  8e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0400  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  38.69 
 
 
768 aa  201  1.9999999999999998e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1606  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36 
 
 
610 aa  201  1.9999999999999998e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.483904  normal  0.915409 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1775  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  38.69 
 
 
768 aa  201  3e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.671135  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1434  NADH dehydrogenase subunit L  33.74 
 
 
600 aa  200  5e-50  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3405  NADH dehydrogenase subunit L  35.31 
 
 
617 aa  199  7e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0538  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  36.13 
 
 
801 aa  199  1.0000000000000001e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2445  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  35.94 
 
 
969 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1739  NADH dehydrogenase subunit L  32.38 
 
 
596 aa  197  4.0000000000000005e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.409991  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1553  NADH dehydrogenase subunit L  34.99 
 
 
596 aa  197  5.000000000000001e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00128293  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1294  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.92 
 
 
710 aa  197  5.000000000000001e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1163  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  35.51 
 
 
790 aa  196  6e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0751  NADH-plastoquinone oxidoreductase, chain 5  32.64 
 
 
768 aa  196  8.000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.75438  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1919  NADH dehydrogenase subunit L  34.52 
 
 
596 aa  196  1e-48  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0146018  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2870  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  39.05 
 
 
622 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0441123 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0560  NADH dehydrogenase (quinone)  35.27 
 
 
801 aa  194  3e-48  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.640167  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0676  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  37.22 
 
 
958 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.685359  normal  0.485202 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0864  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  39.52 
 
 
781 aa  194  4e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0292  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase subunit L  36.96 
 
 
642 aa  193  6e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5413  NADH dehydrogenase subunit L  34.68 
 
 
620 aa  193  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.27 
 
 
634 aa  193  6e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1112  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.11 
 
 
911 aa  193  7e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.726371  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3811  NADH dehydrogenase subunit L  34.46 
 
 
620 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5417  NADH dehydrogenase subunit L  33.87 
 
 
620 aa  191  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0971  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.9 
 
 
801 aa  191  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0132  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  38.03 
 
 
788 aa  191  2e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0952  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  33.9 
 
 
801 aa  191  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1768  NADH dehydrogenase (quinone)  34.68 
 
 
792 aa  191  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5468  NADH dehydrogenase subunit L  33.79 
 
 
620 aa  190  4e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3695  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  36.98 
 
 
782 aa  190  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.983526 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3293  NADH dehydrogenase subunit L  35.82 
 
 
617 aa  190  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5944  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.53 
 
 
642 aa  189  7e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.26 
 
 
770 aa  189  8e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.826241  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3247  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  34.87 
 
 
678 aa  189  9e-47  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2038  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.46 
 
 
645 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.062647  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4492  NADH dehydrogenase subunit L  38.35 
 
 
638 aa  188  2e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.655452  normal  0.47705 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0483  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.27 
 
 
798 aa  188  2e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.514379 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4974  NADH dehydrogenase subunit L  33.87 
 
 
620 aa  187  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4992  NADH dehydrogenase subunit L  34.43 
 
 
620 aa  187  3e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1138  NADH dehydrogenase (quinone)  34.04 
 
 
470 aa  187  3e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1599  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.04 
 
 
762 aa  187  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.85135  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3743  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.87 
 
 
651 aa  187  4e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1657  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.94 
 
 
642 aa  187  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.735121  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0587  NADH dehydrogenase (quinone)  31.79 
 
 
480 aa  187  4e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0969  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.18 
 
 
759 aa  187  4e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00014024  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0870  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.95 
 
 
775 aa  187  5e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.867337 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3898  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.08 
 
 
639 aa  187  5e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1076  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  37 
 
 
553 aa  187  5e-46  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.031536  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2709  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.95 
 
 
786 aa  186  6e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1865  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  31.02 
 
 
758 aa  186  7e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.13806  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5534  NADH dehydrogenase subunit L  33.41 
 
 
604 aa  186  7e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5383  NADH dehydrogenase subunit L  33.64 
 
 
620 aa  186  8e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.0362e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5142  NADH dehydrogenase subunit L  33.41 
 
 
620 aa  186  9e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0278  NADH dehydrogenase subunit L  37.07 
 
 
634 aa  186  9e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2664  NADH dehydrogenase subunit L  36.12 
 
 
613 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2557  NADH dehydrogenase subunit L  36.12 
 
 
613 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.996088  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2546  NADH dehydrogenase subunit L  36.12 
 
 
611 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580049  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2502  NADH dehydrogenase subunit L  36.12 
 
 
613 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2457  NADH dehydrogenase subunit L  36.12 
 
 
611 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26701  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.43 
 
 
670 aa  186  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0391  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  38.62 
 
 
649 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4156  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.08 
 
 
676 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0322847 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0850  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.94 
 
 
750 aa  185  2.0000000000000003e-45  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.30148 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0920  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.29 
 
 
639 aa  185  2.0000000000000003e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3815  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  36.34 
 
 
618 aa  184  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.205922  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4407  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  32.67 
 
 
636 aa  184  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4547  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  35.05 
 
 
631 aa  184  3e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3532  NADH dehydrogenase (quinone)  32.74 
 
 
480 aa  184  4.0000000000000006e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.563705  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0148  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit A  35.7 
 
 
961 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525301  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3127  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  33.73 
 
 
667 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2571  NADH dehydrogenase subunit L  35.45 
 
 
613 aa  183  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3417  NADH dehydrogenase subunit L  35.45 
 
 
611 aa  183  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2874  monovalent cation/H+ antiporter subunit A  34.37 
 
 
799 aa  183  7e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000289402  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2427  NADH dehydrogenase subunit L  35.45 
 
 
613 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1515  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit F  34.5 
 
 
668 aa  182  8.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2654  NADH dehydrogenase subunit L  35.45 
 
 
613 aa  183  8.000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02163  hypothetical protein  35.68 
 
 
613 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.560332  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>