More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2672 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2672  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  100 
 
 
110 aa  224  3e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2815  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  81.9 
 
 
107 aa  180  6e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.717991 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7180  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  53.49 
 
 
114 aa  93.2  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.602112 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2166  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  52.08 
 
 
123 aa  92.8  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112377 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2821  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40 
 
 
106 aa  66.2  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.541392  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0987  Rieske 2Fe-2S family protein  36.96 
 
 
106 aa  65.5  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0161  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37 
 
 
100 aa  65.9  0.0000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394797  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0308  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 
102 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.359094 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.76 
 
 
99 aa  66.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0073046  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0144  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37 
 
 
100 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.29 
 
 
137 aa  64.3  0.0000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.18886 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5347  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.77 
 
 
105 aa  64.7  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210101  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4721  Rieske (2Fe-2S) region  39.29 
 
 
104 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2249  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  29.13 
 
 
127 aa  63.2  0.000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1616  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.68 
 
 
101 aa  63.5  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0303  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
100 aa  62.4  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0167  Rieske (2Fe-2S) region  43.75 
 
 
119 aa  62.4  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0965  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.71 
 
 
100 aa  61.6  0.000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00646524 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1985  putative dioxygenase  37.5 
 
 
110 aa  60.8  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.51691  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1079  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  31.91 
 
 
110 aa  60.8  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0175517  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0396  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  39.78 
 
 
125 aa  60.8  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.7121  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2486  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.65 
 
 
112 aa  59.7  0.00000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2708  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.59 
 
 
107 aa  59.7  0.00000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3194  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 
100 aa  59.7  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  6.5117e-17  hitchhiker  4.2038099999999998e-22 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.08 
 
 
96 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.123081 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13360  ferredoxin subunit of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  36.56 
 
 
122 aa  59.7  0.00000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.823074  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18750  phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  48.39 
 
 
124 aa  57.8  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.485806  normal  0.200215 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0795  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.69 
 
 
105 aa  58.2  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0845  Rieske 2Fe-2S family protein  32.53 
 
 
103 aa  57.8  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2961  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  34.04 
 
 
111 aa  57.8  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0167  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.24 
 
 
109 aa  57.4  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000930652 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  36.26 
 
 
102 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2087  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.59 
 
 
118 aa  57.4  0.00000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72518 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0994  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.05 
 
 
110 aa  57.4  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.244835  normal  0.309285 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.26 
 
 
102 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1018  Rieske (2Fe-2S) region  33.73 
 
 
98 aa  57  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3091  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.97 
 
 
104 aa  57  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.954428 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1739  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.67 
 
 
101 aa  56.2  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1673  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  38.03 
 
 
110 aa  56.2  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.314946  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1967  Rieske (2Fe-2S) region  36.25 
 
 
96 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0966264  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1911  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.25 
 
 
100 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0985  Rieske (2Fe-2S) region  37.18 
 
 
106 aa  56.6  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.750027  hitchhiker  0.00017635 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  31.58 
 
 
114 aa  57  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.383279  normal  0.78464 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1088  ferredoxin subunit of A ring-hydroxylating dioxygenase oxidoreductase protein  35.48 
 
 
103 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.173698  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1987  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.23 
 
 
108 aa  55.8  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1433  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  31.4 
 
 
604 aa  55.5  0.0000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1996  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.37 
 
 
100 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.664018  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2392  protein of unknown function DUF59  33.7 
 
 
238 aa  55.1  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0463  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  33.71 
 
 
131 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4762  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.67 
 
 
121 aa  55.1  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3495  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.87 
 
 
100 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.65589  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4263  hypothetical protein  32.73 
 
 
137 aa  55.5  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.603078 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1701  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  34.12 
 
 
132 aa  55.5  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.104071  normal  0.427616 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1142  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.7 
 
 
114 aa  54.7  0.0000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.209918  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.16 
 
 
102 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1314  Rieske (2Fe-2S) region  34.67 
 
 
111 aa  55.1  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0871721 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02432  3-phenylpropionate dioxygenase, predicted ferredoxin subunit  38.3 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1128  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.3 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0991  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  36.36 
 
 
103 aa  54.3  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.220686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2693  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  38.3 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.77141  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1137  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  38.3 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3772  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  38.3 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2692  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  38.3 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2461  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.84 
 
 
104 aa  54.3  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.601158  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02396  hypothetical protein  38.3 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2825  3-phenylpropionate dioxygenase ferredoxin subunit  38.3 
 
 
106 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4275  Rieske (2Fe-2S) region  35 
 
 
106 aa  53.9  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.22 
 
 
129 aa  53.5  0.0000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.349012 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3238  Rieske 2Fe-2S family protein  29 
 
 
99 aa  53.5  0.0000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00145958  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  37.08 
 
 
334 aa  53.5  0.0000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1196  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.38 
 
 
289 aa  52.8  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3700  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.22 
 
 
129 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.08 
 
 
158 aa  52.8  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3687  Rieske (2Fe-2S) region  32.22 
 
 
129 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.47 
 
 
106 aa  53.1  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.149896  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3081  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 
114 aa  52.8  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0978825  normal  0.175913 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3760  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.22 
 
 
129 aa  53.1  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1502  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
105 aa  53.5  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.165892 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0780  rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.34 
 
 
100 aa  52.4  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.12357  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0311  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.75 
 
 
105 aa  52.4  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.021793 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0213  Rieske (2Fe-2S) protein  35.21 
 
 
126 aa  52.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.225427 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1662  Rieske (2Fe-2S) protein  37.97 
 
 
125 aa  52.8  0.000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.282248  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2338  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.11 
 
 
113 aa  52.4  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.700788 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1708  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  29.67 
 
 
113 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.78764  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2251  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
104 aa  52.8  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.322428  normal  0.209318 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2913  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  44.64 
 
 
163 aa  52.8  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.100806  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01974  benzene 1,2-dioxygenase ferredoxin protein  29.7 
 
 
109 aa  51.6  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0274053  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0740  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  31.46 
 
 
131 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1194  biphenyl 2,3-dioxygenase ferredoxin subunit (BphA3)  37.35 
 
 
109 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0889683  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4166  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.11 
 
 
129 aa  51.6  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5207  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.22 
 
 
171 aa  51.6  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.92121  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  27.47 
 
 
111 aa  52  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468725  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3131  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  31.46 
 
 
131 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1489  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  31.46 
 
 
154 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0572  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  31.46 
 
 
152 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237046  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0100  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  31.46 
 
 
154 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0557  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  31.46 
 
 
152 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2879  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.65 
 
 
107 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.388175  normal  0.0551812 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0940  putative Rieske (2Fe-2S) ferredoxin  45.1 
 
 
114 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3222  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  26.74 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0490977  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>