More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2032 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2032  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3898  LysR family transcriptional regulator  88.08 
 
 		 311 aa  537  9.999999999999999e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.522944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3902  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 319 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1144  LysR family transcriptional regulator  62.13 
 
 		 320 aa  385  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1152  LysR family transcriptional regulator  62.13 
 
 		 320 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2081  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 320 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.11964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1305  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 320 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.764905  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2533  LysR family transcriptional regulator  61.79 
 
 		 320 aa  383  1e-105  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.732036  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0699  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 320 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1142  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 318 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.26532 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4389  LysR family transcriptional regulator  59 
 
 		 318 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1223  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 318 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0770  LysR family transcriptional regulator  59.33 
 
 		 318 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.973031  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1130  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 318 aa  376  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2065  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 318 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1251  LysR family transcriptional regulator  59.33 
 
 		 318 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.392675  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1772  LysR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 323 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.6565  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0254  LysR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 323 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1161  LysR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 323 aa  373  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0467249  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1683  LysR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 323 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1101  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 277 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0325  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 277 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0099  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 277 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2847  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 323 aa  237  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.109493  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2070  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 327 aa  230  3e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7812  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 317 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4670  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 317 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632106  hitchhiker  0.00186288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1244  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0599  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 312 aa  122  6e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3437  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  92.8  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  0.657554 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0785  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 304 aa  92.4  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.352567  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 311 aa  92  9e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49590  transcriptional regulator  26.51 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0224866  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0638  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  90.5  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.327526  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 296 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 286 aa  90.1  4e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1516  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1596  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0675  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108594  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2242  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1997  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2155  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  89.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1831  transcriptional regulator, LysR family  23.1 
 
 		 298 aa  89.4  6e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5172  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 303 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106584 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4643  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0367  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.968869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2060  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.159484  normal  0.0317829 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 295 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 325 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 296 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  26.6 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 		 292 aa  86.3  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4985  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  28.98 
 
 		 295 aa  85.5  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1247  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329564  normal  0.41098 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5283  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.770818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3084  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5706  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0443967  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  24.11 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1818  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.631844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 312 aa  83.6  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 297 aa  83.2  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0100  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2354  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_004310  BR1498  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1449  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.939047  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  27.17 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  26.09 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 296 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  26.09 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  26.09 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  27.17 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3141  transcriptional regulator LysR family  23.57 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2662  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>