192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1056 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1056  hypothetical protein  100 
 
 		 184 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4270  hypothetical protein  98.37 
 
 		 184 aa  380  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1451  hypothetical protein  97.83 
 
 		 184 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.239641 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4168  hypothetical protein  90.76 
 
 		 184 aa  346  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.620785 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1271  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  63.83 
 
 		 187 aa  260  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1461  hypothetical protein  64.17 
 
 		 208 aa  259  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39640  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG-related protein  60.87 
 
 		 168 aa  244  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1008  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  65.41 
 
 		 171 aa  242  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.471796  normal  0.572357 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3411  hypothetical protein  61.96 
 
 		 167 aa  236  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.69027 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15840  hypothetical protein  58.15 
 
 		 166 aa  230  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0326425 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1362  hypothetical protein  57.61 
 
 		 166 aa  228  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0818746  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2159  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.63 
 
 		 337 aa  153  1e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1849  hypothetical protein  48.28 
 
 		 166 aa  145  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.414472  normal  0.218406 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3990  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  51.06 
 
 		 331 aa  144  6e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4074  hypothetical protein  48 
 
 		 171 aa  144  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000682616  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.83 
 
 		 331 aa  142  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2505  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  49.31 
 
 		 175 aa  142  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.84705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3487  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  47.89 
 
 		 341 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0121  hypothetical protein  43.09 
 
 		 185 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0571  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.04 
 
 		 334 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0840  hypothetical protein  41.71 
 
 		 187 aa  134  7.000000000000001e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2113  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  46.15 
 
 		 165 aa  134  8e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2505  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  45.99 
 
 		 171 aa  134  9e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.384075  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3505  hypothetical protein  44.64 
 
 		 186 aa  131  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.597399  normal  0.273252 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3390  hypothetical protein  45.65 
 
 		 157 aa  130  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2767  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  45.32 
 
 		 179 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0972774  normal  0.277101 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2376  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  43.17 
 
 		 181 aa  129  3e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1589  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.59 
 
 		 167 aa  129  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2641  hypothetical protein  39.33 
 
 		 188 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.749921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1823  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.6 
 
 		 188 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.110296  normal  0.290144 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2528  hypothetical protein  44.6 
 
 		 188 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2521  hypothetical protein  44.6 
 
 		 188 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2183  hypothetical protein  44.6 
 
 		 171 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3062  hypothetical protein  36.81 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00586635  hitchhiker  0.0000428896 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2287  hypothetical protein  44.76 
 
 		 171 aa  126  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.147762  normal  0.376498 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2210  hypothetical protein  44.76 
 
 		 171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.40768 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2420  hypothetical protein  44.76 
 
 		 186 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  41.72 
 
 		 194 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000854  hypothetical protein  44.37 
 
 		 153 aa  125  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3771  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.6 
 
 		 174 aa  124  5e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.18169 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0181  putative lipoprotein  44.6 
 
 		 309 aa  124  6e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1556  hypothetical protein  44.93 
 
 		 171 aa  124  6e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0044  hypothetical protein  40.48 
 
 		 188 aa  124  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.421013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2282  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.45 
 
 		 171 aa  123  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.273788  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0524  hypothetical protein  42.21 
 
 		 180 aa  123  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.88 
 
 		 179 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7151  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.67 
 
 		 179 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3246  hypothetical protein  43.26 
 
 		 160 aa  123  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1113  hypothetical protein  44.53 
 
 		 160 aa  122  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6003  hypothetical protein  40.22 
 
 		 179 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.19604 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06766  hypothetical protein  44.29 
 
 		 146 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3494  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.26 
 
 		 166 aa  119  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.903579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4043  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.48 
 
 		 169 aa  119  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0707  hypothetical protein  37.18 
 
 		 178 aa  117  7e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2578  hypothetical protein  37.58 
 
 		 171 aa  113  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.633059  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2896  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  39.29 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.805979  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0071  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.75 
 
 		 192 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.867511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3148  hypothetical protein  44.6 
 
 		 182 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0272  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  41.13 
 
 		 160 aa  110  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0839501 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0649  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.29 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0727  hypothetical protein  39.16 
 
 		 189 aa  110  2.0000000000000002e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.39665  hitchhiker  0.0000000755777 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2684  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.68 
 
 		 167 aa  108  5e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2639  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.01 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.374361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3472  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.2 
 
 		 182 aa  100  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0215767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1201  hypothetical protein  37.59 
 
 		 166 aa  99  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.98306  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2862  hypothetical protein  37.59 
 
 		 164 aa  99  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3514  hypothetical protein  32.5 
 
 		 157 aa  80.9  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00042974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0541  hypothetical protein  31.25 
 
 		 191 aa  79.3  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.428069  normal  0.577988 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2912  hypothetical protein  32.88 
 
 		 175 aa  74.7  0.0000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0914  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.61 
 
 		 190 aa  73.2  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.942946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2998  hypothetical protein  32.39 
 
 		 175 aa  71.6  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0389  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.88 
 
 		 241 aa  71.2  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3104  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.03 
 
 		 175 aa  69.3  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0569  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family  28.48 
 
 		 281 aa  68.6  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00260954  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0723  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.48 
 
 		 281 aa  68.6  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000201043  hitchhiker  0.00000128917 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0606  hypothetical protein  25.41 
 
 		 177 aa  67  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00152309  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1714  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  27.81 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.898539  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0084  hypothetical protein  31.86 
 
 		 122 aa  62  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0610  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  32.88 
 
 		 388 aa  62.4  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0637  hypothetical protein  31.82 
 
 		 292 aa  62  0.000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0734  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25 
 
 		 247 aa  61.2  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2057  hypothetical protein  28.89 
 
 		 162 aa  60.5  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4441  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.58 
 
 		 374 aa  60.5  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2067  hypothetical protein  28.89 
 
 		 162 aa  60.1  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3974  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  25.79 
 
 		 270 aa  60.1  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000260277  unclonable  0.000000000113169 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00219  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3383  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0267  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.816642 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3396  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00223  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0235  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0252  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0256  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0219  hypothetical protein  30.28 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6106  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.01 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.862592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0926  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.55 
 
 		 249 aa  58.5  0.00000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7057  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3306  hypothetical protein  27.47 
 
 		 246 aa  58.2  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.635289  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0696  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.67 
 
 		 244 aa  58.2  0.00000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3169  hypothetical protein  27.47 
 
 		 246 aa  58.2  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3319  hypothetical protein  27.47 
 
 		 246 aa  58.2  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442152 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>