185 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4043 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4043  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  100 
 
 		 169 aa  348  2e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2578  hypothetical protein  62.5 
 
 		 171 aa  198  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.633059  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2639  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  60.12 
 
 		 164 aa  197  5e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.374361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1201  hypothetical protein  58.28 
 
 		 166 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.98306  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2862  hypothetical protein  58.28 
 
 		 164 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0272  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.44 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0839501 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3494  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  58.28 
 
 		 166 aa  172  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.903579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2896  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  56.05 
 
 		 162 aa  168  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.805979  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2684  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  52.52 
 
 		 167 aa  139  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0571  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.36 
 
 		 334 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3487  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  48.23 
 
 		 341 aa  132  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0121  hypothetical protein  46.76 
 
 		 185 aa  131  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2159  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.48 
 
 		 337 aa  131  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.14 
 
 		 331 aa  131  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0649  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  48.55 
 
 		 209 aa  130  6e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1849  hypothetical protein  46.81 
 
 		 166 aa  130  7.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.414472  normal  0.218406 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0840  hypothetical protein  42.2 
 
 		 187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4074  hypothetical protein  43.68 
 
 		 171 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000682616  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2505  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  48.95 
 
 		 175 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.84705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2282  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.17 
 
 		 171 aa  127  7.000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.273788  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3148  hypothetical protein  43.96 
 
 		 182 aa  125  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3990  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.43 
 
 		 331 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2641  hypothetical protein  46.04 
 
 		 188 aa  125  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.749921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2528  hypothetical protein  46.04 
 
 		 188 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2521  hypothetical protein  46.04 
 
 		 188 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1823  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.04 
 
 		 188 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.110296  normal  0.290144 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0071  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  48.91 
 
 		 192 aa  124  5e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.867511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0044  hypothetical protein  45.51 
 
 		 188 aa  124  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.421013  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2183  hypothetical protein  41.32 
 
 		 171 aa  124  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2420  hypothetical protein  40.72 
 
 		 186 aa  124  9e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3771  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  40.49 
 
 		 174 aa  123  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.18169 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2287  hypothetical protein  40.72 
 
 		 171 aa  123  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.147762  normal  0.376498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  45.32 
 
 		 194 aa  123  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1556  hypothetical protein  45.59 
 
 		 171 aa  123  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2210  hypothetical protein  45.32 
 
 		 171 aa  122  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.40768 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15840  hypothetical protein  46.48 
 
 		 166 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0326425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1056  hypothetical protein  42.68 
 
 		 184 aa  122  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2113  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.37 
 
 		 165 aa  122  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.53 
 
 		 179 aa  122  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4270  hypothetical protein  42.68 
 
 		 184 aa  121  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1362  hypothetical protein  46.48 
 
 		 166 aa  121  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0818746  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0707  hypothetical protein  45.68 
 
 		 178 aa  121  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0727  hypothetical protein  44.2 
 
 		 189 aa  121  5e-27  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.39665  hitchhiker  0.0000000755777 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2376  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  43.88 
 
 		 181 aa  120  7e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2767  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.17 
 
 		 179 aa  120  8e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0972774  normal  0.277101 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1271  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  42.95 
 
 		 187 aa  120  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1451  hypothetical protein  42.04 
 
 		 184 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.239641 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3411  hypothetical protein  39.31 
 
 		 167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.69027 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0524  hypothetical protein  42.77 
 
 		 180 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1113  hypothetical protein  45.52 
 
 		 160 aa  119  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4168  hypothetical protein  44.44 
 
 		 184 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.620785 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1461  hypothetical protein  41.61 
 
 		 208 aa  117  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3505  hypothetical protein  48.15 
 
 		 186 aa  117  7.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.597399  normal  0.273252 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3472  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.51 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0215767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1589  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.63 
 
 		 167 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6003  hypothetical protein  50.72 
 
 		 179 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.19604 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3390  hypothetical protein  42.75 
 
 		 157 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7151  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  49.64 
 
 		 179 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0181  putative lipoprotein  45.32 
 
 		 309 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2505  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  42.54 
 
 		 171 aa  112  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.384075  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000854  hypothetical protein  44.53 
 
 		 153 aa  111  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3062  hypothetical protein  38.75 
 
 		 158 aa  109  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00586635  hitchhiker  0.0000428896 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39640  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG-related protein  39.57 
 
 		 168 aa  107  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1008  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  36.26 
 
 		 171 aa  103  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.471796  normal  0.572357 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06766  hypothetical protein  43.8 
 
 		 146 aa  103  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3514  hypothetical protein  37.34 
 
 		 157 aa  103  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00042974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3246  hypothetical protein  38.03 
 
 		 160 aa  100  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5418  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.29 
 
 		 252 aa  82.8  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0610  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.27 
 
 		 388 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0541  hypothetical protein  31.65 
 
 		 191 aa  79.7  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.428069  normal  0.577988 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0372  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.5 
 
 		 247 aa  77.8  0.00000000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.364004  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3974  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.12 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000260277  unclonable  0.000000000113169 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0696  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.8 
 
 		 244 aa  73.2  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0637  hypothetical protein  36.07 
 
 		 292 aa  71.6  0.000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0582  protein of unknown function DUF949  37.1 
 
 		 244 aa  72  0.000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.380158  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3060  hypothetical protein  39.29 
 
 		 439 aa  70.9  0.000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0389  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  27.33 
 
 		 241 aa  70.1  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0084  hypothetical protein  48.1 
 
 		 122 aa  69.3  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2998  hypothetical protein  35.56 
 
 		 175 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2912  hypothetical protein  32.54 
 
 		 175 aa  68.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6106  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35 
 
 		 217 aa  67.8  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.862592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1046  hypothetical protein  32.05 
 
 		 397 aa  67.4  0.00000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1211  2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase  31.29 
 
 		 238 aa  67  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2569  hypothetical protein  30.82 
 
 		 481 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.501895 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3464  2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase  34.13 
 
 		 239 aa  66.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3104  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.81 
 
 		 175 aa  66.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0734  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.81 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0914  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.38 
 
 		 190 aa  66.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.942946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0723  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.93 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.00000000201043  hitchhiker  0.00000128917 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0606  hypothetical protein  26.82 
 
 		 177 aa  65.5  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00152309  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0569  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family  28.93 
 
 		 281 aa  65.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00260954  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2917  hypothetical protein  38.74 
 
 		 545 aa  65.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.183325 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3893  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.81 
 
 		 408 aa  65.5  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00297495 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0166  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  36.61 
 
 		 449 aa  65.9  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3632  2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase  36.7 
 
 		 239 aa  65.5  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3600  protein of unknown function DUF949  38.89 
 
 		 409 aa  64.7  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4058  hypothetical protein  36.11 
 
 		 445 aa  64.3  0.0000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5308  hypothetical protein  35.14 
 
 		 415 aa  64.3  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.037846 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7577  transcriptional regulatory protein  38.39 
 
 		 494 aa  63.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal  0.550503 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0486  hypothetical protein  38.39 
 
 		 502 aa  63.2  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.511704  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>