193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3411 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3411  hypothetical protein  100 
 
 		 167 aa  346  9e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.69027 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15840  hypothetical protein  70.66 
 
 		 166 aa  251  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0326425 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1362  hypothetical protein  70.06 
 
 		 166 aa  251  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0818746  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39640  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG-related protein  69.64 
 
 		 168 aa  249  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1271  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  62.57 
 
 		 187 aa  243  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4270  hypothetical protein  61.96 
 
 		 184 aa  238  4e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0547672  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1451  hypothetical protein  61.96 
 
 		 184 aa  237  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.239641 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1461  hypothetical protein  60.96 
 
 		 208 aa  237  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1056  hypothetical protein  61.96 
 
 		 184 aa  236  9e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4168  hypothetical protein  59.78 
 
 		 184 aa  231  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.620785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1008  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  61.99 
 
 		 171 aa  209  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.471796  normal  0.572357 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2159  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.34 
 
 		 337 aa  154  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3990  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  52.35 
 
 		 331 aa  152  2e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4083  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  50.34 
 
 		 331 aa  150  8.999999999999999e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1849  hypothetical protein  44.72 
 
 		 166 aa  149  2e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.414472  normal  0.218406 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3505  hypothetical protein  56.95 
 
 		 186 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.597399  normal  0.273252 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0571  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  48.28 
 
 		 334 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4074  hypothetical protein  44.71 
 
 		 171 aa  145  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000682616  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0044  hypothetical protein  49.66 
 
 		 188 aa  144  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.421013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3771  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.79 
 
 		 174 aa  141  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.18169 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2641  hypothetical protein  42.94 
 
 		 188 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.749921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3487  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  45.52 
 
 		 341 aa  138  3.9999999999999997e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2528  hypothetical protein  48.92 
 
 		 188 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1823  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  48.92 
 
 		 188 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.110296  normal  0.290144 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2521  hypothetical protein  48.92 
 
 		 188 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2282  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.93 
 
 		 171 aa  137  6e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.273788  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2505  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  48.25 
 
 		 175 aa  137  7.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.84705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2113  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  48.95 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2183  hypothetical protein  45.62 
 
 		 171 aa  136  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2210  hypothetical protein  43.35 
 
 		 171 aa  136  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.40768 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2287  hypothetical protein  45.73 
 
 		 171 aa  135  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.147762  normal  0.376498 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2420  hypothetical protein  45.73 
 
 		 186 aa  135  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0121  hypothetical protein  48.92 
 
 		 185 aa  135  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2376  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  46.76 
 
 		 181 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2505  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40.96 
 
 		 171 aa  133  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.384075  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0272  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  44.17 
 
 		 160 aa  133  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0839501 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0840  hypothetical protein  42.05 
 
 		 187 aa  133  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1589  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.45 
 
 		 167 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0181  putative lipoprotein  42.68 
 
 		 309 aa  131  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2767  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.04 
 
 		 179 aa  130  6e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0972774  normal  0.277101 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0524  hypothetical protein  40.83 
 
 		 180 aa  130  6.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1113  hypothetical protein  47.22 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1820  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40 
 
 		 179 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000854  hypothetical protein  45.81 
 
 		 153 aa  128  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2896  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  46.38 
 
 		 162 aa  128  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.805979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1556  hypothetical protein  42.95 
 
 		 171 aa  128  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1490  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  46.04 
 
 		 194 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0071  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  48.2 
 
 		 192 aa  127  5.0000000000000004e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.867511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3494  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  44.68 
 
 		 166 aa  127  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.903579  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6003  hypothetical protein  47.55 
 
 		 179 aa  127  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.19604 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7151  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  47.86 
 
 		 179 aa  127  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3390  hypothetical protein  41.06 
 
 		 157 aa  127  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3062  hypothetical protein  40 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00586635  hitchhiker  0.0000428896 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06766  hypothetical protein  47.83 
 
 		 146 aa  125  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2578  hypothetical protein  42.86 
 
 		 171 aa  122  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.633059  normal  0.401653 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3148  hypothetical protein  42.48 
 
 		 182 aa  121  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3246  hypothetical protein  38.18 
 
 		 160 aa  120  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0727  hypothetical protein  37.78 
 
 		 189 aa  118  3.9999999999999996e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.39665  hitchhiker  0.0000000755777 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0707  hypothetical protein  37.8 
 
 		 178 aa  117  7.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4043  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  43.15 
 
 		 169 aa  115  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3472  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  40 
 
 		 182 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0215767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2684  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  48.25 
 
 		 167 aa  112  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2639  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  39.52 
 
 		 164 aa  111  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.374361  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1201  hypothetical protein  38.92 
 
 		 166 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.98306  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2862  hypothetical protein  38.92 
 
 		 164 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0649  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.18 
 
 		 209 aa  106  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3514  hypothetical protein  33.75 
 
 		 157 aa  84.3  7e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00042974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0541  hypothetical protein  32.14 
 
 		 191 aa  80.5  0.000000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.428069  normal  0.577988 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2912  hypothetical protein  30.77 
 
 		 175 aa  74.7  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2998  hypothetical protein  32.61 
 
 		 175 aa  75.1  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0389  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.83 
 
 		 241 aa  73.2  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3104  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.29 
 
 		 175 aa  72.8  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0914  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.41 
 
 		 190 aa  71.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.942946  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00219  hypothetical protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3383  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0235  hypothetical protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.480121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0219  hypothetical protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0267  hypothetical protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.816642 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00223  hypothetical protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0370  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  38.64 
 
 		 365 aa  68.9  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3396  hypothetical protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0252  hypothetical protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0256  hypothetical protein  30.11 
 
 		 246 aa  68.9  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0696  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.33 
 
 		 244 aa  68.2  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0084  hypothetical protein  52.24 
 
 		 122 aa  67.8  0.00000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0372  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.14 
 
 		 247 aa  67.4  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.364004  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5418  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  37.61 
 
 		 252 aa  67  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0761  hypothetical protein  30.64 
 
 		 246 aa  67  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.275176 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0637  hypothetical protein  35.61 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0952  hypothetical protein  26.86 
 
 		 256 aa  64.7  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.740863  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2057  hypothetical protein  25.79 
 
 		 162 aa  64.3  0.0000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0166  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  35 
 
 		 449 aa  64.3  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1046  hypothetical protein  30.77 
 
 		 397 aa  64.3  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0606  hypothetical protein  26.7 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00152309  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6106  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.93 
 
 		 217 aa  63.5  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.862592  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0926  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.32 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7057  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1714  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  29.68 
 
 		 213 aa  62  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.898539  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3597  hypothetical protein  31.33 
 
 		 171 aa  62  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0935961  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0610  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.48 
 
 		 388 aa  62  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0569  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family  27.81 
 
 		 281 aa  62  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00260954  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>