28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0517 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0517  integrase family protein  100 
 
 		 689 aa  1435    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0330  putative integrase  36.93 
 
 		 676 aa  412  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1124  hypothetical protein  34.05 
 
 		 655 aa  412  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2900  DNA-binding protein  29.26 
 
 		 624 aa  283  6.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26871  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3232  integrase family protein  30.99 
 
 		 681 aa  283  9e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999537  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1600  DNA-binding protein  29.52 
 
 		 561 aa  265  3e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11105  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0590  hypothetical protein  26.01 
 
 		 693 aa  220  7e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0584  hypothetical protein  26.01 
 
 		 693 aa  220  7e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.286852 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0559  hypothetical protein  26.01 
 
 		 693 aa  220  7e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2291  hypothetical protein  27.79 
 
 		 671 aa  213  9e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.031197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3891  conserved DNA-binding protein  24.6 
 
 		 543 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4605  hypothetical protein  26.12 
 
 		 745 aa  180  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.468839  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0324  hypothetical protein  26.66 
 
 		 667 aa  157  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.669728 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2308  hypothetical protein  24.36 
 
 		 715 aa  135  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2949  hypothetical protein  28.18 
 
 		 552 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.327951  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1699  hypothetical protein  28.01 
 
 		 539 aa  128  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4013  hypothetical protein  29.3 
 
 		 751 aa  91.3  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0086  hypothetical protein  26.9 
 
 		 779 aa  67.4  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01691  hypothetical protein  27.4 
 
 		 767 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1845  hypothetical protein  27.4 
 
 		 767 aa  59.7  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0483033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5178  hypothetical protein  26.12 
 
 		 774 aa  55.8  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1367  hypothetical protein  21.29 
 
 		 781 aa  54.7  0.000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.601662 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4985  hypothetical protein  27.98 
 
 		 774 aa  54.3  0.000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.920553 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0309  hypothetical protein  25.73 
 
 		 898 aa  50.4  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2177  hypothetical protein  24.66 
 
 		 734 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5498  phage integrase family protein  25.43 
 
 		 647 aa  46.2  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714023 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3588  phage integrase family protein  25.43 
 
 		 647 aa  46.2  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00892563 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0456  phage integrase family protein  25.43 
 
 		 647 aa  46.2  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>