22 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1600 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_1600  DNA-binding protein  100 
 
 
561 aa  1179    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.11105  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2900  DNA-binding protein  46.24 
 
 
624 aa  554  1e-156  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.26871  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3891  conserved DNA-binding protein  37.5 
 
 
543 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1699  hypothetical protein  37.3 
 
 
539 aa  368  1e-100  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0330  putative integrase  35.1 
 
 
676 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1124  hypothetical protein  31.02 
 
 
655 aa  289  9e-77  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0517  integrase family protein  29.52 
 
 
689 aa  265  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2949  hypothetical protein  31.6 
 
 
552 aa  189  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.327951  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0584  hypothetical protein  24.36 
 
 
693 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.286852 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0590  hypothetical protein  24.36 
 
 
693 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0559  hypothetical protein  24.36 
 
 
693 aa  151  4e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3232  integrase family protein  30.62 
 
 
681 aa  110  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.999537  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2291  hypothetical protein  22.6 
 
 
671 aa  100  9e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.031197  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4605  hypothetical protein  27.36 
 
 
745 aa  96.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.468839  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2308  hypothetical protein  26.96 
 
 
715 aa  87.4  6e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0324  hypothetical protein  23.11 
 
 
667 aa  80.1  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.669728 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4985  hypothetical protein  24.15 
 
 
774 aa  54.7  0.000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.920553 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1845  hypothetical protein  27.91 
 
 
767 aa  53.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0483033 
 
 
-
 
NC_003296  RS01691  hypothetical protein  27.91 
 
 
767 aa  53.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5178  hypothetical protein  23.73 
 
 
774 aa  50.8  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.420683  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4013  hypothetical protein  28.06 
 
 
751 aa  47  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0086  hypothetical protein  35.78 
 
 
779 aa  45.4  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>