29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2047 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_2047  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 83 aa  167  5e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1274  XRE family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 86 aa  105  3e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.329441  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3808  XRE family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 80 aa  64.3  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0020912  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0820  transcriptional regulator, XRE family  48.61 
 
 		 79 aa  64.3  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0102782 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3687  transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 		 79 aa  60.1  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5431  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 110 aa  58.2  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716387  normal  0.867638 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0204  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 82 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5240  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 159 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5619  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 159 aa  53.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173792  normal  0.0387834 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43580  DNA binding protein, XRE-like protein  45.16 
 
 		 85 aa  52.4  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.485824  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3385  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 169 aa  48.9  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5848  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 176 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0718  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 171 aa  45.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.764173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0072  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 159 aa  45.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2461  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 79 aa  44.7  0.0005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000100603  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1274  transcriptional regulator, XRE family  35.44 
 
 		 212 aa  44.3  0.0006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3477  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 737 aa  43.9  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.552103  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5665  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 156 aa  43.5  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 200 aa  43.5  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1362  XRE family transcriptional regulator  52.27 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.172157  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0377  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 164 aa  42.7  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.817561  normal  0.780883 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4637  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1279  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 118 aa  42  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.51475  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 126 aa  41.2  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 114 aa  40.4  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 122 aa  40.4  0.009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 163 aa  40.4  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5088  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 167 aa  40.4  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000165067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0950  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 95 aa  40  0.01  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>