More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5389 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_5389  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
192 aa  387  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0190359 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  56.8 
 
 
256 aa  151  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  56 
 
 
290 aa  151  5.9999999999999996e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  56 
 
 
256 aa  151  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0308  periplasmic binding protein from ABC-type transporter  41.62 
 
 
162 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0940761 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5064  hypothetical protein  45.03 
 
 
162 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5210  hypothetical protein  43.98 
 
 
163 aa  133  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5157  hypothetical protein  42.41 
 
 
162 aa  132  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.809512 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  45.45 
 
 
266 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  41.44 
 
 
266 aa  94.4  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  36.97 
 
 
266 aa  92.4  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
266 aa  92.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  40.91 
 
 
266 aa  92  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.07 
 
 
266 aa  92.4  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40.54 
 
 
267 aa  92.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
266 aa  92.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
266 aa  92.4  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
266 aa  92.4  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  40.91 
 
 
266 aa  92.4  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  42.2 
 
 
265 aa  92  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.6 
 
 
264 aa  91.7  6e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.38 
 
 
315 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  37.38 
 
 
266 aa  89.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.38 
 
 
320 aa  90.1  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  36.13 
 
 
266 aa  90.1  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  36.59 
 
 
264 aa  89.4  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  35.25 
 
 
270 aa  89.4  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 
270 aa  89  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 
264 aa  89  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  36.29 
 
 
264 aa  89  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 
264 aa  88.2  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 
264 aa  88.2  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  38.68 
 
 
264 aa  88.2  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.19 
 
 
264 aa  87.8  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.19 
 
 
264 aa  87.8  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.19 
 
 
264 aa  87.8  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.19 
 
 
264 aa  87.8  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.19 
 
 
264 aa  87.8  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.19 
 
 
264 aa  87.8  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.19 
 
 
284 aa  87.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  37.38 
 
 
266 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  30.83 
 
 
266 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.48 
 
 
264 aa  86.7  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.43 
 
 
264 aa  86.3  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0296  extracellular solute-binding protein  32.52 
 
 
263 aa  85.1  5e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.38 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.38 
 
 
264 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.38 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  37.38 
 
 
313 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  38.18 
 
 
264 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  40.91 
 
 
264 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  40.91 
 
 
264 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0212  amino acid ABC transporter, substrate-binding  36.61 
 
 
260 aa  80.9  0.000000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  40 
 
 
264 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  39.25 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  38.46 
 
 
264 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  37.84 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  34.62 
 
 
253 aa  80.9  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  37.84 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  37.84 
 
 
266 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4924  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 
261 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00263703 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  37.82 
 
 
266 aa  78.2  0.00000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1531  extracellular solute-binding protein  34.95 
 
 
260 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0450484  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  37.82 
 
 
285 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  37.82 
 
 
266 aa  77.8  0.00000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  37.82 
 
 
266 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  37.82 
 
 
285 aa  77.8  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  37.82 
 
 
266 aa  77.8  0.00000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  26.7 
 
 
265 aa  77.8  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  37.84 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  38.74 
 
 
266 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0231  extracellular solute-binding protein family 3  31.93 
 
 
255 aa  77  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 
257 aa  76.6  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  32.86 
 
 
265 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1455  amino acid ABC transporter periplasmic protein  29.75 
 
 
276 aa  75.5  0.0000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000239011  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  35.29 
 
 
266 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  35.29 
 
 
266 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  35.29 
 
 
266 aa  75.1  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  35.25 
 
 
265 aa  74.7  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3496  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 
258 aa  74.3  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 
260 aa  73.9  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  34.45 
 
 
268 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  34.45 
 
 
266 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  34.65 
 
 
266 aa  73.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3086  putative ABC transporter binding protein subunit  33.33 
 
 
268 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0638  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.11 
 
 
257 aa  71.2  0.000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.890453  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0682  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.11 
 
 
257 aa  71.2  0.000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.73 
 
 
272 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
265 aa  71.6  0.000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2239  flagellar hook protein FlgE  33.01 
 
 
257 aa  71.2  0.000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000435982  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  28.26 
 
 
256 aa  70.9  0.00000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0235  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 
255 aa  70.9  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0416  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.77 
 
 
264 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1924  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  32 
 
 
259 aa  70.9  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 
503 aa  70.9  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.23 
 
 
272 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4902  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.77 
 
 
264 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0336  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.77 
 
 
264 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.137288  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0367  putative amino acid ABC transporter substrate-binding protein  32.77 
 
 
264 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0402  putative amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.77 
 
 
264 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>