More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3088 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3088  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 129 aa  269  1e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.123749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2507  endoribonuclease L-PSP  89.84 
 
 		 136 aa  246  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.022272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2779  endoribonuclease L-PSP family protein  89.84 
 
 		 128 aa  246  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5680  Endoribonuclease L-PSP  73.44 
 
 		 129 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.979461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6623  Endoribonuclease L-PSP  71.88 
 
 		 129 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.808088  normal  0.892457 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6248  translation initiation inhibitor  75.4 
 
 		 128 aa  194  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4550  endoribonuclease L-PSP  68.75 
 
 		 127 aa  188  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4650  endoribonuclease L-PSP  71.09 
 
 		 129 aa  187  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0994249  normal  0.0444369 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6067  endoribonuclease L-PSP  69.53 
 
 		 128 aa  184  4e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.865959 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2656  endoribonuclease L-PSP  69.53 
 
 		 128 aa  184  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2789  endoribonuclease L-PSP  69.53 
 
 		 128 aa  184  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2765  endoribonuclease L-PSP  70.4 
 
 		 128 aa  183  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2127  endoribonuclease L-PSP  70.4 
 
 		 128 aa  183  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2739  endoribonuclease L-PSP  70.4 
 
 		 128 aa  183  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0675  putative endoribonuclease L-PSP  68.22 
 
 		 166 aa  182  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0560  endoribonuclease L-PSP  68.75 
 
 		 128 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.511945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2390  putative endoribonuclease L-PSP  68.75 
 
 		 128 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0179  endoribonuclease L-PSP, putative  68.75 
 
 		 128 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0838  YjgF family protein  68.75 
 
 		 128 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0547  endoribonuclease L-PSP, putative  68.75 
 
 		 128 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0660  endoribonuclease L-PSP  68.75 
 
 		 128 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.239315  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2768  putative endoribonuclease L-PSP  68.75 
 
 		 128 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2310  putative endoribonuclease L-PSP  70 
 
 		 123 aa  177  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.650904  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4019  endoribonuclease L-PSP  67.69 
 
 		 130 aa  172  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.658483  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0969  endoribonuclease L-PSP  71.09 
 
 		 133 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.401025  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4773  putative endoribonuclease L-PSP  72.97 
 
 		 130 aa  171  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.091821  normal  0.524756 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4194  Endoribonuclease L-PSP  68.75 
 
 		 128 aa  170  5e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.705998  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4304  Endoribonuclease L-PSP  68.75 
 
 		 128 aa  170  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.135988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0642  Endoribonuclease L-PSP  70.54 
 
 		 128 aa  169  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.297456 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0367  endoribonuclease L-PSP  70.18 
 
 		 128 aa  169  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4057  YjgF family translation inhibitor  70.54 
 
 		 128 aa  169  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.655653 
 
 
-
 
NC_003296  RS03132  hypothetical protein  67.97 
 
 		 128 aa  168  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.433124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0552  endoribonuclease L-PSP  53.54 
 
 		 132 aa  134  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.897554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2754  endoribonuclease L-PSP  51.18 
 
 		 129 aa  128  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.155396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4897  putative endoribonuclease L-PSP  55.12 
 
 		 129 aa  127  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3111  Endoribonuclease L-PSP  51.97 
 
 		 130 aa  126  8.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0090  endoribonuclease L-PSP  54.33 
 
 		 130 aa  126  9.000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0741494  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0655  YjgF-like protein  50 
 
 		 130 aa  122  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1213  endoribonuclease L-PSP  48.46 
 
 		 129 aa  121  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0935  YjgF-like protein  49.61 
 
 		 130 aa  121  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3898  putative endoribonuclease L-PSP  45.37 
 
 		 123 aa  103  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04783  hypothetical protein  44.09 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05655  hypothetical protein  44.09 
 
 		 125 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  47.22 
 
 		 123 aa  97.4  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  47.22 
 
 		 123 aa  97.4  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1716  endoribonuclease L-PSP  48.21 
 
 		 124 aa  96.7  9e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.220452  decreased coverage  0.00000724646 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  48.15 
 
 		 123 aa  96.3  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0135  endoribonuclease L-PSP, putative  41.07 
 
 		 126 aa  94.7  3e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00324378  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0414  putative endoribonuclease L-PSP  46.43 
 
 		 124 aa  94.7  4e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.59864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0877  YjgF-like protein  43.33 
 
 		 129 aa  94.4  5e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0531  putative endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 126 aa  94  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000228568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0518  putative endoribonuclease L-PSP  41.67 
 
 		 126 aa  94  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000619405  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0045  endoribonuclease L-PSP, putative  42.34 
 
 		 127 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3008  endoribonuclease L-PSP  46.3 
 
 		 125 aa  92.8  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.981998  normal  0.146953 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02784  hypothetical protein  40.18 
 
 		 127 aa  92  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0106  endoribonuclease L-PSP  41.96 
 
 		 127 aa  92  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3322  endoribonuclease L-PSP  50.56 
 
 		 94 aa  92.8  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.939467  normal  0.143493 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0508  endoribonuclease L-PSP  48.65 
 
 		 131 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000880426 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0493  endoribonuclease L-PSP  48.65 
 
 		 131 aa  91.7  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1301  endoribonuclease L-PSP  46.85 
 
 		 130 aa  91.3  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0056  putative endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0046  endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0042  pur operon repressor  41.44 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0042  pur operon repressor  41.44 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.478295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0046  endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0053  putative endoribonuclease L-PSP  41.44 
 
 		 124 aa  90.9  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4079  putative endoribonuclease L-PSP  41.07 
 
 		 127 aa  90.5  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 124 aa  90.5  8e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  40.74 
 
 		 124 aa  90.1  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06221  YjgF family translation initiation inhibitor  36.94 
 
 		 130 aa  89.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0965  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 141 aa  89.4  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0042  putative endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3444  putative endoribonuclease L-PSP  42.28 
 
 		 129 aa  89.4  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00474727  decreased coverage  0.0000224932 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  41.07 
 
 		 127 aa  88.2  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  40.71 
 
 		 129 aa  88.2  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  48.21 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0144  putative endoribonuclease L-PSP  39.64 
 
 		 126 aa  87.8  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00510728  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2416  putative endoribonuclease L-PSP  41.41 
 
 		 130 aa  87.4  6e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.769165 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  37.98 
 
 		 124 aa  87  7e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 128 aa  87  8e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  42.86 
 
 		 126 aa  86.7  9e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1403  endoribonuclease L-PSP  44.14 
 
 		 126 aa  86.3  1e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.000591811 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05841  YjgF family translation initiation inhibitor  37.84 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  39.81 
 
 		 124 aa  85.5  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1493  endoribonuclease L-PSP  40.18 
 
 		 124 aa  85.9  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0156  endoribonuclease L-PSP  43.75 
 
 		 126 aa  85.5  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6185  endoribonuclease L-PSP  39.84 
 
 		 149 aa  84.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89906  normal  0.555721 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1096  endoribonuclease L-PSP  45.54 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  39.29 
 
 		 125 aa  84.7  4e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1888  endoribonuclease L-PSP  37.84 
 
 		 135 aa  84.3  5e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1723  endoribonuclease L-PSP  44.95 
 
 		 125 aa  84.3  5e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.136811  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20920  putative endoribonuclease L-PSP  39.5 
 
 		 125 aa  84.3  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3374  endoribonuclease L-PSP  41.96 
 
 		 126 aa  84  6e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.066634 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06131  YjgF family translation initiation inhibitor  37.84 
 
 		 135 aa  84  6e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.479171 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  40.37 
 
 		 143 aa  83.6  8e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06141  YjgF family translation initiation inhibitor  34.23 
 
 		 130 aa  83.6  8e-16  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.617188  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  38.18 
 
 		 125 aa  83.6  9e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0254  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 130 aa  83.6  9e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.600084  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1191  endoribonuclease L-PSP  40.54 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.42742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>