More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2789 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2789  CinA-like  100 
 
 		 171 aa  357  5e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3003  CinA domain-containing protein  57.05 
 
 		 167 aa  177  8e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.500427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2431  CinA domain-containing protein  54.49 
 
 		 167 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.197767  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36880  putative ompetence-damaged protein  51.19 
 
 		 172 aa  169  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.217311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3170  CinA domain-containing protein  51.19 
 
 		 172 aa  164  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3298  CinA domain-containing protein  53.21 
 
 		 167 aa  164  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.581353 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0164  competence/damage-inducible protein CinA  45.4 
 
 		 173 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2276  CinA domain-containing protein  43.48 
 
 		 160 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0906635  hitchhiker  0.00967543 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4777  CinA domain-containing protein  43.4 
 
 		 167 aa  125  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47070  CinA-related protein  46.21 
 
 		 163 aa  125  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797955  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0608  CinA, C-terminal  39.38 
 
 		 259 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0622  CinA-like protein  41.03 
 
 		 174 aa  108  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.550403  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1767  hypothetical protein  37.5 
 
 		 164 aa  104  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1767  hypothetical protein  40.52 
 
 		 164 aa  103  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2757  CinA domain-containing protein  38.93 
 
 		 166 aa  102  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.439876  normal  0.642955 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0922  CinA-like protein  39.58 
 
 		 162 aa  102  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2850  CinA, C-terminal  37.41 
 
 		 165 aa  99.4  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0553  CinA domain-containing protein  38.26 
 
 		 166 aa  99.4  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03514  hypothetical protein  37.5 
 
 		 160 aa  99.4  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3710  CinA-like  37.58 
 
 		 166 aa  98.6  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.909582  normal  0.123523 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0880  competence/damage-inducible protein CinA  40.97 
 
 		 166 aa  98.2  4e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.630467  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0987  putative competence-damage protein  40.97 
 
 		 166 aa  98.2  4e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0529  CinA domain-containing protein  38.26 
 
 		 184 aa  98.6  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0221  CinA domain-containing protein  39.86 
 
 		 164 aa  98.6  4e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02550  competence damage-inducible protein A  36.2 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0187741  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0989  CinA domain protein  36.2 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00650499  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2949  competence damage-inducible protein A  38.04 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1706  competence/damage-inducible protein CinA  31.93 
 
 		 192 aa  98.2  5e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.174221  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2823  competence damage-inducible protein A  36.2 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0804324  hitchhiker  0.00000514203 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2981  competence damage-inducible protein A  38.04 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.355767  decreased coverage  0.0000723064 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3139  competence damage-inducible protein A  38.04 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000242069 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0145  CinA-like  38.26 
 
 		 166 aa  98.2  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774466  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2836  competence damage-inducible protein A  36.2 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.193332  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02515  hypothetical protein  36.2 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0457216  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2984  competence damage-inducible protein A  36.2 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0375437  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1012  competence damage-inducible protein A  36.2 
 
 		 165 aa  98.2  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000218203 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0628  CinA domain-containing protein  38.26 
 
 		 166 aa  98.2  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0596  CinA domain-containing protein  38.26 
 
 		 166 aa  98.2  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.307484 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3947  competence damage-inducible protein A  36.2 
 
 		 165 aa  97.4  8e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.388392  normal  0.701681 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002518  hypothetical protein  37.5 
 
 		 160 aa  96.7  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3032  competence damage-inducible protein A  37.42 
 
 		 165 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.162361  hitchhiker  0.00262793 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3241  competence damage-inducible protein A  37.67 
 
 		 162 aa  97.1  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.450801  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3175  competence damage-inducible protein A  37.91 
 
 		 166 aa  97.1  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.618843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0571  CinA-like protein  36.94 
 
 		 160 aa  97.1  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.230075 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3376  competence damage-inducible protein A  37.67 
 
 		 162 aa  97.1  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0902  competence damage-inducible protein A  37.67 
 
 		 184 aa  97.1  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0840  competence damage-inducible protein A  40.14 
 
 		 162 aa  96.3  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0987514  hitchhiker  0.00000024761 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3049  CinA-like protein  36.81 
 
 		 165 aa  96.3  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3382  competence-damaged protein CinA  39.01 
 
 		 165 aa  96.3  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000695427  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3682  competence/damage-inducible protein CinA  32.72 
 
 		 432 aa  95.5  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3016  competence damage-inducible protein A  37.42 
 
 		 165 aa  95.5  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.047861  decreased coverage  0.0000000741829 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2329  competence/damage-inducible protein CinA  37.42 
 
 		 429 aa  95.1  4e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4066  hypothetical protein  37.66 
 
 		 203 aa  94.7  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.465317 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0015  CinA-like  38.13 
 
 		 169 aa  94  9e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01496  competence damage-inducible protein A  45.37 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000206349  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2108  CinA domain protein  45.37 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000498834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2121  competence damage-inducible protein A  45.37 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000221747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3177  competence damage-inducible protein A  34.97 
 
 		 165 aa  93.2  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.266216  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2153  competence damage-inducible protein A  45.37 
 
 		 172 aa  94  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0198899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3132  competence damage-inducible protein A  37.41 
 
 		 174 aa  94  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.282199 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0243  CinA domain-containing protein  40.97 
 
 		 178 aa  93.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.912222  normal  0.255402 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1746  competence damage-inducible protein A  45.37 
 
 		 172 aa  94  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00125275  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01507  hypothetical protein  45.37 
 
 		 172 aa  93.6  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000417567  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1462  CinA domain-containing protein  40.14 
 
 		 161 aa  92.8  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100792  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1473  CinA domain protein  45.45 
 
 		 166 aa  93.2  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38570  CinA-related protein  39.46 
 
 		 164 aa  92.8  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0429  CinA domain-containing protein  38.78 
 
 		 156 aa  92.8  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.962415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1186  competence/damage-inducible protein CinA  38.41 
 
 		 166 aa  92.4  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1923  CinA-like  41.67 
 
 		 167 aa  92  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.150163  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00153  competence/damage-inducible protein CinA domain protein  39.86 
 
 		 164 aa  91.7  4e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2833  putative competence-damaged inducible protein  40 
 
 		 161 aa  91.7  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1366  CinA-like  38.05 
 
 		 159 aa  91.7  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.649556  normal  0.75874 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2480  competence/damage-inducible protein CinA  37.75 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0447623  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3477  competence/damage-inducible protein CinA  37.75 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.813884  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1259  cinA family protein  37.75 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3442  cinA family protein  37.75 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.983742  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3479  cinA family protein  37.75 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.292867  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0399  cinA family protein  37.75 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.433149  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3306  cinA family protein  37.75 
 
 		 166 aa  91.3  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3402  CinA domain protein  36.3 
 
 		 166 aa  90.9  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.109005  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2607  CinA domain-containing protein  37.84 
 
 		 166 aa  90.9  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.095939 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0980  competence damage-inducible protein A  34.81 
 
 		 162 aa  90.5  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1627  competence damage-inducible protein A  44.44 
 
 		 172 aa  90.5  9e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000853954  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3134  CinA domain-containing protein  40.56 
 
 		 164 aa  90.5  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582332 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0354  CinA domain-containing protein  38.36 
 
 		 179 aa  90.1  1e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1704  CinA domain protein  37.16 
 
 		 200 aa  90.5  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.28377  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2606  CinA domain protein  35.48 
 
 		 166 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.590584  normal  0.640743 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1703  competence damage-inducible protein A  44.44 
 
 		 172 aa  89.7  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0296412  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1287  CinA-like  37.42 
 
 		 166 aa  89.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0554  putative competence-damaged protein, CinA-like  36.3 
 
 		 166 aa  89.7  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0067  competence/damage inducible protein CinA  46.53 
 
 		 162 aa  89.4  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0300  competence/damage-inducible protein CinA  38.96 
 
 		 420 aa  89.4  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00640906  hitchhiker  0.00236283 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2083  CinA domain-containing protein  34.69 
 
 		 166 aa  89.4  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0995  competence damage-inducible protein A  36.81 
 
 		 172 aa  89  3e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.108193  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1982  competence-damaged protein  38.24 
 
 		 431 aa  89  3e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0539323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3016  CinA domain protein  36.18 
 
 		 166 aa  89  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.850522 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0055  CinA domain-containing protein  46.53 
 
 		 162 aa  89  3e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2195  CinA protein  34.36 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000407296  hitchhiker  0.00000443632 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0633  putative competence-damaged protein  36.59 
 
 		 165 aa  88.6  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.236595  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1482  CinA domain-containing protein  41.18 
 
 		 157 aa  88.2  5e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>