More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2475 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2475  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  100 
 
 		 255 aa  501  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.505105  normal  0.226466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2908  transcriptional regulator, GntR family  58.87 
 
 		 254 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2648  transcriptional regulator, GntR family  58.7 
 
 		 254 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3544  GntR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 256 aa  275  7e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0335375  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3408  GntR family transcriptional regulator  58.02 
 
 		 254 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0513  GntR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 257 aa  270  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0447  GntR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 257 aa  270  1e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.567966  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1359  GntR family transcriptional regulator  58.3 
 
 		 249 aa  264  1e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.516922 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3150  GntR family transcriptional regulator  53.63 
 
 		 251 aa  263  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000981065  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6236  transcriptional regulator GntR family  53.56 
 
 		 250 aa  258  6e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.83701  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  55.17 
 
 		 240 aa  239  2e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2586  transcriptional regulator, GntR family  53.48 
 
 		 241 aa  232  5e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1473  transcriptional regulator, GntR family  52.4 
 
 		 285 aa  211  1e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0291  GntR family transcriptional regulator  48.7 
 
 		 249 aa  207  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0913  GntR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 241 aa  201  9e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0856  GntR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 241 aa  201  9e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.333354  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1454  GntR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 255 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3803  transcriptional regulator, GntR family  47.23 
 
 		 257 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.596979 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4132  transcriptional regulator, GntR family  47.5 
 
 		 257 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.253888 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7245  GntR family transcriptional regulator  48.93 
 
 		 286 aa  198  7e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.375803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2176  GntR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2284  GntR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 265 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2077  GntR family transcriptional regulator  45.49 
 
 		 265 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.340396  hitchhiker  0.00560319 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2416  GntR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 246 aa  191  9e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.47741  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1647  GntR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 251 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.771403 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15830  GntR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 247 aa  185  5e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.800651  normal  0.0246518 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3168  GntR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 244 aa  184  9e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1450  GntR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 244 aa  184  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0720  GntR family regulatory protein  45.04 
 
 		 244 aa  184  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.035737  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0551  GntR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 244 aa  184  9e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2878  GntR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 244 aa  184  9e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0138  GntR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 244 aa  184  9e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.417671  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0292  GntR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0534  GntR family transcriptional regulator  45.04 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.237769  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2212  GntR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 244 aa  181  7e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.189171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2825  GntR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 244 aa  181  7e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.214074  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2885  GntR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 244 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.790974  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2836  GntR family transcriptional regulator  42.15 
 
 		 244 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1361  putative transcriptional regulator  42.8 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2743  GntR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 244 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.927097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0446  GntR family transcriptional regulator  44.21 
 
 		 244 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4156  GntR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 244 aa  178  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0560  transcriptional regulator, GntR family  43.04 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.645686  normal  0.27798 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6155  GntR family transcriptional regulator  41.74 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.272713  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3182  transcriptional regulator, GntR family  40.43 
 
 		 248 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.659988  hitchhiker  0.001615 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0478  GntR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 244 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0696996  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0754  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.304598  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0783  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 248 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2257  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1100  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.100378  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0949  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0946  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.406281  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2130  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0552  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.689242  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2556  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000796144 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1920  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2532  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  175  6e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00685301  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1007  GntR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 267 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.497463  normal  0.979022 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5864  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.564885  normal  0.734875 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0552  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0339408 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0763  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 248 aa  171  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00237996 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2450  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000263261 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2580  GntR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 258 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.496201  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2509  GntR family transcriptional regulator  44.02 
 
 		 257 aa  163  3e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.31596  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 243 aa  155  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04320  transcriptional regulator GntR family  38.24 
 
 		 240 aa  149  4e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0283  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 233 aa  145  4.0000000000000006e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.696412  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2575  phophonate C-P lyase system transcriptional regulator PhnF, GntR family  39.83 
 
 		 243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0630  GntR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 255 aa  143  3e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  37.77 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1727  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 236 aa  136  4e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0913  transcription regulator GntR family  36.09 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0175976  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 243 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 243 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 243 aa  132  6e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 243 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1723  transcriptional regulator, GntR family  40.17 
 
 		 246 aa  132  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 248 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 243 aa  131  9e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00770  transcriptional regulator, GntR family  40.95 
 
 		 255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1988  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1903  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.629939  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1638  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  34.91 
 
 		 260 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 266 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0433  transcriptional regulator, GntR family  37.84 
 
 		 238 aa  126  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2215  transcriptional regulator, GntR family  37.29 
 
 		 270 aa  125  5e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.587929  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22940  transcriptional regulator, GntR family  34.04 
 
 		 252 aa  124  2e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3733  transcriptional regulator, GntR family  36.75 
 
 		 245 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502794  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  41.59 
 
 		 245 aa  120  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0426  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 232 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0513  transcriptional regulator, GntR family  32.03 
 
 		 288 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0204845 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4145  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 247 aa  118  7.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0404  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 249 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2757  transcriptional regulator, GntR family  31.76 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1179  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 244 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2603  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  36.64 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.597561  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0801  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 238 aa  116  3e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.912886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>