154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1045 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1045  proline racemase  100 
 
 		 340 aa  696    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0234  proline racemase  50.57 
 
 		 350 aa  353  2e-96  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4137  hypothetical protein  50 
 
 		 344 aa  349  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.583896  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3861  proline racemase  51.32 
 
 		 342 aa  344  1e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.438551  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3201  proline racemase  50.59 
 
 		 341 aa  342  5.999999999999999e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0659896  normal  0.833754 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47970  hypothetical protein  49.71 
 
 		 344 aa  341  8e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.301488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1529  proline racemase  50.29 
 
 		 346 aa  341  1e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0477377  normal  0.266865 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2117  proline racemase  49.12 
 
 		 348 aa  330  2e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.231531 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1184  proline racemase  50.59 
 
 		 342 aa  329  4e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0439  proline racemase  49.41 
 
 		 343 aa  328  6e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.116124  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7022  hypothetical protein  48.82 
 
 		 342 aa  327  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.283298  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2641  proline racemase  46.76 
 
 		 342 aa  318  7.999999999999999e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.104062  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0337  proline racemase, putative  47.94 
 
 		 342 aa  316  5e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0353  putative proline racemase  47.65 
 
 		 342 aa  315  6e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.928096  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5268  proline racemase  44.12 
 
 		 348 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3225  proline racemase  43.53 
 
 		 348 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.821364 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2259  proline racemase  42.48 
 
 		 337 aa  288  7e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0755409  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0118  Proline racemase  43.27 
 
 		 345 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4845  proline racemase  42.06 
 
 		 344 aa  281  9e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  hitchhiker  0.00976207 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0107  proline racemase  42.69 
 
 		 345 aa  279  6e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0518  hypothetical protein  42.4 
 
 		 347 aa  278  1e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4722  proline racemase  41.67 
 
 		 333 aa  263  3e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6004  4-hydroxyproline epimerase  41.37 
 
 		 333 aa  262  6e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.0460941 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5915  proline racemase  41.62 
 
 		 333 aa  261  8.999999999999999e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314959  normal  0.070905 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1587  proline racemase  40.29 
 
 		 338 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4111  Proline racemase  40.18 
 
 		 333 aa  258  8e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31580  proline racemase  40.18 
 
 		 333 aa  255  7e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3503  Proline racemase  40.48 
 
 		 333 aa  255  8e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2559  proline racemase  37.98 
 
 		 345 aa  246  4.9999999999999997e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2885  putative proline racemase  37.39 
 
 		 345 aa  245  6.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2594  proline racemase  37.98 
 
 		 345 aa  245  9e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2840  putative proline racemase  37.98 
 
 		 345 aa  245  9e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000647776 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2643  proline racemase  37.69 
 
 		 345 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2834  proline racemase  37.69 
 
 		 345 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0589292  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2447  putative proline racemase  38.1 
 
 		 345 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2637  proline racemase  37.69 
 
 		 345 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204601  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3320  proline racemase  40.3 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2846  putative proline racemase  37.39 
 
 		 345 aa  241  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0203289  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0642  proline racemase  38.37 
 
 		 351 aa  232  7.000000000000001e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180837 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2251  proline racemase  36.01 
 
 		 335 aa  229  4e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0989  putative proline racemase  36.9 
 
 		 331 aa  229  6e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0492400000000001e-61 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0994  proline racemase, putative  36.69 
 
 		 334 aa  227  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0853  proline racemase  36.9 
 
 		 331 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4388  putative proline racemase  36.01 
 
 		 334 aa  227  3e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.208598  hitchhiker  1.6490700000000002e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0901  proline racemase  36.9 
 
 		 331 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.699009  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1082  putative proline racemase  35.8 
 
 		 334 aa  226  4e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2863  proline racemase, putative  38.49 
 
 		 312 aa  224  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0431348  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0800  proline racemase  35.69 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1660  proline racemase  34.43 
 
 		 335 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137069  normal  0.0715412 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0802  proline racemase  36.61 
 
 		 331 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0799  proline racemase  35.5 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0943  putative proline racemase  35.12 
 
 		 334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0120446  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3769  proline racemase  33.83 
 
 		 335 aa  219  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00125754  normal  0.197113 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4243  proline racemase  33.83 
 
 		 335 aa  219  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000241278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1690  proline racemase  36.09 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.420526  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5994  proline racemase  33.83 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.745893  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4007  proline racemase  33.83 
 
 		 335 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4360  proline racemase  33.83 
 
 		 335 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.242399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4260  proline racemase  33.83 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1024  putative proline racemase  33.23 
 
 		 335 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0744753 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5694  proline racemase  32.34 
 
 		 335 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3344  proline racemase  33.53 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0227164 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04640  proline racemase  36.53 
 
 		 343 aa  211  1e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.360002  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0460  Proline racemase  36.69 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0498  proline racemase  37.76 
 
 		 333 aa  209  6e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.745438  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5572  hydroxyproline-2-epimerase  35.01 
 
 		 333 aa  209  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000335762  normal  0.0993584 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1478  4-hydroxyproline epimerase  36.67 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.857006  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2058  proline racemase  36.53 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.272833 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2339  proline racemase  35.69 
 
 		 361 aa  205  8e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4273  hydroxyproline-2-epimerase  35.93 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2823  hydroxyproline-2-epimerase  35.06 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.252045  normal  0.582579 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1530  hydroxyproline-2-epimerase  34.76 
 
 		 333 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2363  hydroxyproline-2-epimerase  34.45 
 
 		 333 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00996894  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2141  proline racemase  34.74 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1761  hydroxyproline-2-epimerase  35.06 
 
 		 333 aa  200  3e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000415144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2065  hydroxyproline-2-epimerase  34.43 
 
 		 333 aa  199  6e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.012514  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3863  hydroxyproline-2-epimerase  34.56 
 
 		 333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.365358  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1792  hydroxyproline-2-epimerase  34.23 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1726  hydroxyproline-2-epimerase  34.23 
 
 		 333 aa  194  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.716077  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1419  hydroxyproline-2-epimerase  35.84 
 
 		 332 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0468879  normal  0.0760602 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1111  hydroxyproline-2-epimerase  34.63 
 
 		 337 aa  194  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.920734  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003673  4-hydroxyproline epimerase  34.21 
 
 		 301 aa  192  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1532  putative proline racemase  32.94 
 
 		 346 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000263181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1703  hydroxyproline-2-epimerase  33.23 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129643  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5997  Proline racemase  33.72 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.720935  normal  0.0614805 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2361  proline racemase  31.82 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000418015  normal  0.500055 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1453  putative proline racemase  31.21 
 
 		 355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67245  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3228  hydroxyproline-2-epimerase  33.13 
 
 		 338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.771447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3463  hydroxyproline-2-epimerase  37.22 
 
 		 308 aa  184  3e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0291 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5265  hydroxyproline-2-epimerase  33.04 
 
 		 338 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5285  hydroxyproline-2-epimerase  32.74 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103378  normal  0.295156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3837  proline racemase  34.52 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2317  Proline racemase  34.94 
 
 		 338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2821  proline racemase  31.04 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000426991  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3467  hydroxyproline-2-epimerase  33.33 
 
 		 333 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4859  hydroxyproline-2-epimerase  33.33 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1450  hydroxyproline-2-epimerase  32.79 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.273254  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4841  hydroxyproline-2-epimerase  31.25 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.122801 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0298  hydroxyproline-2-epimerase  31.33 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.123258 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1763  proline racemase  29.88 
 
 		 346 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000615926  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>