54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0688 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0688  hypothetical protein  100 
 
 		 309 aa  600  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.17746  normal  0.110027 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0564  hypothetical protein  47.89 
 
 		 274 aa  202  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.85427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2320  hypothetical protein  45.56 
 
 		 274 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.152947  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0667  hypothetical protein  45.56 
 
 		 274 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0977  hypothetical protein  39.45 
 
 		 281 aa  172  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0268883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1113  Tol-Pal system YbgF  43.53 
 
 		 272 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.636864  normal  0.58924 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2363  tetratricopeptide TPR_2  42.15 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.574477 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 		 270 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  26.12 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  25.08 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  23.73 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  26.29 
 
 		 301 aa  57.8  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  22.58 
 
 		 252 aa  55.8  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0364  hypothetical protein  26.57 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.947228  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  21.2 
 
 		 271 aa  53.1  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  22.43 
 
 		 252 aa  52.8  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  21.2 
 
 		 284 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  25.31 
 
 		 279 aa  51.6  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  24.1 
 
 		 268 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  25.12 
 
 		 236 aa  50.8  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  23 
 
 		 279 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  26.77 
 
 		 273 aa  49.7  0.00006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  24 
 
 		 248 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  24.1 
 
 		 268 aa  49.7  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  22.88 
 
 		 321 aa  49.7  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  24.62 
 
 		 268 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2337  tetratricopeptide region  21.48 
 
 		 274 aa  47.4  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000123403  normal  0.0632651 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4425  tol-pal system protein YbgF  26.67 
 
 		 283 aa  47.4  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.667598 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  26.45 
 
 		 307 aa  47.4  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  20.85 
 
 		 249 aa  46.6  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  24.59 
 
 		 274 aa  46.2  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000128207  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0641  tol-pal system protein YbgF  20.27 
 
 		 232 aa  45.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000302592  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  23.77 
 
 		 274 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  20.28 
 
 		 249 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  24 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  20.28 
 
 		 234 aa  45.8  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  20.28 
 
 		 249 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  20.28 
 
 		 249 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  20.28 
 
 		 249 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  20.28 
 
 		 249 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  20.28 
 
 		 249 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  19.76 
 
 		 249 aa  44.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  21.8 
 
 		 269 aa  45.1  0.002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000011862  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2026  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 348 aa  44.7  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0273  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 		 243 aa  44.3  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0105531  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  19.53 
 
 		 252 aa  44.3  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  20.93 
 
 		 249 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  24.1 
 
 		 377 aa  43.9  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  26.72 
 
 		 395 aa  43.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4747  hypothetical protein  28.66 
 
 		 323 aa  43.1  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  21.4 
 
 		 268 aa  42.7  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  21.6 
 
 		 243 aa  42.7  0.008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2414  hypothetical protein  24.82 
 
 		 291 aa  42.4  0.009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  24.58 
 
 		 271 aa  42.4  0.01  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>