83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna12 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna12  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.562773  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3144  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2353  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0003  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.245807  unclonable  0.00000000000471702 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0006  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.829579  hitchhiker  0.00518184 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0006  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470986 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0023  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3180  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3896  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.998129  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3815  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216793  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1746  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0020  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0587495  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0006  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0006  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0038  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.644125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0067  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.840487  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0028  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.324355 
 
 
-
 
NC_003295  RS02400  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0958058  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0052  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0037  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0014  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0022  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0049  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0019  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0004  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0049  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.695027  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0060  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.367412  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.285591  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0025  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.03724  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0003  tRNA-Ala  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0015  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0001  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.599986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0011  tRNA-Ala  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0039  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.980011 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04940  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.669042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0050  tRNA-Ala  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000486604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0016  tRNA-Ala  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0057  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0061  tRNA-Ala  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0068  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.240621  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0034  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000924303  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07560  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.458436  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0022  tRNA-Ala  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0051  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0408927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.05432  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0031  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.488566  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1917  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0034  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00540131 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0030  tRNA-Ala  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.546773  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0035  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.221378 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000419269  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0004  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0008  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0607736  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0047  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00354694  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0020  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000865622  hitchhiker  2.9719399999999996e-20 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0025  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000151787  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0022  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0349926  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0062  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.374737  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0002  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0064  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1441  tRNA-Ala  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000019523  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t40  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00508313  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0007  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.682382  normal  0.836798 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0040  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000050813  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0008  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.142528  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0017  tRNA-Ala  86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.476615  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0065  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0072  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0057  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00765372  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0054  tRNA-Ala  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127331  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0018  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000251336  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0004  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.258987  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0008  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.52636  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0029  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.180945  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0042  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0025  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000185989  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0039  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0039  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000281938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>