136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_t47 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_t47  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.704703  normal  0.180848 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0065  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.226717 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.434776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60110  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24870  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2126  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0010  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.152064  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0014  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0856304  normal  0.963089 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13670  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.11068  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 79 bp  60  0.00000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0020  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0021  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.29162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0022  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.281801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0087  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686705  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0012  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.488167  normal  0.183255 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1731  hypothetical protein  96.43 
 
 		 534 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.263329  normal  0.0279515 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07940  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00762126  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0062  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768136  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0047  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0047  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0062  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000001951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0063  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000171942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0018  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  82.43 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>