43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3784 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3784  hypothetical protein  100 
 
 		 383 aa  785    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0287223 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2762  hypothetical protein  38.71 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2681  Endoribonuclease L-PSP  33.08 
 
 		 343 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0232288  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0789  dioxygenase, putative  36.36 
 
 		 357 aa  124  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0932  Endoribonuclease L-PSP  36.36 
 
 		 357 aa  124  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.716566  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1495  hypothetical protein  36.61 
 
 		 335 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00771781  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4196  endoribonuclease L-PSP  34.56 
 
 		 334 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.165423 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1331  hypothetical protein  36.96 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2236  endoribonuclease L-PSP  36.13 
 
 		 373 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0320  hypothetical protein  33.49 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1999  hypothetical protein  34.09 
 
 		 314 aa  104  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2676  endoribonuclease L-PSP  33.91 
 
 		 432 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.998164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2757  endoribonuclease L-PSP  33.48 
 
 		 330 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2143  endoribonuclease L-PSP  33.48 
 
 		 430 aa  101  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6087  endoribonuclease L-PSP  33.92 
 
 		 409 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1054  hypothetical protein  32.23 
 
 		 333 aa  96.7  6e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.974615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2127  hypothetical protein  33.8 
 
 		 348 aa  94.7  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03739  xanthomonadin biosynthesis pteridine-dependent deoxygenase like protein  30.73 
 
 		 335 aa  92.4  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2809  endoribonuclease L-PSP  33.77 
 
 		 430 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2072  pteridine-dependent deoxygenase  29.93 
 
 		 326 aa  90.5  5e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1994  putative pteridine-dependent deoxygenase like protein  29.59 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.104515  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2220  endoribonuclease L-PSP  31.28 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0672592 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3477  endoribonuclease L-PSP  27.01 
 
 		 386 aa  68.6  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.281015  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1932  Endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 362 aa  64.7  0.000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.375658  normal  0.0845217 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1292  Endoribonuclease L-PSP  28.38 
 
 		 375 aa  56.6  0.0000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.849013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0804  endoribonuclease L-PSP  24.52 
 
 		 392 aa  56.2  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3937  pyrimidine utilization protein C  31.58 
 
 		 130 aa  55.1  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166806  normal  0.0174959 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  33.06 
 
 		 126 aa  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  27.43 
 
 		 138 aa  45.8  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  28.18 
 
 		 125 aa  45.4  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1816  endoribonuclease L-PSP  35.79 
 
 		 129 aa  45.4  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2269  Endoribonuclease L-PSP  33.7 
 
 		 139 aa  45.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.420653 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  31.78 
 
 		 130 aa  44.7  0.003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4840  Endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 130 aa  44.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0701  putative endoribonuclease L-PSP  30.97 
 
 		 123 aa  43.9  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0751  endoribonuclease L-PSP, putative  30.97 
 
 		 123 aa  43.9  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2343  putative endoribonuclease L-PSP  29.23 
 
 		 143 aa  44.3  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.435007  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  30.63 
 
 		 124 aa  43.9  0.005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 129 aa  43.9  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  28.03 
 
 		 132 aa  43.5  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  31.03 
 
 		 128 aa  43.1  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2798  endoribonuclease L-PSP  35.56 
 
 		 126 aa  42.7  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000409658  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0317  putative endoribonuclease L-PSP  32.97 
 
 		 84 aa  43.1  0.009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>