49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3384 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3384  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  100 
 
 		 246 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.32124  normal  0.515612 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2375  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  96.77 
 
 		 248 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.69303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2561  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  94.76 
 
 		 248 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730175 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2564  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  87.85 
 
 		 245 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0151109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0086  hypothetical protein  67.2 
 
 		 248 aa  343  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2136  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  62.04 
 
 		 245 aa  313  9.999999999999999e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.517564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35300  hypothetical protein  58.78 
 
 		 238 aa  292  4e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.462474  normal  0.381438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2976  hypothetical protein  56.73 
 
 		 238 aa  287  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.522308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00890  gluconate dehydrogenase small subunit  56.33 
 
 		 236 aa  282  4.0000000000000003e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3645  hypothetical protein  57.5 
 
 		 268 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4382  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  57.08 
 
 		 263 aa  272  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1794  hypothetical protein  57.08 
 
 		 262 aa  271  6e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.653349  normal  0.180185 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4143  hypothetical protein  56.25 
 
 		 263 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00393741  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4223  hypothetical protein  56.25 
 
 		 263 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.15123 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3294  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.25 
 
 		 246 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.973305 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4119  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  56.25 
 
 		 245 aa  265  2.9999999999999995e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4640  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  54.25 
 
 		 246 aa  263  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.833906  normal  0.885196 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2504  hypothetical protein  50.84 
 
 		 273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0228  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.32 
 
 		 239 aa  236  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1165  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  58.64 
 
 		 217 aa  223  2e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2016  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.08 
 
 		 238 aa  216  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6209  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.03 
 
 		 251 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4094  hypothetical protein  45.38 
 
 		 252 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.90179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3609  hypothetical protein  43.1 
 
 		 233 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4243  twin-arginine translocation pathway signal  45.45 
 
 		 252 aa  176  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4203  hypothetical protein  44.44 
 
 		 236 aa  159  5e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33660  dehydrogenase small subunit  40.34 
 
 		 262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.563663  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0229  hypothetical protein  38.04 
 
 		 255 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1313  hypothetical protein  35.94 
 
 		 361 aa  116  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0463  hypothetical protein  30.77 
 
 		 242 aa  113  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1597  hypothetical protein  36.72 
 
 		 242 aa  112  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.247179 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0438  hypothetical protein  31.56 
 
 		 242 aa  112  5e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.904473  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3896  hypothetical protein  37.71 
 
 		 240 aa  102  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.185308 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1924  hypothetical protein  34.76 
 
 		 237 aa  88.6  8e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.240204  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5398  hypothetical protein  30 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2178  hypothetical protein  25.73 
 
 		 187 aa  67.4  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 		 755 aa  57.4  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5468  hypothetical protein  23.66 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0466  hypothetical protein  26.67 
 
 		 213 aa  50.1  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2659  hypothetical protein  27.7 
 
 		 182 aa  50.1  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.928441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6388  hypothetical protein  26.67 
 
 		 220 aa  48.5  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1287  hypothetical protein  24.24 
 
 		 217 aa  48.1  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.25253 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2789  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  26.55 
 
 		 202 aa  47  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2086  hypothetical protein  26.06 
 
 		 221 aa  43.9  0.003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0405838 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2983  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  25.91 
 
 		 217 aa  43.1  0.004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4193  hypothetical protein  24.24 
 
 		 218 aa  42.4  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0949  hypothetical protein  27.97 
 
 		 280 aa  42.7  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.187097  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0775  hypothetical protein  27.97 
 
 		 280 aa  42.4  0.006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0787  hypothetical protein  27.97 
 
 		 280 aa  42.7  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0924735  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>