More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2119 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  100 
 
 
216 aa  434  1e-121  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.38967  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1598  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  89.77 
 
 
217 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.718303  normal  0.398382 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3853  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72.43 
 
 
220 aa  318  5e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.465916  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2956  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  74.65 
 
 
215 aa  309  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.502503  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2488  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  73.71 
 
 
218 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.062829  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3462  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  72.64 
 
 
217 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19888  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2325  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  74.18 
 
 
218 aa  284  8e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.598595  normal  0.961188 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2023  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.14 
 
 
219 aa  219  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2454  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.12 
 
 
216 aa  217  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2618  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.52 
 
 
212 aa  216  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5548  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.45 
 
 
220 aa  215  5e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.140201  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2168  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.9 
 
 
224 aa  215  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3332  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.22 
 
 
214 aa  214  7e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.131556 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2337  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2062  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  60 
 
 
219 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223849 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2638  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.1 
 
 
209 aa  212  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0230258  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0964  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.9 
 
 
218 aa  209  2e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00597426 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2324  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.85 
 
 
222 aa  208  6e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1967  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  58.03 
 
 
236 aa  206  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0785  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.84 
 
 
220 aa  205  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160821 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
223 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000502279 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1094  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.99 
 
 
223 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538676  hitchhiker  0.0026309 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2538  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.14 
 
 
206 aa  202  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0490  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  57.62 
 
 
216 aa  202  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2333  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.2 
 
 
216 aa  201  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213803  normal  0.274367 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0236  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.22 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.822796 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2741  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.24 
 
 
221 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.280146  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0576  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.85 
 
 
221 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.116598 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2317  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.3 
 
 
220 aa  199  3e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.205766  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_004310  BR0709  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.85 
 
 
205 aa  198  3.9999999999999996e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.49338  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2878  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  56.52 
 
 
220 aa  198  3.9999999999999996e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.446535 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2722  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.72 
 
 
216 aa  198  5e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.826865  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3157  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.85 
 
 
217 aa  198  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409852  normal  0.0214096 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0700  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.85 
 
 
205 aa  198  6e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1246  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.76 
 
 
216 aa  197  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00992946 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2535  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.36 
 
 
220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0808214 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5842  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.85 
 
 
220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2428  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.82 
 
 
220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.941507  hitchhiker  0.000000443644 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1899  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.33 
 
 
220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2557  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.82 
 
 
220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.852464  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2510  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.33 
 
 
220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1181  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.67 
 
 
210 aa  193  1e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328833  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1574  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.77 
 
 
229 aa  193  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.250643  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0641  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.18 
 
 
208 aa  193  2e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5165  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.03 
 
 
218 aa  192  3e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.820799  normal  0.144066 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0740  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
209 aa  191  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.53 
 
 
211 aa  191  8e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.226239  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2666  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.07 
 
 
213 aa  190  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3927  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.03 
 
 
198 aa  190  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1824  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.39 
 
 
218 aa  188  5e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00661254  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3161  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.51 
 
 
215 aa  187  9e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3843  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.01 
 
 
199 aa  187  9e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0791842  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22100  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.88 
 
 
205 aa  185  5e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1292  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.48 
 
 
218 aa  185  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000519718  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2254  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.65 
 
 
223 aa  185  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0370  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.62 
 
 
208 aa  184  8e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.147128  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0913  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.52 
 
 
210 aa  184  8e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0711  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.53 
 
 
222 aa  184  9e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1837  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.87 
 
 
197 aa  183  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.117962 
 
 
-
 
NC_002978  WD0763  phosphoribosylglycinamide formyltransferase, putative  47.57 
 
 
186 aa  183  2.0000000000000003e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.211527  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1738  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.24 
 
 
209 aa  182  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52050  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.95 
 
 
222 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472013 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4565  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.47 
 
 
222 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2997  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50 
 
 
214 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.386914  hitchhiker  0.000268593 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1888  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.77 
 
 
197 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00391405  normal  0.23878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1275  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  52.94 
 
 
198 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425912  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2544  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.59 
 
 
193 aa  178  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.715033  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1649  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  53.93 
 
 
197 aa  177  8e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.318783  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0772  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  55.38 
 
 
220 aa  177  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2240  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2656  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.682807  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2110  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.487388  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0973  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.881367  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0893  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.12 
 
 
219 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000873186 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1031  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.723337  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0969  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1126  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  54.87 
 
 
220 aa  176  3e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2095  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.06 
 
 
213 aa  176  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000370583  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1284  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.81 
 
 
220 aa  175  4e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1570  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
219 aa  175  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000536598 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0791  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  49.06 
 
 
220 aa  175  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.277928  normal  0.560587 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1896  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
219 aa  175  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1572  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.62 
 
 
219 aa  175  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000481989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0809  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  51.38 
 
 
203 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2363  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.63 
 
 
203 aa  173  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1350  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.56 
 
 
212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1233  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.56 
 
 
212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0764  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.5 
 
 
203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3012  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  47.18 
 
 
227 aa  172  2.9999999999999996e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000877023 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3119  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.56 
 
 
212 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0515  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  48.39 
 
 
226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.549179 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1630  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.08 
 
 
214 aa  171  7.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3391  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.8 
 
 
194 aa  171  9e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1632  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  44.93 
 
 
216 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0554809 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002780  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  43.56 
 
 
220 aa  170  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4054  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.32 
 
 
217 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2729  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  50.27 
 
 
194 aa  169  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.240539  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2113  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  46.88 
 
 
249 aa  169  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1456  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  45.23 
 
 
209 aa  169  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.551821 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3197  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  41.9 
 
 
213 aa  169  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000983298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>