More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_2127 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011832  Mpal_2127  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
314 aa  650    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3544  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.34 
 
 
312 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.34 
 
 
312 aa  426  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2096  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  65.47 
 
 
314 aa  420  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.644928  hitchhiker  0.0000124933 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1542  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.01 
 
 
335 aa  420  1e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.920861  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3396  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.31 
 
 
312 aa  415  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.312565 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.44 
 
 
314 aa  406  1.0000000000000001e-112  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.467345  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.87 
 
 
314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.118371 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  63.46 
 
 
314 aa  403  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.03 
 
 
314 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.198534  normal  0.135614 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.12 
 
 
316 aa  377  1e-103  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4286  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.83 
 
 
316 aa  373  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.73 
 
 
316 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.633837  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1041  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.31 
 
 
318 aa  337  1.9999999999999998e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  42.81 
 
 
314 aa  249  3e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.2 
 
 
306 aa  244  9.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0865  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.3 
 
 
309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.043091  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.65 
 
 
312 aa  241  1e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.39 
 
 
323 aa  241  1e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0619  GDP-fucose synthetase  39.67 
 
 
308 aa  238  8e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
321 aa  236  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.85 
 
 
309 aa  235  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.18 
 
 
333 aa  235  9e-61  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  39.23 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.02 
 
 
324 aa  233  3e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
320 aa  232  6e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  40.69 
 
 
320 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.52 
 
 
321 aa  231  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4753  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39 
 
 
324 aa  230  2e-59  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  41.75 
 
 
316 aa  228  9e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
313 aa  227  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  39.39 
 
 
308 aa  227  2e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40 
 
 
314 aa  226  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2900  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  39.74 
 
 
311 aa  224  1e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.4 
 
 
321 aa  224  1e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3785  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.08 
 
 
313 aa  223  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.235303  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.6 
 
 
337 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.34 
 
 
322 aa  223  4e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.85 
 
 
322 aa  222  6e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  41.38 
 
 
322 aa  222  7e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.87 
 
 
317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14001  putative fucose synthetase  38.91 
 
 
320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.54 
 
 
308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  38.22 
 
 
321 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 
321 aa  219  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.98 
 
 
313 aa  219  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  38.22 
 
 
321 aa  219  6e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.99 
 
 
324 aa  219  6e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.17 
 
 
321 aa  218  7.999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.8 
 
 
314 aa  218  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  39.29 
 
 
314 aa  218  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.94 
 
 
326 aa  217  2e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285763  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.02 
 
 
305 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1315  NAD dependent epimerase/dehydratase  36.81 
 
 
332 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14001  putative fucose synthetase  35.85 
 
 
322 aa  217  2e-55  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.881279  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3371  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41 
 
 
326 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  40.26 
 
 
322 aa  216  5e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.53 
 
 
356 aa  215  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.435131  normal  0.526104 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.69 
 
 
316 aa  215  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0329  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.54 
 
 
311 aa  214  9.999999999999999e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0386838  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.61 
 
 
316 aa  215  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.13 
 
 
347 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  38.39 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0418  fucose synthetase family protein  41 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0709177  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0361  fucose synthetase family protein  41 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0252323  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.93 
 
 
345 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.141904 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  37.74 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  38.39 
 
 
321 aa  213  3.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.9 
 
 
309 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  38.39 
 
 
321 aa  213  4.9999999999999996e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  37.74 
 
 
321 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
324 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
324 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0651  GDP-L-fucose synthetase  39.81 
 
 
323 aa  212  7e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.193687  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.24 
 
 
320 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_14451  putative fucose synthetase  35.78 
 
 
337 aa  211  9e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.638706  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.99 
 
 
326 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13691  putative fucose synthetase  34.88 
 
 
332 aa  211  1e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.1 
 
 
376 aa  211  2e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000078339  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.83 
 
 
312 aa  210  3e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.144888  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  37.03 
 
 
321 aa  210  3e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2751  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.56 
 
 
321 aa  209  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.91 
 
 
320 aa  209  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
324 aa  209  4e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221885  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
324 aa  209  4e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
331 aa  209  5e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
311 aa  209  5e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0896711  normal  0.0692369 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  37.03 
 
 
321 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.03 
 
 
321 aa  209  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  37.03 
 
 
321 aa  209  7e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.03 
 
 
319 aa  208  7e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00831994  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  37.03 
 
 
321 aa  208  7e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  36.71 
 
 
321 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.71 
 
 
321 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  37.99 
 
 
319 aa  208  1e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  36.71 
 
 
321 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.56 
 
 
312 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195142  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
335 aa  207  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11546  nucleotide-sugar epimerase epiA  36.48 
 
 
322 aa  207  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>